免归，终威宗时，不见用。福王即位，起原官。唐王立，擢佥都御史，巡抚广西。时，靖江王亨嘉称帝于桂林，用杨国威等为将，举兵欲东，使人至梧州，召式耜。式耜密告总制丁魁楚、思恩参将陈邦傅来援，未至，而梧州破。令式耜易朝服，朝胁以兵，不可；乃囚式耜，逼广东魁楚击败之，还走桂林，围之。式耜授计国威旗鼓焦琏，使图国威。邦傅亦至，遂克桂林。获亨嘉，致福省，废为庶人，幽死；弃国威及其给事中顾奕等于市。唐王封魁楚平粤伯，邦傅思恩伯，进式耜兵部侍郎副都御史。桂王即位，进吏部尚书，兼东阁大学士。首疏言草昧之初，宜养圣德、修纪纲、慎号令、挽人心、布威武、起用人望、招徕贤俊为首务。王虚己听。会唐王聿■〈金粤〉称帝广州，遣兵争三水。式耜督师出御，总督林佳鼎轻进，遇东兵于海口，东兵皆大舰，乘东南风，纵火矢炮，焚西舟。西兵凳岸，淖深三尺，人马俱陷。佳鼎死。李明忠仅以数十骑免。王奔梧州，已知阁部师全，再下肇庆。王为人仁柔少断，无雄视经略之意，动止循家人小节，闇于知人。初正位号，南中两粤、湖南、滇黔、西蜀，均隶版籍；旧臣吕大器、李永茂等先后继至，兵食粗足，文武略备，而王及太后王氏皆畏苦军国，冀得无事小逸，始议不欲监国，强而后立。猝闻风鹤，追咎臣下。式耜等深以为忧。太监王坤既乱北政，复自南都走闽，奉使在粤，王与语，说之入掌司礼监。由是，内批四出，群小进用。首斥谏官刘湘客等，大器、永茂皆告去。式耜争之不得。李成栋入广州，杀唐王及苏观生，行朝震恐。式耜议扼峡口决战，坤固请西避。
大清顺治三年丙戌正月，王再至梧州，肇庆遂破。复发梧州，趋府江。于是，百官奔散，丁魁楚走岑溪，王化澄走浔州，晏日曙、田芳等走搏白；独式耜及方以智、吴贞毓，吴其靁、程源、马吉翔等十余人从行。成栋进攻梧州，巡抚曹烨出降。二月，王至桂林，式耜肃殿陛，敕守御，诞告楚蜀各镇，以朝廷所在，荐贤才之可达桂林者。王锡衮、文安之为相；周堪赓、郭都贤、刘远生为六卿；丁时魁、金堡为给事；皆召用。惟锡衮、安之以滇、蜀道阻，未至。进何腾蛟阁学督师，仓卒布画，皆有体要。兵气再振，行朝始尊。未几，丁魁楚没于藤江，遂陷平乐。桂林震动。王坤又议走武冈。式耜见王，泣曰：臣本以桂林起事，愿与同存亡。况东粤既失，所存惟此一隅。弃之入楚，百武冈何益？我退一步，则人亦进一步。我去速一日，人来亦速一日。半年之内，三四播迁，军民瓦解，何以为国？不听。乃自请留守桂林，驾暂驻全州，以扼楚、粤之中。诏封焦琏富川伯，隶式耜摩下，同守会城；加陈邦傅为侯，守昭平。三月，大清兵围桂林，冲入文昌门。焦琏自行在方至，从数人，控弦提刃接战却敌。大清兵屯阳朔城外，俱降。式耜与琏危城孤守，刘承允兵至，式耜括库藏、夫人邵捐簪珥以犒，终不肯出战。卒与焦琏兵斗，大掠而去。五月桂林积雨，城坏；大兵四面肉薄急攻。焦琏负创奋臂，往来驰救，呼督师抚按分门守，用西洋铳击其骑卒，寻出城大战，自辰抵午，士皆致死。明日复战，大兵引退。会陈子壮、张家玉、陈邦彦等起兵攻广州，以救桂林。于是，成栋解而东，遂复阳朔。桂林被围三月，外坑大兵，内防乱卒，式耜一手指挥，乃得底定。焦琏久将桂，得桂人心。式耜国士遇之。故独得琏死力。论功进式耜太子太傅，封临桂伯。表让不许。请告自劾言：自二月十五至五月二十九，此百六日中，遇患者三，皆极危险，变故当前，总办一死字，亦遂不生恐怖，不起愁烦，惟是臣之病不独在身，而在心。不徒在形，而在神。身与形之病可疗也，心与神之病不可医也。时王在位一年，未有令闻。王坤去后，周鼎瀚、马吉翔更进用事，行在大权，一归刘承允。式耜忧国，故以疾喻。又请还跸全阳，不报。七月，焦琏复平乐，陈邦传复梧州。式耜表贺。粤西全定，大驾早还桂林，昭告兴陵。王心知式耜忠，制于承允，不能行。八月，大清孔有德入宝庆，遂袭武冈。承胤迎敌。商邱伯侯性遣兵赴难。王自古泥入柳州。式耜疏言：乘舆不可他移一步，滇黔荒远，忠义心涣。三百年土地，仅留粤西一线。且山川险要，兵马糗粮，俱自可恃，惟陛下坚守，无为群议摇惑，以系天下兴复之望。会永州、郴州破，溃兵入桂林者数万，督师何腾蛟、新辅严起恒俱至。式耜修甲兵、营刍谷，促腾蛟再出全州，集郝永忠、焦琏等要言于神，期以同忧国事，皆叹泣禀令。其冬，陈邦彦、张家玉、陈子壮俱败没。式耜闻之，为位东向而哭。十一月，王还桂林。式耜与起恒并相，中外相庆。
顺治五年戊子二月，郝永忠兵溃于兴安，驰至阙下，大掠。王欲西走。式耜力争，谓督师警报未至，营中夜惊，无大恐；众意不能止。式耜曰：果不得已，俟督师归，咫尺威严，士气百倍，若以走为策，桂卮柳益危，来师今日可至桂，明日亦可至南太。反复数百言，起恒亦劝王宜镇以安静。如出，恐桂城遂难保。事且不测，俱不听。夜半，王如南宁；起恒从。夜，溃兵四掠，职官无一得免。式耜伤足，被逼登舟，遇刘远生、丁时魁、刘湘客于樟木港，乃入民舍，草檄