其老巢，连破贼寨木城，阵斩伪将数十员，生擒鹏归，数以大义诛之。凡调遣所属绿、旗各路将士大小一百四十余战，搴旗斩馘，所向克捷；皆仰天威远震荡平，捷于影响，克奏肤功，恢复邻疆。三藩并叛，惟平闽独先，则公首扼衢州之力也。九月，为钦奉上谕事，部议飞报官兵大捷等事，俱系调度有方，擒斩逆贼兵一十四案，酌量议叙；奉旨：『李之芳着加兵部尚书，仍兼都察院右副都御史为正一品，照旧管事』。拜疏谢恩。公思平贼之后，事之重大而再急者，惟有仰遵恩诏将应行蠲免赈恤事宜，亟请大沛皇仁，以救垂死之百万生灵；经三疏迫切吁陈浙东金、衢、严、温、处五府属残黎阽危惨苦情形，请将康熙十六年以前一应本、折钱粮尽予蠲免。而部议以江山等县卫所并未确查，分别苦累轻重，复具疏四请，略云：『恤民以固邦本、裕赋以资国用，两者原属并重；然必使有可存之民，而后有可征之赋。被贼蹂躏之地，室家离散，田庐荡然，虽哀鸿甫集而饥寒并切；若不急沛恩纶，无论旧逋终不能完，徒使新逋愈积、现征复亏。即日黜一官，无益于事。每念兵革之余，伤惨已极；欲期民皆乐业、复还旧观，实非易事。惟蠲此不可复征之赋而休养生息仍成国家财赋之地者，即于此屡吁宸听，为恤民计，未尝不为筹饷计也。当年仓卒用兵之际，师行粮从，军糈未办，先有追回已解闽饷一十五万两贮衢州府库，得资官兵俸饷，士马赖以饱腾；安辑投诚，凡捐赏袍帽、银物，屡经各疏题明支用饷银及措垫清册，悉听部议开销，无敢假借虚冒者，较邻封用兵节省钱粮无算』。而格于部议，卒蒙恩旨允销。公常云：『军中刑赏，关系甚重；一言不当、一事不协，大事隳矣』。奉部文题用文武各官，不惟不徇人情，亦且不徇己意；皆较公量能，毫发无私。虽千、把微员，拔用一人，三军无不服其至公。盖为各路冲锋对垒、劳苦有功者不乏其人，若舍此不用而以未有真功、实苦者幸授，则行间将士谁复肯致命宣劳，为国固圉乎！故人心竞劝，性命可捐，何敌不破！所以各路兵行，处处获捷；政亦得力于此耳。由偏裨、弁目拔擢至提督、总兵官如陈世凯、李华、吴英等二十余人，勇略茂着，上彻天听。举荐贤良属官，人未尝知；有知者或以牲牢之物稍佐军需，必却之。日凡所犒赏，军中无不知其所由来；盖所为者极难，庶足激励众心，能得其死力耳。尝面诫属官曰：『时虽多事，荡平不难。若辈存心行事，仍作太平无事时观。朝廷功令无宽假，余为朝廷执法之人，亦不敢宽假也』。然清严而不刻；每曰：『仲尼不为已甚，亦未尝轻劾一官』。
己未三月，具疏自陈，乞罢；奉旨：『卿才品优长，简任总督，殚心料理，效力行间，着有劳绩。着照旧供职。该部院知道』。七月，会地震，诏求直言；疏陈四事：请复给难民子女、请免荒绝丁粮、请复设各省理刑、请复生童旧额。具疏汇报招抚浙江、江西等处投诚各案文武伪官共六千二百余员、伪兵人等共一十六万五千五百余名，各给赏分别归农入伍；俱奉有『具见悉心筹画，剿抚并用，可嘉；事平议叙』之旨。枢部议叙，武职军功共加二十九等、纪录一十九次；铨部议叙，加三级，以尚书正一品照旧管事。庚申，题请操练战船，袭击「海寇」；密饬定海镇一遇警息，知会巡海部臣点验出洋，掩击于孝顺洋，斩获奏捷，以示大创。又请敕部议调福建水师分驾战船一百号，由是闽洋直趋温、台，浙省水师由定关会师夹剿一切岛窟；更请会剿事竣，即以闽来战船分泊温、台，配兵守汛：在浙可无成造之费、在闽可免修艌之烦，以宽物力而省钱粮，一举而数善备矣。辛酉，会题枫岭营循照旧制浙、闽制省要害之地（？），巩固边防。公从康熙十三年驱师扞御，任艰责钜；外御方张之寇，内顾征剿之兵。既图固此民心，又恐有隳士气；千思百虑，惟期有济军机，无偾事势。多方调度，靖寇安民；上赖庙谟制胜，下得将士奋勇争先，平定疆圉。至避乱难民，亦有沦陷日久，脱走来归者；每加抚慰，量给银米。嗣是来者日众，亿万姓扶老携幼，鹑衣鸠面，无家可依；因遣员于龚家埠权为茅屋二千余间以居之，每名口捐米七合以给饔飧，饬令分别男女，不致杂处。然而军兴，公帑不可轻支；乃与抚院陈公量议捐助，而身为之倡。有田可耕，更给民牛种。而民之来归者益多，并无失所之叹。又于西安之柏陵街及江郎街、二十八都、保安桥等处（皆入闽通衢）设厂煮粥、施汤，端委标员管理；凡五年，赈济过往来人夫饥民一百二十二万一千五百名有奇。虽兵燹之后，民无供役之苦。
壬戌八月，奉诏班师；十一月，迁掌中枢。癸亥四月，赴兵部尚书任；辨官论材、陟罚臧否，一以「无我」行之，为僚属所敬服。甲子八月，升吏部尚书；饬诸吏无得升堂，使坐曹听行文书而已。由是吏不得与铨事，予夺一秉至公。居月余，翕然声动京师。
乙丑夏六月间，因积劳成疾，肩患痈肿；蒙皇上遣御医大夫刘存恕、祈嘉到至邸中诊视，所需药饵于尚方御药房支取。调治月余，时复存问。然年逾六旬，气血衰羸，具疏请解任；奉旨：『卿才品优长，简任铨衡，正资料理。着照旧供职，不必以老病求请解任。该部知道』。丙寅春