督黄仍遣两镇兵分剿南北两路。总兵郝行至大湖，不能进，遂驻兵告警。
二十有三日（壬辰），总兵柴大纪复诸罗，获伪军师侯元。
诸罗既复，代理府事同知杨廷理以升知州陈良翼素得民心，请于台湾道永，檄令代理县事。福防同知杨绍裘奉委来台视府事。
二十有四日（癸巳），闽安协副将徐鼎士领兵抵艋舺。
艋舺环绕大河，为淡水要路，副将驻兵于此，有义民万余人协同守护。时诸宵小煽动，泉、粤各庄悉怀疑虑，赖寿同春开诚劝谕，民乃宁辑。
二十有七日（丙申），兴化协副将格绷额领兵一千六百人随汀州镇总兵普吉保至。
总兵普吉保船被风漂至凤山打鼓港，提督黄仕简令其统兵往北路会攻斗六门。
二月二十有三日（辛酉），复凤山。
先是，总兵郝壮猷久困大湖，郡城防兵仅千人，请援莫应。适福宁镇游击延山领兵一千人来郡，台湾道永福、同知杨廷理、知县王露拨所领义民一千五百人，请于提督黄，饬令游击延山率所领之兵，安平游击郑嵩率兵二百人同往大湖协剿，遂复凤山城。
三月八日（丙子），凤山复陷，游击延山、郑嵩、同知王隽死之。
时总兵郝壮猷遣游击郑嵩往新港剿捕，参将瑚图里往山猪毛汛会署都司邵振纲剿捕。而贼分攻粤庄及凤山城，伪遣人赍都司邵请援公文，钤用南路参将印。总兵郝不知其计，遂遣游击郑嵩领兵援之。贼先于硫磺溪筑坝蓄水，乘我兵甫渡，掘坝决水，贼众突出，兵民溺死者数百人。提督黄又调游击蔡攀龙兵八百人回郡，而凤山城兵单势弱，遂复陷。
九日（丁丑），总督常青奉命渡台督剿，原任台湾道杨廷桦补授台湾府知府。
总督常青甫入鹿耳门，即得凤山重陷信，飞札调兵，令同知杨廷理选募义民六千人分防协守，游击蔡攀龙领兵九百人仍守小南门外之桶盘栈，游击曾绍龙、守备李步云领兵六百人守东门外之草店尾，游击邱维扬、守备黄象新领兵七百人守北门外之柴头港，副将丁朝雄领兵三百人防护海口，参将潘韬领兵五百人守护城中。奉旨以黄仕简、任承恩调度失机，均革职递刑部治罪。其水师提督印务暂交总督常青代理，陆路提督印务以江南提督蓝元枚飞渡鹿港代理，授参赞。又特简原任两湖总督李侍尧总督闽浙，筹办军需粮饷事务，驻扎厦门。总督常青特授两湖总督衔，督守台湾郡城。总兵郝壮猷自打鼓港师散遁回，奉命即于军前斩之。先是陆路提督任承恩，自正月〔六日〕（乙亥）至鹿港，时彰化城经义民恢复之后，空城难守，把总陈邦光退驻鹿港。鹿港距彰化城二十里。提督任在许厝寮剿贼。千总黄荣、吴联贵阵亡，遂因兵少贼多，久住不战。贼匪则屯聚外快官、瓦磘尾等庄，连陷柳树岚、吴厝庄、凉伞树等粤庄、内快官、倒廍、北投、本县等泉庄。总兵普吉保及副将林天洛所领兵六千人，经提督黄仕简奏令会同总兵柴大纪合攻斗六门。总兵普吉保由诸罗取道鹿场，直抵鹿港，驻浦心庄。时逆爽及陈泮等屯聚大里杙、乌日庄、大墩、八卦山等处，叶省、蔡福等屯聚斗六门、水沙连、庵古坑等处，肆行焚劫。愚民皆被迫胁，是以日聚日多，披猖殊甚。
二十有七日（乙未），贼众攻郡，败之。庄锡舍来降。
郡城自贼重踞凤山后，匪众日炽，间日围攻。〔二十六日〕（甲午），南路贼庄大田至离城十五里之崁顶，先遣贼目分营挑战以示弱。〔二十七日〕（乙未），逆田率攻大东、小南二门，庄锡舍攻大南门，番妇金娘攻小东门，北路贼许尚等分攻大小北门。自卯至午，箐坎中贼众蚁聚，旗帜纷列，枪炮若雨。安平副将丁朝雄于红毛城中得旧贮大炮十余位，掘地得大炮子百枚，连夜运置各营，贼至辄轰击之，直达数里，歼贼无算。庄锡舍，泉人也，有弟庄达德者，劝其归顺，遣丁庄允赴郡，告之庄子才。子才时馆于道役，因给以书，被台湾道永令同知杨廷理讯问得实，令其赍札往谕来归。及锡舍攻大南门，先夕遣人来告。总督常遣参将特克什布率兵二百人往侦之，锡舍乘间入诣投诚。总督常即令其率党建功。时贼四面攻击，日夕将退，锡舍倒戈相向，呼声动地。同知杨与游击蔡乘势追杀，贼败去，锡舍即住札大湖，冀得擒贼，以功赎罪焉。自是贼匪或时来侵扰，或假道攻击，皆先期预知者，锡舍败其谋也。逆田闻锡舍既降，旋诱至离城十五里之南潭，阴使人羁縻之，而日虚张声势，每夜沿庄放火，城中兵少，未能分剿，日惟固守。而诸罗、大埔林、打猫、牛稠山等处贼匪分屯，亦不时攻扰。总兵柴大纪数请添兵于总督常，因令参将潘韬领兵一千人由海道往援之。
夏四月八日（乙巳），广东肇庆协副将官福领兵二千五百人、香山协副将谢廷选领兵一千五百人至。
时麻豆等三十八庄庄民请兵协剿，总督常乃拨兵三百人应之。庄旋陷，千总卢思聪阵亡。
五月三日（己巳），总兵柴大纪、普吉保会兵于土库。
比为此