如吏部郎张柽芳以不谨被黜，巧借城工复职，非陈启新任怨钞参，则考功之法可以金钱赎矣；又一无礼也。灾异频仍，圣心忧悯，而户部主事李凤鸣谓善言不可退灾星；亦一无礼也」。帝是其言。时厂卫务罗织人罪，而巡抚武弁从而效之。正宸言：「京师死刑视四方独多，其处决视四方又独速。请申饬厂卫巡捕官」。帝令司巡捕者回奏，气势稍衰。
十四年，屡迁吏科都给事中。周延儒再相，中外仰望丰采，而门多杂宾。正宸其门生也，独不肯附会。十五年正旦，朝会，帝进延儒等揖之，待以师傅礼。正宸因言：「陛下隆礼阁臣，阁臣宜积诚以格君心，不与中官作缘、不凭恩怨起见、不以宠利居成功，不以爵禄私亲匿」。语皆风延儒。反宣大缺总督，延儒欲用宣府巡抚江禹绪，正宸持不可。吏部希延儒指用之，正宸复劾其行贿事。帝不纳。延儒欲起江陵知县史调元，正宸止之。延儒再召，颇得冯铨力，欲以守涿功复其冠带。正宸与金光辰力争，事遂寝。寻诋兵部尚书陈新甲奸邪，荐李继贞、李邦华、史可法、孙传庭可代。及松山师覆，请先正中枢破坏之律，然后正行间失陷之条；新甲遂获罪。既而会推阁臣，失帝意，谪戍均州。
福王立，召复故官。疏请函檄四镇，分渡河、淮与江北、山东，协力互为声援；且请缟素率师，驻跸淮上。时不能用。内传用张有誉为户部尚书，正宸以有誉虽有望，而中旨不宜出，抗疏力争。有誉卒以廷推用。魏国公徐宏基等公疏荐张捷，命下部议；并议前户部主事邹之麟、前御史张孙振、刘光斗起用。正宸分别论诸人，稍宽捷而力诋之麟、孙振、光斗。马士英不悦，拟谕诘责。回奏上，获免。寻以安远侯柳祚昌荐，起用阮大铖；正宸又力争，且曰：「朝廷如此举动，邸报流传，见臣姓名尚挂仕版，必相顾骇愕，谓负掖垣职掌，万死何辞！乞先放臣归里」。士英辈忌正宸居言路，遂用为大理寺丞。已见国事日非，请假归。鲁王监国，起吏部左侍郎，不受，仍署旧官。事败，弃家为僧，不知所之（谨据王鸿绪撰明史稿补）。
朱之瑜字楚屿，至海外复字鲁屿，又号舜水，余姚人。少伉爽有志概。有持谱献者，谓朱文公子为余姚令，家于此，族人欲附之。之瑜曰：「中有一世讹脱，即难征信。且人贵自立，不必攀附紫阳也」。寄籍松江，成诸生。提学御史元某以才备文武上诸礼部，癸未、甲申两奉征辟。
明社既屋，福王建号江南，总兵方国安荐授江西按察副使兼兵部职方司郎中，监国安军。马士英方用事，遣私人周某偕同邑何进士东平招之。之瑜念方、马终误大计，力辞。台省劾偃蹇不奉诏，将逮捕，会南都亡，遂解。
黄斌卿奉表闽中劝进，唐王加斌卿肃卤伯，镇舟山；之瑜往依焉。于斌卿强悍不法，数有所救正。承制授昌国知县，又表授监察御史，管理屯田事务，聘军前赞画，均不应。御史冯京第之自湖州军破也，间关入四明王职方翊军中。时内地单弱，欲藉海外之师为响应。京第劝斌卿乞师日本，斌卿因命弟孝卿副京第往，之瑜从之。撒斯玛王许发罪人三千及洪武钱数十万，京第先归，之瑜留；而师不果出。
己丑，鲁王驻舟山，安洋将军刘世勋疏荐监纪推官，吏部拟兵科给事中，改吏科；时礼部尚书吴钟峦扈王，兼督学政，以开国第一人荐，将授翰林院官。先后力辞。王翊之朝王也，见之瑜恨晚，举孝廉，辞。
辛卯，舟山陷，飘泊海岛，转徙日本、交址、暹罗间。甲午征还；敕书达交址，焚香开读，东望涕零。戊戌，赴厦门朝王，不果。己亥，朝王金门。时朱成功、张煌言会师入长江，之瑜主建威伯马信营。信，台州副将降于张名振者也。名振死，以兵属成功与忠靖伯陈辉，之瑜常往来两军间。克瓜州、下镇江，皆亲历行阵。未几事败，益彷徨无所向，返日本。日本人安东守约周给之。
丁未，水户藩侯源光国为筑第，驹笼别庄造膝访道。东国未有学，着学宫图说，依以创造，凡古升、古尺、簠豆笾铏之属咸备。又命俊秀子弟从受释奠礼。己酉，年七十，辞归，不听。飨之后乐园，以屏风为寿，绘东国及中华耆德六人，则武内宿祢、藤原在衡、藤原俊成、大公望、桓荣、文彦博也。己未，年八十，致祝如初。壬戌四月十七日卒，年八十三。光国遣世子纲条临丧，葬常陆久慈郡大田乡瑞龙山，谥曰「文恭」；构祠堂，驹笼别庄亲制文诔之。
之瑜生八岁而孤。伯兄启明，天启乙丑武进士，南京神武营总兵都督同知，以忤阉削职。特旨昭雪，授漕运总督，国变未赴任，行由总兵劾归。国朝强起之，不可。后以老寿卒。仲兄之瑾，诸生，弱冠即夭。之瑜在日本，苦蚊，有劝幛以纱厨者。谢曰：「先世葬域，兵后恐遭蹂躏，辗转思维，不敢身处安逸耳」。凡中华人来，必泣问伯兄近状。娶叶氏，生子元模、元楷；继娶陈氏，生女高，字柔端。元模屡省父交址、厦门，辛丑殁于海外。元楷隐居教授，己酉卒。柔端六岁丧母，年十二遭世乱，即佩刃自防；字何东平子，郁郁未嫁而亡。
之瑜笃于友谊。初以诗受知于张国维，朝列