公出迎十里外，具粮饷、牵牲牢以犒军。又使弟光垤、光垠以乡兵千度白鸽岭，迎巡抚吴兴祚军于永春。大兵达泉州，大破贼，贼走入海。喇哈达上其功，再下部议叙；迁翰林学士。公上疏推功将帅，辞新命；不允。十九年八月，至京，授内阁学士。因面对，言『郑锦已死，子克塽幼弱，部下争权；宜急取之』！又言：『内大臣施烺习海上形势，知兵；可重任』。圣祖用公言，卒平台湾。复疏言：『原任编修陈梦雷虽陷贼中，托病支吾；受臣密约，隐图反正。宜贳其从逆之罪』。已而法司坐梦雷斩，诏从宽免死。
闰八月，圣祖御干清门，命公奏进家居所着文字。公汇其读书笔录及论学文字为一卷，叙而进之；其言曰：『臣惟学之系于天下，大矣。古之言学者，自说命始；其所谓多闻学古、时敏逊志，与夫教学相长、始终克念，皆后世聪明才智之士所不屑道。而彼以天纵之君、帝赉之佐，孳孳相勉，若不及是；以君则继成汤嘉靖于殷国，臣则与阿衡媲美于有商：学之切于治道如此。古今言学者，莫不曰帝王之学，与儒生异；臣以为不然。夫溺于技艺、滞于章句，以华藻为美、以涉猎相高，岂独帝王哉！虽儒生，非所尚也。若夫穷性命之原、研精微之归、究「六经」之指、周当世之务，则岂特儒者所宜用心！帝王之学，何以加兹！盖高宗所谓「恭默以思」者，性命之原、精微之归也；其所谓「学而有获」者，经训之旨也；其所谓「监而罔愆」者，当世之务也。此古今言学之宗，亦古今为学之准也。肆我皇上，天挺其姿、神授之识，生知乃复好古、将圣而又多能；其潜思实体、朝讲夕诵，非尧、舜之道不陈于前，非天人性命之书不游于意。臣窃谓我皇上非汉、唐以后之学，唐、虞、三代之学也。臣穷海末儒，蔽于聪明、局于闻见，四十无闻，没身为耻。今太阳之下，爝火益微；抱卷趦趄，陨越无地。然臣之学，则仰体皇上之学也。近不敢背于程、朱，远不敢违于孔、孟；诵「师说」、守章句，佩服儒者，屏弃异端：则一卷之中，或可以见区区之志焉。臣又观道之与治，古者出于一、后世出于二。孟子叙尧、舜以来至于文王，率五百年而统一续：此道与治之出于一者也。自孔子后五百年而至建武、建武五百年而至贞观、贞观五百年而至南渡，夫东汉风俗一变，至道、贞观治效几于成、康；然律以纯王，不能无愧。孔子之生东迁、朱子之生南渡，天盖付以斯道而时不逢：此道与治之出于二者也。自朱子以来至我皇上又五百年，应王者之期、躬圣贤之学，天其殆将复启尧、舜之运，而道与治之统复合乎！伏惟皇上承天之命，任斯道之统，以升于大猷；臣虽无知，或者得依附末光，而闻大道之要。臣不胜拳拳』！二十一年，乞假送母回里。二十五年至京，补前官；寻授翰林院掌院学士，充日讲起居注官兼经筵讲官。
二十六年，命教习庶吉士。复以母病乞归省，命悬缺以待。二十七年四月至京，时值孝庄文皇后丧礼，部劾公在途迁延，弗及叩谒梓宫，请下吏部议；议降五级，得旨「勿问」。初，公尝奏侍读学士德格勒有学行、善占「易」；而德格勒亦称公兼文武才，宜膺封疆重寄。会天旱，圣祖命德格勒揲蓍，因面论大学士明珠过失；明珠闻而大恶之。寻有言德格勒与其同官诽议朝政；圣祖召试诸廷臣，德格勒以文劣削五级，留任。寻又私抹「起居注」，为掌院学士库呼讷所劾，下刑部论罪。有旨以前奏诘公，公引罪乞处分；圣祖原之。九月，充武会试正考官。二十八年五月，改通政使；十二月，擢兵部右侍郎。三十年二月，充会试副考官。九月，偕侍郎博霁、徐廷玺、原任河道总督靳辅往江南视河工；明年正月，绘图还奏。三十三年正月，提督顺天学政。四月，闻母丧，有旨令在任守制；公请给假九月回籍治丧，不允。给事中彭鹏劾公忘亲贪位，请令解任，俾在京守制；下九卿议，如鹏请。三十五年服阕，仍督顺天学政。三十六年，迁工部左侍郎，督学政如故。
三十七年十月，授直隶巡抚。公在官以清勤自厉，恤民之隐；尤尽心于农田水利。
三十八年二月，诏以漳水与滹沱合，易泛滥；其导漳河由运达海，以分滹沱之势。公疏言：『漳河见分为三：一支自大名经魏元城至山东馆陶，入卫归运；一支名老漳河，自山东邱县经南宫及青县与完固口合，至鲍家嘴归运；一支名小漳河，自邱县经广宗、钜鹿合于滏，又经东鹿、冀州合于滹沱，由衡水至完固口复分为两支，小支与老漳河合流而归运，大支经河间、大城、静海入子牙河而归淀。令入卫之河与老漳河流浅而弱，应量加疏浚；其完固小支应筑坝逼水入河，以达之运；更于静海、阎留二庄挑河筑堤，束水归淀，俾无泛滥』。报可。次第讫工，因奏霸州、永清、宛平、良乡、固安、高阳、献浚新河占民田一百三十九顷，请豁其赋额；从之。三十九年，圣祖以子牙河屡泛滥，自河间以北、静海以南皆被害，遂亲临相视，发帑金命公于献河东西两岸筑长堤，西接大城、东接静海亘二百余里；又于广福楼之焦家口开新河，引水入淀。由是下流益畅，无水灾。其年七月，公以堤工既成，请开诸州县水田，引漳、滏、鏬沱、大陆诸水资灌溉，荐管河同知许天馥为河间知府司其役；