张肯堂为东阁大学士、吏部右侍郎朱永佑为左侍郎（按小腆纪年，时进工部尚书仍兼吏部事，第十卷本传同），进户部侍郎孙延龄为户部尚书，以右佥都御史李长祥、张煌言并为兵部左侍郎（按纪年，煌言为右侍郎，第十三卷本传同）。命兵部右侍郎冯京第、左副都御史黄宗羲乞师日本，不得要领而还（按小腆纪年，是年十一月乞师日本，以澄波将军阮美为使，不着京第、宗羲名）。
十二月，粤中遣使封郑成功为延平王，闽海始用永历年号。左副都御史黄宗羲以母老乞归，许之。
五年庚寅正月乙卯朔，王在舟山。
三月，右佥都御史四明寨王翊来朝，拜兵部左侍郎（小腆纪年作右侍郎，第九卷本传同）。
八月，兵部左侍郎王翊帅师破新昌，拔虎山，进本部尚书（小腆纪年止称侍郎，未尝进尚书）。
九月，郑彩与郑成功争厦门，为成功所败，泊沙埕，张名振击破其余兵（按小腆纪年，争厦门在八月，沙埕之破在周瑞、周鹤芝分屯三盘后）。以兵科给事中徐孚远为国子监祭酒（按小腆纪年，于己丑十月擢左佥都御史，未尝转是职）。周瑞、周鹤芝以楼船三百分屯温州之三盘，为舟山犄角。
十月辛已朔，日有食之。
十一月，北兵攻杜岙，兵部右侍郎冯京第死之（小腆纪年作九月事）。
六年辛卯正月己卯朔，王在舟山。
二月（小腆纪年作闰二月）乙卯，张名振杀王朝先，并其军。以太仆寺少卿曹从龙为兵部右侍郎。
七月，北兵攻四明寨，兵部尚书王翊死之（按小腆纪年，是月被执，八月至定海死之；第九卷本传同）。北兵会攻行朝，定西侯张名振、英义伯阮骏扈王发舟山。
八月辛酉，北人试舟海口，为南师所败；获其楼船，馘十一人而纵之。
丙寅，大雾，北兵悉抵螺头门，守陴者方觉；荡胡伯阮进邀大洋，风反师熸，进死之。
九月丙子，城陷，元妃陈氏投井死，贵嫔（小腆纪年称宫娥）张氏、义阳王妃杜氏从之。大学士张肯堂、礼部尚书吴钟峦、兵部尚书李向中、工部尚书（原作吏部侍郎，兹据第十卷本传正）朱永佑、通政司参议（纪年称通政使）郑遵俭、兵科给事中董志宁、兵部侍郎中朱养时、户部主事林瑛、江用楫（纪年瑛为吏部）、礼部主事董玄、兵部主事李（航海遗闻作杨）开国、朱万年、顾珍、工部主事顾宗尧、工部所正戴仲明、礼部主事（原作中书舍人，胜朝殉节诸臣录同；兹据第十卷本传正）苏兆人、安洋将军刘世勋、左都督张名扬、锦衣卫指挥王朝相、内官监太监刘朝（南疆绎史作潮）、定西侯参谋顾明楫、贡生娄文焕、诸生林世英、朱锡龄等并死之。北兵相谓曰：「吾兵南下，所不易拔者，江阴、泾县合舟山而三耳」！
七年壬辰正月癸酉朔，定西侯张名振、大学士沈宸荃、兵部右侍郎张煌言扈王至厦门（按小腆纪年在是月丁酉后）。延平王郑成功朝见，行四拜礼（小腆纪年云：以宗人府府正礼见），贽千金、紬缎百匹，供应甚殷；从臣亦皆有赠。寻奉王居金门。
七月，大学士沈宸荃舣舟南日山，遭风没于海。
八年癸已正月戊辰朔，王在金门。
三月，王自去监国号，奉表滇中。
九月，定西侯张名振帅师北上，以兵部右侍郎张煌言为监军，入长江，趋丹阳，掠丹徒，左次崇明，冬尽乃还。
甲午年，王在金门（按小腆纪年以是年正月移居南澳）。
二月（小腆纪年作正月），定西侯张名振、监军张煌言帅师再入长江，掠瓜州，侵仪真，抵燕子矶而还。
乙未年，王在金门。
十一月（航海遗闻作八月，行朝录、台湾外纪并作五月），延平王郑成功遣英义伯阮骏、总制陈雪之（小腆纪年作陈六御）帅师围舟山，北将巴臣兴降（纪年云：原名臣功，时授铁骑镇）。
二十九日，定西侯张名振卒于军。
丙申年，王在金门。
八月二十六日，北师复取舟山，英义伯阮骏、总制陈雪之并赴海死（小腆纪年云：陈六御自刎死）。北人以舟山不可守，迫其民过海，溺死者无算，遂空其地。
丁酉年，王在南澳。滇中遣使至，加张煌言左侍郎（小腆纪年作明年正月事）。
戊戌年，王在南澳。
二月（张忠烈公神道碑作三月，小腆纪年作七月），延平王郑成功会师浙海，以兵部左侍郎张煌言为监军北伐。抵洋山（按洋山当作羊山），怪风猝至，义阳王溺死，乃还。
巳亥年，王在南澳。
五月，延平王郑成功全师北指，监军张煌言以所部前驱。入江，抵瓜洲，克其城。成功南攻镇江，亦克之。大江南北皆来降附，其已下者四府、三州、二十四县。会前锋败，成功仓猝移帐，遂大溃，乘流出海。煌言亦从间道归天台（按小腆