土府谷民王嘉胤倡乱，饥民附之。白水盗王二等复合徒众，劫掠蒲州、韩城间。时承平久，猝被兵，人无固志。陕西巡抚胡廷宴庸而耄，恶闻贼，杖各县报者曰：『此饥氓，徐自定耳』。于是有司不敢闻。盗侦知之益肆，遂劫宜君县狱；北合嘉胤五、六千人，聚延庆之黄龙山。
诏焚毁非刑。谕曰：『非法非刑，惨毒异常，允非盛世所宜有。着遵高皇帝敕旨，概从焚毁』。
十二月，大学士韩爌入朝。
二年（己已）春正月，郧阳、陕西、延绥各报流贼肆掠。给事薛国观上言：『贼之炽也，由置盗不问，实酿其祸。今弭盗之方，在整饬吏治；有先事提防之法、有临事剪灭之法、有后事惩戒之法』。上是之。
二月，陕西兵备刘应选率毛兵入汉中，合川兵攻贼，追斩五百余，诛渠魁数十人；余走蜀。其匿汉阴山中者，皆自杀。
钦定逆案，魏忠贤、客氏磔死外，以七等定罪：一曰首逆同谋，兵部崔呈秀等六人。一曰结交近侍，都御史刘志选等十九人。一曰结交近侍次等，大学士魏广征等十一人。一曰逆孽军犯，东平侯魏志德等三十五人；谄附拥戴军犯，内监等十五人。一曰结交近侍末等，俱配赎，顾秉谦百二十八人。一曰祠颂，照不谨例，冠带闲住，大学士黄立极等四十四人。
四月，诏毁「三朝要典」。先是，翰林侍讲倪元璐上言：『梃击、红丸、移宫三案哄于清流，而「三朝要典」成于逆竖。其议不可不兼行，而其书不可不速毁！何也？盖主梃击者，力护东宫；争梃击者，计安神祖。主红丸者，伏义之言；争红丸者，原心之论。主移宫者，弭变于几先；争移宫者，持平于事后。六者各有其是，未可偏非。而奈何逆璫害人，则借三案；群小求荣，则又借三案：而三案之面目全非。故凡推慈归孝于先皇，犹夫颂德称功于义父；于是崔、魏两奸，乃始创之私编，标题「要典」。由此而观，三案者，天下之公议；要典者，魏氏之私书。三案自三案、要典自要典，翻即纷嚣，改亦多事；惟有毁之而已』。上从之，故有是命。倪元璐又论『东林，天下之才薮也。其所宗主者，大都禀清挺之标，而或绳人过刻；树高明之帜，而或持论太深。谓非中行则可，谓之非狂狷则不可；若目曰邪党，则无不邪党者矣』。
秦、晋饥，盗起。征发太众，朝臣请捐俸助饷。上曰：『诸臣兴利除害，则国家受益者多矣；何必言助』。
陕西巡按御史吴焕上言：『秦寇惨掠，古所罕有。抚臣胡廷宴狃于积弛，束手无策，则举而委之边兵；延绥抚臣岳和声讳言边兵为盗，又委之内地。则西安、延安诸邑之被盗，皆两抚推诿隐讳实酿之也』。
六月，顺天府尹刘宗周上言：『陛下励精图治，然程效过急，不免见小利而慕近功。慕近功者，边事也；竭天下之力以养饥军而军愈骄，聚天下之军以冀一战而战无日：此计之左者也。见小利者，理财也；民力已竭，司农告匮，而一时所讲求者皆聚敛之术，水旱灾伤一切不问。有司以掊克为循良，而抚字之政绝；大吏以催科为殿最，而黜陟之法亡：赤子无宁岁矣。顷者，严赃吏之诛，自执政以下坐重典者十余人，可谓得救时之权；然贪风不尽息者，由于道之未尽善，而功利之见不泯也』。
御史曹谷奏申太监王安之冤。上悯之，着还原官，家产给与子侄。
诏各处媚璫生祠，尽行拆毁。
给还万燝诬坐赃银三百两。谕曰：『万燝冤死堪怜，解到诬坐赃银给还家属，以旌忠直』。
七月，以司礼监太监曹化淳提督东厂。
十一月，清兵南下，遣干清宫太监王应朝监视行营。时京师戒严，外臣不称任使，故有是命。
逮蓟辽总督尚书袁崇焕于狱。下兵部尚书王洽于狱。
都城警，诏天下勤王。山西巡抚耿如杞以兵入援，譁于涿州，大掠良乡。耿如杞逮论死，溃兵遂窜走秦、晋山谷间为盗。先是，元年，米脂人李自成性狡黠，善走，能骑射。家贫，为驿书；闻王嘉胤，往投焉。已而参政洪承畴击贼破之，自成走匿山泽间。至是，溃兵窜归，遂出与之合。旬日间，众至万余，推高迎祥为首，称闯王；转寇山西、河南。已而官军击迎祥斩之，群盗遂推自成为主。
十二月，以周延儒入阁办事。
清兵北去，京师解严。
三年（庚午）春正月，陕西边盗王子顺、苗美连逃兵众至三、四千，掠绥德，南围韩城。总督杨鹤、巡抚刘广生击败之，贼遁。复犯清涧，官兵追逐，贼走西川。先是，万历时，朝廷念西军劳苦，预给三月粮以为常。至是秦旱，粟腾贵，军饷告匮，往往譁溃，亡命山谷，遂倡饥民为乱。时东事益急，廷议核兵饷；各边镇戍厘汰至数十万，乘障兵多噪而下。
给事刘懋请裁定驿站，可岁省金钱数十余万。上从之。给事许国荣、御史姜思浚争之不能得。河北游民向藉食驿糈，用是益无赖。岁不登，无所得食；所在溃兵煽之，而全陕无宁土矣。
命洪承畴以都御史巡抚延绥。
复故大学士张居正荫，赐故都督戚继光表忠祠。
前尚宝司原抱一劾大学士韩爌致寇，爌致仕归。
四月，磔袁崇