示前往晓谕安辑；海洋远徼，尽入版图，积年逋寇，悉皆向化，具见卿筹划周详，剿抚并用，克奏肤功，朕心深为嘉悦。在事有功人员，该部一并从优议叙。余令议政王贝勒大臣会议以闻。议政王等因奏：台湾应弃应守，请俟郑克塽等率众登岸，令侍郎苏拜等与该督、抚、提督会同商酌定议具奏。上报可。
寻琅又奏言：臣八月十一日率领官兵自彭湖进发，十三日入鹿耳门，至台湾。十八日，郑克塽及伪文武官俱已薙发。九月二十五日，宣读赦诏，克塽等皆欢呼踊跃，望阙叩头谢恩。所有郑成功之子伪辅政公郑聪等六人，郑锦之子伪藩郑克塽及其弟伪恭谨侯郑克塽等共九人，伪武平侯刘国轩、伪忠诚伯冯锡范等子弟及明裔朱桓等十七人，并旗兵续顺公下官兵家口、海澄公家口，臣俱拨船配载官兵，陆续护送，移入内地，并移咨侍郎臣苏拜、督抚二臣，听其安插。其余伪文武各官家口，见在趣令起行。兵丁有愿入伍及归农者，听其自便。至于江、浙、闽、粤各省被获男妇，臣仰体皇仁，已悉令其回藉。其伪册印札付，已次第追缴。仓库人民户口册籍、船艘军器，俱令巡海道线一信等察收。
九月戊寅（初十日），授提督施琅为靖海将军、封靖海候，诸将士升赏有差。
上谕吏、兵二部曰：向来海寇窜踞台湾，出没岛屿，窥伺内地，扰害生民，虽屡经剿抚，余孽犹存，沿海地方，烽烟时警。迩者滇、黔底定，逆贼削平，唯海外一隅，尚梗王化。爰以进剿方略，咨谕廷议。咸谓海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全。朕念海氛不靖，则沿海兵民弗获休息，特简施琅为福建水师提督，前往相度机宜，整兵征进。该提督忠勇性成，韬钤夙裕，兼能洞悉海外形势，力任克期可奏荡平。遂训练水师，整顿战舰，扬帆冒险，直抵彭湖，鏖战力攻，大败贼众，克取要地，立奏肤功。余众溃遁台湾，慑服兵威，乞降请命；已经纳土登岸，听候安插。自明朝以来，逋诛贼寇始克殄除，濒海远疆自兹宁谧。此皆该提督矢心报国，大展状猷，筹划周详、布置允当，建兹伟伐，宜沛殊恩。施琅可加授靖海将军，封为靖海侯，世袭罔替，以示酬庸。前进剿云南官员曾各加一级、兵丁赏赉一次，顷因该提督所统官兵出海进剿，勤劳堪念，已经照云南例加给赏赉。复思官兵远抵海疆，冒险剿寇，非滇、黔陆地用兵可比在事官员可再各加一级、兵丁再赏赉一次，以示特加优渥至意。尔二部即遵谕行。
朱逖先先生曰：平定台湾一役，清廷独赏施琅而不及姚启圣，而此方略又干没姚启圣功绩而不书。近人撰姚启圣传，谓『琅进攻台湾、取彭湖，启圣驻厦门督馔餫，以大舟载金缯货米至军，赉降卒，遣之归，台民果携贰；复设闲使克塽与国轩互相猜，众莫为用，琅遂定台湾，克塽、国轩等皆降。启圣还福州，未几，疽发背死』（见清史稿列传四十七）。海上见闻录言『其年十二月，姚启圣病故』。启圣亦急于功名之人，宜其愤懑而死也。而施琅之贪功揽权，徼天之幸、因人之功以济其欲，以及清廷赏罚之不公，可见一斑矣。
十月丙寅（二十九日），命严察海寇余党。
将军侯施琅奏：据刘国轩云，伪礼武镇总兵杨彦迪一队船■〈舟宗〉在广南柬埔寨、伪水师二镇总兵周云隆船■〈舟宗〉一队在舟山、房锡鹏一队船■〈舟宗〉在浙江乌洋。察杨彦妻子□□台湾，臣已令保释安插，当俟正月间遣人往调。其周云隆、房锡鹏，亦当遣人谕令来归。如不归顺，应行浙江总督发兵扑灭。尚有郑克塽等兴贩外国过洋船艘，已遣外委守备曾福等往察，悉令返棹。上谕：施琅遣官往察诸处船兵，具见筹划周详，可嘉。此等现在海洋船艘、伪官兵丁，其严加详察，俱令速归，务尽根除，勿得仍留余党，致滋蔓延。该部知之。
康熙二十三年（一六八四）四月己酉（十四日），命设置郡县于台湾，设官兵守之。
都察院左副都御史赵士麟、将军侯施琅、侍郎苏拜等俱以台湾不宜弃，交章上言。上谕：台湾设立郡县营伍之制，令侍郎苏拜、将军侯施琅及总督、巡抚、提督详议。既苏拜等议奏：台湾地方千余里，应设一府、三县。府城及附郭一县治赤■〈土敢〉，一县治凤山，一县治诸罗山。但距省会辽远，应设一道员分辖。又台湾设总兵官一员、副将二员、兵八千，分为水陆八营；彭湖设副将一员、兵二千名，分为二营。每营设游、守、把等官。上允之。改赤■〈土敢〉为台湾府，附郭县为台湾县；以凤山为凤山县、诸罗为诸罗县。
十二月甲辰（十三日），授郑克塽公衔，刘国轩、冯锡范伯衔。
先是，侍郎苏拜等奏：郑克塽、刘国轩、冯锡范等应俱令赴京。又明裔朱桓等亦应令其赴京。其武职官一千六百有奇、文职官四百有奇，愿回籍者应许其各回原籍，愿受职者应俟该部察例议叙。又兵四万余人，愿入伍者令其充伍、愿归农者听其归农。上谕：郑克塽家口亲族及刘国轩、冯锡范、陈永华本身家口，俱遣发来京。其伪官人员并朱桓等，俱于附近各省安插，令其垦荒。余如所议。至是，克塽等至京。上念其纳土