用成祖监理之例，分遣各镇监视，添设两部总理；虽一时权宜，亦欲诸臣自知引罪。今经制粗立，兵饷稍清，诸臣亦应知省。其将总理、监视等官尽行撤回，以信朕之初心』。惟关宁密迩外境，高起潜兼两镇暨内臣提督如故。
八月，总督陈奇瑜招抚降贼复叛。先是，众贼为洪承畴所逐，窜汉中；川兵扼巴西诸险，贼饥无所得食，故乞降于奇瑜凡数万人。奇瑜专事招抚，受其降，檄诸部按甲无动，遣官监护降者；且檄所过郡邑，为具糗粻传送之。诸盗本无降意，又未大创，徒以饥疲困于地险不得逞；既度栈道、已出险，渐不受绳束，仍事杀掠，所至罢市。贼遂尽杀监视官三十员，攻陷麟游、永寿，势不可遏矣。
贼先锋高杰降于贺人龙。
闰八月，陈奇瑜至凤县。时贼益炽，北接庆阳，西至巩昌，西北至■〈分阝〉州、长安，西南至盩厔、宝鸡，众殆二十万。奇瑜始悔其见愚，急分兵出御而兵已寡矣。
九月，陕西巡按傅永淳上言：『汉南降贼陷城破邑，所在骚然。皆由奇瑜专主招降，谓盗心已革，不许道途讯诘；故郡邑不敢问，开门揖盗，剿抚两妨。皆奇瑜之流毒也』。
十月，上数御经筵，遇雪不辍。谕讲官韩日缵、姜逢元等，毋忌讳。
十一月，削总督陈奇瑜职，听勘。
侍读倪元璐上言：『边臣之情（？）归命监军，无事禀成为恭，寇至，推委百出；阳以号于人曰：「吾不自由也」。陛下何不信赏必罚，以持其后；而必使近习之人，试之锋镝，又使藉口迄用无成哉！始陛下曰：「行之有绩，即撤」；今行之无绩，益宜撤』。不听。
礼部右侍郎陈子壮尝谒大学士温体仁，体仁盛称主上圣神，臣下不宜异同。子壮曰：『世宗皇帝最英明，然祔庙之议、勳戚之狱，当日臣工犹执持不已；皇上威严有类世宗，而公之恩遇孰与张桂？但以将顺而废匡救，恐非「善则归君」之意也』。体仁意沮，遂成嫌隙。
十二月，进洪承畴兵部尚书，总督河南、山西、陕西、湖广、保定、真定等处军务；其总督三边如故。
总督两广熊文灿戴罪自效。先是，文灿令守道洪云蒸、巡道康承祖、参将夏之木、张一杰往谢道山招降刘香老，既而被执。文灿奏『道将信贼自陷』；上曰『贼渠受抚，自当听其输诚；岂有登舟往抚之理！弛备长寇，尚称未知；督臣节制何事』？故令戴罪。
八年（乙亥）春正月，兵部职方主事贺王圣劾温体仁庸奸误国；谪外。御史吴履中劾温体仁、王应熊并及监视内臣；上切责之。
上以祖训凡郡王子孙有文武才能堪任用者，宗人府具以名闻，朝廷考验授以职，迁除如常例。侍郎陈子壮上言：『宗秩改授，适开侥幸之门；隳藩规、溷铨政』。上以其间亲，下于理。明年四月，始得释。已而宗秩莅官多不法，公私苦之。
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福建游击郑芝龙合粤兵击刘香老于田尾远洋，香老胁兵备道洪云蒸出船止兵。云蒸大呼曰：『我矢死报国，亟击勿失』！遂遇害。香老势蹙，自焚溺死。康承祖、夏之木、张一杰脱归。
七月，以文震孟入阁办事。讲「春秋」称旨，故有此特简。
八月，上谕：『致治安民，全在守、令。而两京文职三品以下、五品以上，各举知府一人，无论科第贡监；在内翰林科道、在外抚按司道，各举州县官一人，无论贡监吏士。过期不举议处，失举连坐』。
十月，上避殿撤乐，下罪己之诏曰：『朕以凉德，缵承大统。不期倚用非人，边乃三入，寇则七年；师徒暴露，黎庶颠连。国帑匮诎，而征调未已；闾阎凋敝，而加派难停。中夜思维，不胜愧愤。今年正月流氛震惊皇陵，祖恫民怨，责实在朕。今调劲兵、留新饷，立救元元，务在此举。惟是行间文武吏士劳苦饥寒，深切朕念。念其风餐露宿，朕不忍安卧深宫；念其饮水食粗，朕不忍独享甘旨；念其披坚冒险，朕不忍独衣文绣。择兹十月三日，避居武英殿，减膳撤乐；非典祀事，惟以青衣从事，与我行间文武吏士甘苦共之，以寇平之日为止。文武官其各省愆淬厉，用回天心，以救民命』。
十一月，大学士何吾驺、文震孟罢。初，吾驺、震孟欲以工科给事许誉卿补南京太常卿，温体仁与吏部尚书谢陞难之。陞遂疏纠誉卿，震孟止欲夺誉卿俸，体仁不肯；震孟作色掷笔曰：『即削籍无害』。体仁夕揭上，而吾驺、震孟朝罢矣。
逮庶吉士郑鄤。鄤继母，大学士吴宗达女弟也。鄤薄于宗达，宗达因揭其杖母、烝〔父〕妾；体仁入告，下狱。
太监高起潜弟，荫锦衣卫中所正百户，世袭。
十二月，城凤阳。
吏部尚书谢升奏起废一百六人，不果用。
贼闯王攻陷光州，贼舁大炮二十座攻城，然二炮，城拉然崩颓。城中顷刻火作，贼乘而入，官吏士民屠戮无遗。
九年（丙子）春正月，以刘宗周为工部右侍郎。
特简淮安卫三科武举陈启新为吏科给事中。先是，启新伏阙献疏；疏称：『朝廷有三大病根：以科目取人，一病根也。据其文章，孝弟与尧舜同辙、仁义与孔孟争衡；及考