草各种凡数百株，起造城壕、房舍，为持久计，而时遣轮船沿海驶赴后山一带探径，出入其地。近番社，则出绫布、酒果、钱货诱和，俾向导入山。于是有网索等十一社诣军投降，领给红旗，以凭出入，并限其头人四日入见一次，传报消息。乃由风港、石门、四重溪三路进兵，攻破牡丹社、高士佛社、加芝来社、竹仔社，择要屯扎，进图龟仔角社。番人精标枪，时于密林狙击，日兵亦多伤亡者。有加锥来社生番头人导往拔磘社驻扎，遂转入后山界焉。
沈葆桢既抵台郡，值福建布政使潘霨奉诏帮办防务，取道上海，晤日本驻京公使柳原前光，商允退兵，具有手书，即派同台湾道夏献纶邀会船政衙门洋将日意格斯恭塞格赴琅峤日营，晤中将西乡从道，反复辨论，重申前议。兼出沈葆桢照会，破其狂愚。西乡怃然不应。潘霨乃传会各番社头人，宣示国家德意，均欢欣鼓舞，以为日本欺凌，恳求保护，出具嗣后不敢劫杀押状。西乡探悉其情，复坚邀潘霨晤语，以生番本非中国版图为词。示以台湾府志内载生番各社输饷数，逡巡婉谢，允止本国后兵，兼复书柳原前光，俾与中国议约。沈葆桢据以陈奏。其要曰：窃思倭奴虽有悔心，然窥我军械之不精，营垒之不广，贪鸷之念，积久难消，退兵不甘，因求贴费，不允必求通商，此皆万不可开之端，且有不可胜穷之弊。非益严儆备，断难望转圜。倘恃其款词，日廷一日，奸民乘隙构煽，必至事败垂成。班兵惰窳性成，募勇训练无素，请于北洋大臣借拨洋枪队三千、南洋大臣借拨洋枪队二千来台，乃有剿敌之军，以为各表率云。
六月，唐定奎檄饬所部随征曰统带，武毅右军五营提督王德成及管带前营提督李常孚、管带左营总兵宋先聘、管带右营总兵余光德、管带后营副将胡国恒为前队；曰帮带，武毅亲兵正营都司唐先品暨统带武毅左军三营提督张光亮及管带正营游击何迪华、管带左营都司陈有元为中队；曰管带，武毅亲兵副营提督周志本暨统带铭字中军三营提督章高元及管带副将刘朝林、管带左营参将朱鸣安为后队。均由陆路陆续进发。而唐定奎自率营务处知府田勤生暨银钱所、讯验处、采办处诸文武员弁舟下扬州，简料军书、饷械，以利遄行。
当是时，总理各国事务王大臣以日本盘踞台湾牡丹社一带，后患方长，各直省沿海口岸亟宜一体设防，联络声势，以操胜算。请旨敕下奉天、直隶、江、广、闽、浙各将军、督、抚会议复奏施行。于是唐定奎援军东去，而江南修筑炮台之议遂起。
始唐定奎驻防徐州，纪律甚严，军民习久而安。当溽暑出征，徐民念之而不忍其去，士卒亦颇以重洋为苦。唐定奎勉谕诸将，以大义譬晓，而豫给口食以助其装，散出私财以赡其家。由是讙然听命，以次乘轮东渡，号为节制之师。秋七月，唐定奎亲督四营至台湾旗后，陆行抵凤山，择地分屯。余营陆续尾进，至九月毕至。
先是沈葆桢筹防陆路，以台南与倭营逼近，调募七营，属台湾镇总兵张其光统之，以遏冲突。而台北要地，尤为倭人窥伺，即属夏献纶统所部诸营会同前署台湾镇曾元福，提唱南北漳、泉、粤三乡团勇，以杜旁窜，而戢内奸。帮办潘霨亦驻营凤山，兼办招抚生番事宜。日将乃据营不出，惟勾致近番，给以号旗、钱布。继购得琉球国人首级，以洋银重酬之。会刺桐脚庄民与龟纹社寻仇，勾引日将往攻。日将即移营刺桐脚以待。而唐定奎援兵适至，潘霨迎劳，旌旗壁垒一新。其前广东南澳镇总兵吴光亮，为沈葆桢奏派募勇二千，又相继抵旗后赴郡。日将亦颇有戒心矣。
初，唐定奎奉旨归沈葆桢调遣。沈葆桢性严重，不以词色假人，见者惴惴，辄相告曰，难乎为下。有举以戒唐定奎者。定奎曰：公以实心治事，仰之久矣。吾以实心应公，事其集乎！至是，相见论军事进止，悉合，各大喜过望。沈葆桢称为沈毅勇敢，得之如久旱甘霖，形诸奏牍。又以淮军向章，岁给九关饷银，今远涉重海，劳逸回殊，按月加足三关，藉资抚慰云。
是时，淮军诸将既毕渡而东，争欲一战驱敌，以竟大功。而朝议不欲肇开兵端。日本公使柳原前光既已入都，而日国自奉总理事务衙门照会诘问兵端，又派公使大久保利通续来议约。唐定奎分部诸将，各固营垒，以防窥衅。遇有倭人，不得凌犯。而深戒士卒毋秋毫扰及民番，以贻倭人口实。既入郡谒辞沈葆桢，亦坚约蓄锐养精，以俟朝命。于是日督将士浚濠修垒，习阵练技，台局一振。
八月，日军疫气流行，死者日四、五人，病者不可胜计。其兵官数人卧不能兴。有美人机慎者，为入牡丹社绘地图，病危而返。然日将在营增修兵房，工作不息，军器粮食，亦轮运源源不绝，诳称万余劲兵将至，以耸民番观听。而龟山地当风冲，秋高飓起，营房时有坍塌。琅峤海峤巨浪激发，轮船亦颇难寄椗焉。
帮办潘霨之招抚番社也，以日将初攻牡丹番社时，探有卑南七十二番社，丁壮万余皆强悍有力，购奸民潜钩番目陈安生与和。沈葆桢深念欲弭外患，先固内疆，开山抚番，实自治上策。议分中、南、北三路办理。乃首招陈