文武二十七人合疏，名「清君侧」，数士英八大罪；邀继咸、腾蛟军中。腾蛟夜起投水，乘不死，脱去；而继咸密上书自白，请勿疏北御。左兵掠九江，夜火照城中。士英惧，矫旨靖南得功率诸镇郑鸿逵、黄蜚等数十郡协捣上流。左部方国安私以四千人归朝廷，反攻良玉。良玉病，颇悔；呕血死。子梦庚不发丧，伪为太子檄下军中，激众怒。
时江北诸臣单，北师临河，士英欲以失机坐尚书郭维经；都人数千叩阉乞免，革职去。改王永吉总河，督师淮、安、凤、庐，驻徐州；巡抚钱继登驻扬州，参政马鸣霆驻江阴，副使□司奇驻京口，都御史杨文骢专监镇军。
决从逆光时亨、周钟、武愫于市。先是，兵部尚书解学龙被劾，逆案未定；镇远侯常延龄乞急褫逆党，遂先定龙日兹、项煜、陈名夏与时亨、钟五人等罪案。时钟兄礼部员外镳为钟解免，诏镳与雷演祚共勒自尽。
史可法自劾师久无功。
琉球国遣使入贡，且请袭封，给事中陈燕翼、行人韩元勳往。
夏四月，北师益急，永吉檄督师可法及监军卫胤文协守。可法疾呼，诸师不应；入都，欲面陈机密，士英沮之。咫尺不得见天子，可法衔涕还泗州。北师逼，退保扬州。
士英请更铸各衙门印，去「南京」二字。
十九日，上召对便殿。大理寺卿姚思孝、尚宝司丞李之春、给事中吴希哲合词，宜先防淮、扬，次及凤、庐。上谕士英：『左兵似不曾反叛，应专心北堵』。士英大声曰：『此皆良玉死党之言，士英不能与共朝廷也』！是时上流一再捷，论功，加黄得功靖国公、郑鸿逵靖卤伯，世袭；加朱大典、阮大铖太子太保，张杰、马得功、郑彩、黄蜚皆锦衣千百户，世袭。其刘孔昭、黄斌卿、方国安、赵民性、卜从善、杜弘域、张鹏翼、杨振宗等，咸升赏有差。
梦庚既败，挟江督继咸北降；继咸不屈，死之。
太监田成等次第上淑女，都下得七十人，最元氏、程氏；杭五人，内王氏者中选；又周书办自献女一人。诏次日入元辉殿，上亲览焉。
二十三日，北师渡河如无人。百姓王诏奏镇兵南避抄掠状，不问。以杨文骢巡抚苏、松五府。北师由天长、六合南下，广昌伯良佐以其众北降，东平伯泽清屯淮南观望。北师攻扬州，城中兵仅三千人；可法三疏乞援，报闻。北豫王复以书招可法，可法不启；曰：『国朝无降宰相』。城破，死之。时同难者，为监军道吴尔埙、督饷佥事黄铉、兵部员外何刚、主事施凤仪、知府任民育、管粮通判吴道隆及侨寓原任兵部侍郎张伯鲸、兵部尚书卫胤文（又礼贤馆诸赞画，不悉姓名）、总兵马应奎、副总兵乙邦才、参将李预等二十七人。镇臣泽清闻扬州破，欲浮海入浙；适风坏巨舰百余，遂北降。而所属张鹏翼、李士琏、张国柱等诸队入海，依巡抚田仰崇明。御史梁云构请召黄得功、刘泽清入卫，不果。
五月朔，尚书捷报至，百宫称贺。时群集清议堂，率不语；大率纳款北师者也。越五日，北师从天宁洲渡江，金陵震；士英计无所出。初十日，召优伶入大内，上与太监韩赞周、屈尚忠、田成等杂坐酣饮。二鼓，上侍太后，携一妃，内官皆跨马轻装，潜从聚宝门出，百官无知者；独士英以方国安兵数千从。历茅山，茅山乡民恨士英入骨，哄起劫之。上仓卒走芜湖得功军，失太后所在。国安护士英弃上竟南下，趋杭州。忻城伯戎政赵之龙出示安民，曰：『此土已上寿北朝矣』。太后间关七日，始得诣杭。时潞王暂居杭州，士英以太后谕，奉潞王监国。得功第一见上，惊曰：『陛下失所重矣！即奈何』！上登镇南将军翁之琪舟。方议南迁，而广昌良佐及靖国前锋马得功时已北归，勒靖国勿南向，得功不从，自刭。于是步将田雄掖上去；琪扳不及，投水死。礼部尚书钱谦益与忻城伯之龙咸奉表出百里，郊迎北师。
金陵既夜失帝，有好事者呼闾巷七、八十人，裹王之明出狱，纳武英殿，高坐嵩呼，行五拜三叩头礼，传示举义报雠。先是，阁臣铎以他事坐逮狱；之明至是出之，并召高梦箕于狱，与铎并为大学士。旋抄马、阮私第已尽，次及杨维垣、陈盟之家。北师入，前诸好事尽散匿，王之明敞罔被执，不终。兵部尚书维垣自尽，妾朱、孔咸投缳从之。吏部尚书张捷、刑部尚书高倬、工部尚书何应瑞，亦皆投缳尽。户部郎中刘成治、兵科给事中刘廷弼，并自裁。中书舍人龚廷祥，投武定桥水死。同官朱■〈火庶〉，亦水死；■〈火庶〉子乡荐伯俞，自尽。礼部主事黄端伯高卧不□□见折入谒豫王，以巡抚招之，不受；就刑。〔户〕部主事吴嘉胤一奉差至丹阳；闻变，自经宋杨忠襄墓道。钦天监挈壶博士陈于阶，亦自经。原任御史陈潜夫出狱，走浙。诚意伯孔昭〔走〕入海。国子生吴可箕，系死鸡鸣〔山关壮〕缪祠。〔苏州诸生顾〕所受，投泮水死。冯小璫与百川桥〔乞儿〕，投秦淮河死。□□□豫王驻天坛，田雄以所执至，王宴之，〔坐〕王之明之下。□责，〔上〕不能答一语。且曰：『大兵尚在扬州，□□□□抑□义教□乎』？意归罪阁部士英。上汗出浃背，从北去。□□□宗监国赧皇帝之传。
论曰：东林诸公徒然□，数百口争之，