司无所致祭；公方驰驱王事，闻之泫然。
三年（丙戌），公三十七岁。
二月，监国以公为兵部职方司主事；公请援李泌客从例，以布衣参军，不许。寻以柯公夏卿与孙公交荐，改监察御史，仍兼职方。张国柱劫王鸣谦由安海入内地，纵兵大掠，诸营大振；廷议欲封以伯。公曰：如此则益横矣，何以待后？请署为将军。监国从之。陈总兵梧败于檇李，渡海至姚，虏掠乡聚；王职方正中方行县事，遣兵击之，乡聚犄角，杀梧。行朝忌正中者，以此声讨。公谓：梧之见杀，犯众怒也。正中为国保民，不当罪。上疏救之，乃止。公力陈西渡之策，熊公再以所部西行，攻下海盐，军弱不能前进而返。五月，孙公嘉绩以所部火攻营卒尽付公，公与王正中合军得三千人，遂偕太仆寺卿陈潜夫、职方查继佐渡海，札潭山；适尚宝司卿朱大定、兵部主事吴乃武皆从浙西来会师，将由海宁取海盐。百里之内，牛酒日至。整军抵乍浦，约崇德义士孙奭等为内应；会大兵已纂严，不得前。六月朔日，浙河兵溃，监国由海道至闽。公归入四明山，余兵愿从者五百人，结寨自固（公有四明山寨记）。公驻军杖锡寺，微服潜出，欲访监国消息，为扈从计。山民畏祸，突焚其寨，部将茅瀚（字飞卿，归安人）、汪涵（字叔度，梅溪人）死之。公归而迹捕之檄累下，奉太夫人徙居化安山丙舍（次年返故居）。慈水刘瑞当先生至，唁慰凭吊，悲啸震空谷。
四年（丁亥），公三十八岁。
居山中，甘露降。注授时历；王侍御仲撝自郡城来，受之而去（公在穷岛空山，古松流水间布算簌簌，自谓屠龙之技，无可与语者。所着有春秋日食历、授时历故、大统历推法、授时历假如、回回历假如、公历假如、气运算法、勾股图说、开方命算、测圆要义诸书，在此数年中）。
五年（戊子），公三十九岁。
刘瑞当先生访公于竹浦，信宿而去。十月辛丑（十日），季弟司舆公卒（公有志，年二十有七）。
六年（己丑），公四十岁。
监国还至海上，公赴行朝，晋左佥都御史，再晋左副都御史。六月，定西侯张名振由南田复健跳所。七月壬戌，公与大学士沈公宸荃、刘公沂春、尚书吴公钟峦、李公向中、侍郎孙公延龄、右佥都御史张公煌言扈监国次健跳所。壬午，北师围健跳；荡胡伯阮进救，却之。王翊却北师，发使贡方物于监国；张名振以表贡不由己达，颇忮之。公上言：诸营文则称侍郎、都御史，武则称将军、都督，惟翊乃心王室，不自张大，而兵又最强；宜优其爵，使之总临诸营，以捍海上。监国乃授翊右佥都御史。明年，晋翊兵部右侍郎。时国事尽归定西侯，即阁臣张公肯堂亦不得有所豫。诸帅之悍，甚于方、王；文臣稍异同其间，立致祸。公既失兵，日与吴尚书霞舟钟峦正襟讲学；暇则注授时、泰西、回回三历。已而，中朝以胜国遗臣不顺命者，令有司录家口上闻。公闻而叹曰：主上以忠臣之后仗我，我所以栖栖不忍去也。今方寸已乱，不能为姜伯约矣。乃陈情监国，得请间行归家。吴公驾三板船，送之二十里外，呜咽涛中。八月，四十初度；有句云：先公殉国余三载（忠端公殉难，时四十三岁），孔子悬弧易一辰（公禄命与至圣只换一时）。是年所作诗，名「穷岛集」。山中乱，奉太夫人徙居邑城（明年返故居）。十月，监国由健跳至舟山，复召公偕冯侍郎跻仲京第副澄波将军阮美乞师日本，抵长崎，不得请。公为赋式微之章，以感将士（是冯公第二次乞师事）；有日本乞师纪、海外恸哭纪（案全氏祖望曰：公日本乞师纪，但载冯公奉使始末，而于己无与。惟避地赋有曰：历长崎与萨斯玛兮，方粉饰夫隆平；又曰：返余旆而西行兮，胡为乎泥中。则是公尝偕冯以行，而后讳之。又案神道碑所载有赣州失事纪、绍武争立纪、舟山兴废、沙定洲纪乱、赐姓本末各一卷，皆此数年间所纪。后合隆武、鲁监国、永历纪年为行朝录。又有汰存录一卷）。
七年（庚寅），公四十一岁。
时，大帅治浙东，凡得名籍与海上有连者，即行名捕。公弟晦木公以参冯侍郎军事被获，待死牢户中；公潜至甬，与万履安、高旦中、冯济道诸公以计活之（详见鲒埼亭集鹧鸪先生神道表）。三月，公至常熟，馆钱氏绛云楼下，因得尽翻其书籍。返至崇德，访孙子度方，欲与之剧谈；而陆丽京闻公至，强之入城，同宿吴子虎家。公有句云：桑间隐迹怀孙爽，药笼偷生忆陆圻。熊公夫人将逮入京，公为调护而脱之。冬，自西园移居柳下；故次庚寅至乙未之诗为「老柳集」，犹昔人之伤心于枯树也（宅前向有老柳，为大风拔去三株，仅存其一；故云）。外舅叶六桐先生迁葬邑东西黄浦，公送葬。
八年（辛卯），公四十二岁。
住柳下，王侍御仲撝来访。夏秋之交，遣间使入海告警。九月丙子（二日），大兵下翁洲（即舟山）；城陷，监国再入闽。是年，季子寿生。
九年（壬辰），公四十三岁。
着律吕新义；王仲撝侍御来，受之而去。