戌（十五日），命大将军康亲王杰淑等规取金门、厦门。
杰淑等奏：臣等已将征调舟师敕谕令荷兰国人赍往，因赶塘、石碑洋诸地为海寇所阻不得行，故未达而还。上谕：顷因定海舟师少，已特增兵。今荷兰国人为寇所阻，何以不行扑灭，俾得前行？音问既未能通，舟师必不能如期而至。如此，则我兵遇有机会，可不俟荷兰舟师，即进剿耶？抑必俟彼船至日，方举事也？兹以剿荡海寇，增调师旅，修理战舰，糜费军饷甚多，大将军王等宜规取金门、厦门，速靖海氛，不必专候荷兰舟师。
四月戊辰（初五日），命加湖广岳州水师总兵官万正色太子少保，调为福建水师总兵官。
时正色条奏闽海情形、水陆战守机宜。上谕：万正色剿寇洞庭，着有劳绩。今岳州、长沙诸处悉已恢复，无烦水师。且正色闽人，稔知水性。兹剿灭海寇之际，从优加太子少保，调为福建水师总兵官，率所部官兵克期速赴闽中。其标下兵有不谙水者仍留岳州，以见在投诚兵内习水者补额携往。至闽之日，即以所条奏事宜，与大将军康亲王等会议酌行。旋擢正色为福建水师提督，统辖全闽水师营务，以专职掌。
五月甲寅（二十一日），命提督万正色统湖广、江南、浙江战舰赴福建。
先是，湖南用兵，令江南造鸟船百艘送岳州军前。至是，岳州既复无须舟舰，上因谕议政王等曰：万正色赴闽时，即令其领在岳鸟船并水手以行。至江南、浙江，更选战舰共百艘携往，以资征剿。
六月丁亥（二十四日），命广东督、抚、提督分兵防守濒海要汛，断贼粮饷。
巡察潮、惠等处海口吏部主事塞楞格等奏：粤东马■〈氵窖〉、鸥汀背诸处，乃濒海要地，宜严加防闲。请调拨官兵分驻各口，庶居民储粟不致侵掠，而奸徒私通贸易之弊亦可杜绝。上谕：巡视海疆，严禁奸民贸易，潜资寇粮，乃平海机宜所关。马■〈氵窖〉、鸥汀背、石井寨诸处，俱沿海要地，其令广东总督、巡抚、提督等速发官兵防御海寇，杜绝奸民私通粮糗。塞楞格等乃特遣严察海疆之员，何地紧要，宜添兵防守？即移文该督、抚、提、镇调兵驻防。如汛守官员不行严缉，或私纵奸民通贼贸易、接济粮米等物，塞楞格等即指名参奏。
八月癸亥（初一日），命湖广巡抚张朝珍致西洋炮于福建。
上谕议政王等曰：攻击海贼营垒，宜用火炮。内造西洋炮甚利，且轻便易运，可移令湖广巡抚张朝珍，以湖广所有西洋炮二十具委官递送福建总督姚启圣军前，用资剿御。
命总督姚启圣遣人开谕刘国轩等。
启圣奏：海逆郑锦以台湾为巢穴，志必不降，断不可遣人招抚。其伪武平侯刘国轩乃贼中渠帅，颇能用兵，请赦其前罪，授以公爵。伪将军吴淑本无反志，由部将追胁，请亦赦其前罪，授以侯爵。至伪总兵陈昌、林升、江钦、吴潜，均请畀以总兵官，实授管事。此数人若解体投诚，则郑锦势孤，海寇根株立可芟灭。上谕：凡逆贼有率众来归及献城纳款者，必俟投至之日，方论功议叙，有未经投顺，先爵以公侯之理？刘国轩等如果输诚立效、率众来归，当赦其前罪，仍行论功。该督可遣人以此意往谕之。
命海澄公黄芳泰赴京师。
时芳泰题请暂驻汀州，为其兄芳度营葬。总督姚启圣因奏：汀、漳二郡多有冒称海澄公家人者，即有奸宄，有司不敢问。且吴淑、吴潜等曾害芳度，因芳泰在汀，不敢来漳归顺，芳泰不宜久留汀州。上乃令芳泰携家赴京师。十一月庚戌（十九日），命提督万正色克期破贼。
总督姚启圣奏：臣会同将军提督杨捷，酌拨兵一万四千人赴水师提督万正色军前。第沿海诸汛地兵力单弱，召募补额。上谕：进取金门、厦门诸处，事关重要，该督调发兵丁，听万正色统领克期破贼。其所请募兵补额，俟大将军康亲王题明满兵应撤应留之日，再行定议。
壬子（二十一日），命福建吴兴祚等速治战舰。
先是，兴祚请修理战舰，上已遣吏部郎中萨尔图等往闽督修。至是，兴祚又奏：战舰二百五十艘见在修理，若待竣工齐发，恐误风汛之期。请以修缮已毕者同新造鸟船配兵先发，余俟萨尔图等督趣告竣。上谕：战舰乃破贼急需，其令巡抚吴兴祚同萨尔图等速行修治，无误万正色师期。
十二月己巳（初八日），命提督万正色严饬将士，抚按被寇之民。
正色奏称：今天时便利，乘风破浪，在此一举。第新船虽竣，旧船尚在督修，且檄调诸路兵及炮手犹未悉至。臣即以新船配官兵，先赴定海训总。俟舟师辏集，随定期水陆夹攻。上谕：灭贼之事至为巨要，可令江南总督阿席熙速选善用炮者二千人送该提督军前。福建总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督杨捷、郎中萨尔图等亦速遣发士卒，修整舟舰，毋或愆误。提督万正色，其严饬将士，凡大兵所至，务当抚绥被寇之人，毋妄肆淫掠，负朕恤民至意。
癸酉（十二日），增设提标援剿四总兵官。