元年，以太和六年十一月即位改元。
〔温忌武陵王晞表免其官，有司承旨请诛之，帝不许。温奏废晞徙新安。〕武陵王晞未败，四五年中，喜为挽歌自摇大铃，使左右唱和。（檀道鸾《续晋阳秋》《初学记》、《御览》）
〔十二月，荧惑又逆行入太微。〕桓温始以雄盛入辅，系以废立。帝虽登祚，内着字安。初荧惑入太微，寻废海西公。至是犹在太微，帝恶之。谓郗超曰：“命之修短，本所不计，故当无复近曰事邪？”超云：“大司马温方内固社稷，外布经略，非常之事，臣以百口保之。”超请假还东，帝谓之曰：“致意尊公，家国事一至于此，又吾不能以道自卫，思患预防，愧叹之深，言何能喻！”又诵庾阐诗云：“士痛朝危，臣哀主辱。”因泣下。（檀道鸾《续晋阳秋》《御览》）
七月帝不预，诏温曰：“吾遂委顿，足下便下，冀得相见。”（檀道鸾《续晋阳秋》《御览》）诏曰夜四发，温不至。立子昌明为皇太子。遗诏温依周公居摄故事。又曰：“少子可辅辅之，如不可，君自取之。”王坦之持诏于帝前毁之，帝使改诏。又诏曰：“不谓疾患遂至于此，今者惙然，势不复久。且虽有诏，岂复向及！慨恨兼深，如何可言。天下艰难而昌明幼冲，眇然非阿衡辅导之计，当何以宁济社稷？国事家计，一托之于公。”（檀道鸾《续晋阳秋》《御览》）
帝崩。帝外压强臣，忧愤不得志，在位二年而崩。（檀道鸾《续晋阳秋》《世说》注二）
帝以太兴三年生，弱而慧异，中宗深器焉。及长，美风姿，好清言，举止端祥，器服陈素。与刘○、王○等为布衣之游。（原注：以上亦见《类聚》）由登庸历位散骑常侍、右将军、抚军将军，以懿亲民望任登宰辅。值穆帝幼冲，母后临朝，桓温有平蜀、洛之勋，擅强西陵。帝于家国之寄，具瞻所归，而自断（原注：一作料）文弱，无以抗之。陈郡人殷浩，素有盛名，时论比之管、葛。又琅邪王洽，丞相导之子，既是名公子，少有声望。乃以（原注：一作征）浩为扬（原注：一作湘）州刺史，洽为长史。徐州刺史葛羡亦以清贵居藩，同心忧国。温见此树置，知意在抗己，甚忿焉。（原注：此节亦见《世说注》五）温既以雄武专朝，任兼将相，悉众北讨以成乐推之势。乃枋头奔败，知民望之去，乃屠豫州刺史袁真于寿阳城。既而闻郗超曰：“足下何以雪枋头之耻乎？”超因说温以废立之事。温既宿有此谋，深纳超言。既废昏立明，民人悦服。然恭己难免，政自温出。帝性音深沉雅有局镇，尝与太宰武陵王晞、桓温同乘至板桥。温密敕令，无因而鸣角鼓噪，部伍并皆惊驰。温佯（原注：一作阳）为骇异，晞大震惊，急求下车。帝举止自若，音颜无变。温每以此称其德量，故论者谓温服惮之深也。（圆柱：此节亦见《世说》注四）若假帝修年，则温篡逆之图绝矣。（檀道鸾《续晋阳秋》《御览》）
孝武帝
二月温来朝，大陈兵卫，延见朝士。郗超卧帐中听其言，风动帐开，安笑曰：“郗生可谓入幕之宾。”超谓温雄武，当乐推之运，遂深自委结。温亦深相器重，故潜谋密计，莫不预焉。（檀道鸾《续晋阳秋》《世说雅量第六》注，其中似有据《通鉴》补句）
〔七月，桓温卒。〕大司马府军中人朱兴妻周息男道扶，年三岁，先得痫病。因其病发，掘地生卖之。为道扶姑双文所告，正周弃市刑。徐羡之议曰：“自然之爱，虎狼犹仁，周之凶忍，宜加显戮。臣以法律之外，故当宏济物之理。愚谓可特原母命，投之遐裔。”从之。（檀道鸾《续晋阳秋》《御览》）
二（原注：原作正）月丁巳，有星孛于女虚，芒长四尺，西南指。（檀道鸾《续晋阳秋》《占经》云：应后苻坚屠凉州及移流民于淮南）
〔诏谢安总中书。〕谢安初携幼稚同好，养志海滨，襟情超畅，尤好声律。然抑之以礼，在哀能制，弟万之丧，不听丝竹者将十年。及辅政，而修室第园馆，丽车服，虽期功之惨，不废妓乐，王坦之苦谏焉。（檀道鸾《续晋阳秋》《世说赏鉴第八》注）
三月丙戌，慧星出氐亢，移及角轸，翼张长十丈，东北指。（檀道鸾《续晋阳秋》《占经》云应后天门蛋（延虫？）攻郡，桓石虔破姚苌）
十一月己酉，天门蛋（延虫？）攻郡县吏民。（檀道鸾《续晋阳秋》《占经》）
癸酉，太白掩荧惑，在营室。时威（原注：《晋纪》作镇）远将军桓石虔破羌贼（原注：一作氐贼，盖时为苻坚将也）姚苌于垫江。（檀道鸾《续晋阳秋》《占经》、）
正月大赦。（檀道鸾《续晋阳秋》《占经》”大赦“三字原误作“丁未”）
〔五月，王坦之卒。〕坦之雅贵有识量，风格峻整。（檀道鸾《续晋阳秋》《世说品藻第九》注）
谢朗字长度，安次兄据之长子。安早知之，文义艳发，名亚于玄。仕至东阳太守。（檀道鸾《续晋阳秋》《世说言语第二》注）
〔徙谢安领扬州刺史。安以袁宏为东阳郡。〕宏起家建威参军、安南司马记室。太傅谢安赏宏机捷（原注：一作机对）辩速，自吏部郎出为东阳郡，乃祖之于冶亭，使贤皆集。安欲卒迫试之