遣许世臣诣行在请出师，陈义慷慨；有为上言曰：『不若赐之玺书，直云皇帝致书秦王；则前此葛藤斩断，方可使之尽瘁也』。上从之，可望即具疏谢恩。
五月四日，慈宁皇太后垂帘；召何吾驺、金堡为之解释。先是正月，（堡参）吾驺谓：『与司礼监夏国祥此呼彼应，有若桴鼓』；皇太后恐吾驺不安其位，故解之。
六月，左都御史袁彭年去位。彭年生母死，不肯丁忧；慈宁皇太后以祖制所无，不许。
七月，楚降将李赤心等兵败入广。初，李贼部曲之降于何腾蛟也，李过（一名锦）赐名赤心，封兴国公；高必正封郧国公，营名忠贞。腾蛟死，为大学士堵允锡所抚。湖南、北既失，赤心等由郴桂竟趋梧州，欲入广东；尤锡力主其议。李元允曰：『我辈做鞑子时，公不来复广东；今反正后，乃来争广东乎？皇上在此，他来何为』？允锡语塞而止。
八月，黄士俊、何吾驺罢。时台谏横甚，金堡等以李元允为东援、瞿式耜为西援、严起恒为内援、焦琏为外援，朝政一手握定，动辄白简；政府惴惴充位。疏未上，先商票拟，政府置底簿以待之，任其改削。二辅入直以来，弹章盈箧；至是，告归。
九月，严起恒独相。是年，封朱成功为延平王；闽海始用永历年号。
永历四年庚寅正月乙卯朔，上在肇庆。北兵破南雄；七日报至，百官争窜，家丁沿途杀人。九日，上登舟；十三日。解维。李元允留守肇庆。
二月甲申朔，上至梧州，驻跸水殿。户部尚书吴贞毓、詹事府礼部右侍郎郭之奇、兵部左侍郎程源、右侍郎万翱、礼科都给事中李用楫、户科右给事中张孝起、吏科给事中朱士鲲、户科给事中李日纬、御史朱统■〈金筒〉、王命来、陈光允、彭佺合疏，论袁彭年、金堡、丁时魁、蒙正发、刘湘客罪；奉旨：『彭年反正有功，免议；余下锦衣狱（以五显庙权之），掌卫事张鸣冈鞫之』。严起恒请对于水殿，不得入；复率诸臣伏沙滩求免刑。程源立舟侧扬言曰：『金堡即「昌宗之宠方新，仁杰之袍何在」两语，便当万死』！其声达慈宁舟中。盖堡尝驳御史吕尔璵奉旨疏有云：『臣何人也，尔璵何人也？以仁杰之袍赌昌宗之裘，志士犹为怏怏』！顾肆言无忌也。狱具，堡与时魁各杖八十；堡边远、时魁附近，各终身充军。湘客、正发徒三年；各赎。上登位三年，至是始见声色。上忧东事急，调郧国公高必正赴援。
五月十三日，高必正与兴平侯党守素率兵自梧州来朝，李元允亦自肇庆来。时严起恒已去，三帅请手敕往平浪追还。慈宁皇太后垂帘，召三帅赐对。元允伏地请死曰：『金堡等非臣私人，果有罪，皇上何不处之于端州？今若此，是臣与堡等为党也。向以封疆急，不敢请罪；今事稍定，请正臣罪』！上慰勉再三曰：『卿大忠大孝，朕不疑卿』。
元允曰：『皇上既不疑臣，何故以处四臣之故赐臣册书，令臣安心办事乎』？皇太后曰：『卿莫认金堡等为好人；卿如此忠义，他却谤卿谋反』。元允曰：『说臣谋反，还是有本、还是面奏、还是传言』？上不答。必正曰：『皇上重处堡等是也。但处堡等之人，不如堡等；处堡等之后，亦无胜于堡等之事』。皇太后曰：『只滇封一事，岂非金堡误国』？诸臣皆不敢对。
孙可望自赐玺书之后，俨然亲藩体统。凡诸军悉曰「行营」，设立护卫曰「驾前军」，自称曰「孤」、曰「不榖」，文书下行曰「秦王令旨」，各官上书曰「启」，称李定国、刘文秀曰「弟安西李」、「弟抚南刘」；其下称之，皆曰「国主」。皮熊在黔畏其相逼，遣官李之华通好请盟；可望致书云：『贵爵坐拥貔貅，战则可以摧坚锐，守则可以资保障。独是不肖有司，罔知邦本；征派日烦，民生日蹙。黔中乃出兵之途，宁无救灾恤邻之念，以为假道长发之举？若滇、若黔，总属朝廷封疆；留守、留兵，无非绸缪粮糗。惟欲与行在声息相通，何可有一毫私意于其间！若只以一盟了局，为燕雀处堂之计，非不榖所望于君子矣』。熊得书，愈惧；避之苗寨。黔中院司道官，会请前军都督白文选入省；可望下教安定之，遂下平越。收其军令所属文武呈缴滥扎；武职加授总制、参、游，文职加授监军、督饷。部卿佥宪，概行裁革。王祥乌合六、七万，分为三十六镇；与滇兵一战于乌江河而大溃。祥避死真州，遂下遵义。
九月，北师孔有德攻桂林；诸将望风而遁。城陷，大学士瞿式耜、兵部侍郎张同敞不屈，死之。
十一月，瞿式耜遗表至。云『本月五日开国公赵印选传塘报至，知严关已陷，在城卫国公胡一清、宁远伯王永祚、绥宁伯蒲缨、武陵侯杨国栋、宁武伯马养麟俱遁，城中一空。酉刻，督臣张同敞从江东泅水过江至臣寓；臣谓：「子无留守之责，可以去」。同敞曰：「死则俱死耳」。即于是夜，明灯正襟而坐。六日辰刻，噪声始至靖江府前；再一刻，直至臣寓。臣与同敞危坐中堂不动，忽数骑持弓矢突至，执臣与同敞而去。时大雨如注，臣与同敞从泥淖中行。至则孔有德已坐王府，靖江父子亦以守国未曾出城，业已移至别室。臣等见有德不拜，有德亦不强；以温言谕臣等降。臣与同敞曰：「吾二人已办一死于尔兵未至