、雷、廉三郡，即于二十九日一鼓而入梧州。广西巡抚曹烨出降，梧属俱遍令纳印。及南雄、韶州二府报捷，别遣副将阎可义等前赴琼州。
二月，永历抵桂林。式耜肃殿陛，敕守御，诞告楚、蜀各镇。粤西居山川上游，桂诚可都，疏请道里之可达桂林者。王锡衮、文安之为相，周堪赓、郭都贤、刘远生为六卿。时给事中丁时魁疏论新政，烺烺石划；召掌礼科。给事中金堡素有清直声，终制，敕召还。何腾蛟晋阁学督师。而丁魁楚在岑溪，屯兵千余，清朝招之不服。乃水陆设伏，大战藤江，丁兵败，魁楚中箭死之。隰江、平乐相继投顺，高、雷、廉三府俱报捷。四月，清兵渡海，克定琼州。
方警报之迭至也，王坤又趣永历往楚。式耜上疏，言胜负存亡、山川要害甚激切；略曰：『驾不幸楚，楚师得以展布，自有出楚之期。兹半年之内，三、四播迁，民心、兵心狐疑局促，如飞瓦翻手散而复手合』。又曰：『在粤而粤在，去粤而粤危。我进一步，则人亦进一步；我去速一日，则人来亦速一日』。又曰：『楚不可遽往，粤不可轻弃。今日勿遽往，则往也易；今日若轻弃，则更入也难』。又曰：『海内幅■〈巾员〉，止此一隅。以全盛视西粤，则一隅似小；而就粤西恢中原，则一隅甚大。若弃而不守，愚者亦知其拱手送矣』。擎跪涕泣，不可挽；无已，请身留桂。乃命式耜留守桂林，各路悉秉节制。式耜仍疏请暂驻全州，以扼楚、粤之中。
当平乐之不守也，清兵直薄桂林。三月十一日，冲入文昌门，城中大恐。时焦琏自全甫归，从数人，控弦提刀，与清兵接战，稍却之。清兵屯阳朔，遍野俱薙发。式耜与琏危城孤守，疏诣全，征安国公刘承胤兵。承胤初从武岗入护，犹持正守法，逐司礼王坤为弄权，面叱周鼎瀚为奉寺鼻息；故雅重式耜，发兵数千援桂。未几，承胤请金吾郭承昊、马吉翔、严云从封伯；御史毛寿登驳参金吾无矢石功，何得援边镇例晋五等？吉翔等疑疏出湘客指，鼎瀚遂造蜚语，为董卓、■〈榷，氵代木〉、汜之议，激承胤怒，逼永历立命廷杖，而缚寿登、湘客及御史吴德操、给事中万六吉于午门外。会诸臣申救得免，寿登等俱落职。承胤益横，胁劫永历幸武岗。式耜疏留全阳，曰：『闻郊社礼成，即图移驾。不知移驾将回桂林耶？抑幸武岗、辰、沅耶？今日原以恢复两粤为心，则不徒西粤未恢不可移动，即东粤未恢亦且当驻全也』。故承胤等嗾杖湘客等，以湘主还跸桂林之议也。承胤诸部至桂，挟饷不出兵。式耜搜括库藏而外，捐囊万金，夫人邵亦捐簪珥数百。兵卒不肯出，与焦兵主客不和，哗变击斗，掠市而去，为五月十四日。永历竟驻武岗。
五月二十五日，清兵侦兵变，积雨城坏，环攻桂城；吏士皆无人色。琏负创奋臂，呼督师抚按，肘羽腹石，分门婴守，用西洋铳击中马骑。寻出城战，奋勇击杀，自辰抵午不及餐；式耜括署中米蒸饭分哺之，士卒俱乐用命。明日，复出战，清兵旋去。式耜先令路将马之骥伏于隔江，犄角接应，固圉倍慎。是三月之内，危于清、乱于兵，式耜一手指挥，琏乃得底定。琏久将桂，得桂人心，式耜国士遇之，故独得琏死力。以保桂功，晋式耜兼太子太师、临桂世伯。式耜辞不拜。疏上不允，复请告自劾，言『自二月十五以迄五月二十九，此百六日中，遇变者三，皆极危险。变故当前，总办一「死」字，亦遂不生恐怖、不起愁烦，惟是臣之病不独在身而在心，不徒在形而在神。身与形之病可疗也，心与神之病不可医也』。又疏再请返跸全阳，卒不听。乃督琏恢朔下平。邦传由宾、柳亦及浔，并复梧。至八月，具疏上言粤西全定，请还桂林，昭告兴陵。
时巡道严起恒以仪表魁梧，拜大学士。督师何腾蛟驻衡州，堵胤锡驻长沙。讵清朝三王平定长沙，而衡州相继尽失。总兵黄朝选、杨国栋等被执，尸几断流。八月二十四日，武岗复败。永历又播越入粤，次柳州。式耜屡疏，极言不可他移一步：『滇、黔地荒势隔，忠义心涣。三百年之土地，仅存粤西一线。且山川形胜、兵马糗粮，俱有可恃』。时督师何腾蛟、新辅严起恒及刘湘客咸至桂，南安侯郝永忠率兵骤至，宜章伯卢鼎亦至自楚。式耜复疏，极言：『柳州猺獞杂处，地瘠民贫，不可久驻。庆远壤邻黔、粤，南宁地偪交夷，不可远幸』。时腾蛟与永忠、鼎、琏等俱分防任汛。会土司覃裕春子鸣珂与道臣龙文明构兵，永历复次象州。式耜与腾蛟、起恒、湘客等筹划调和主客，集永忠、琏誓于神，刻期出师。宜章鼎与滇镇总兵赵印选遂各分路驻全。全州战胜，诸帅连营而军。清兵因次楚。
十一月，永历自象州抵桂。式耜与起恒并相。司礼庞天寿七月请催兵下梧，久在粤；旧司礼王坤被承胤逐者复入。自武岗至柳、至象，票拟皆金吾吉翔手也。式耜疏请永历『揽大权、明赏罚、严好恶、亲正人、闻正言，威德兼行，以服远近』。时谓名言。腾蛟再督师出全，兵益不睦。琏下平乐，永忠壁兴安。未几，永忠营被袭，疾至阙，欲撤兵；左右禁近刻期欲永历迁。式耜持不可，言『督师警报未至，营夜惊，无大恐；二百里外风尘，而遽使主露处耶？