附陈设防练兵之策；疏凡七、八上。往者词臣率雍容养望，自之洞喜言事，同时宝廷、陈宝琛、张佩纶辈蜂起纠弹时政，号为清流。
七年，由侍讲学士擢阁学，俄授山西巡抚。当大祲后，首劾布政使葆亨、冀宁道王定安等黩货，举廉明吏五人，条上治晋要务。未及行，移督两广。
八年，法、越事起，建议当速遣师赴援，示以战意，乃可居间调解；因荐唐炯、徐延旭、张曜才任将帅。十年春，入觐。四月，两广总督张树声解任专治军，遂以之洞代。当是时，云贵总督岑毓英、广西巡抚潘鼎新皆出督师，尚书彭玉麟治兵广东。越将刘永福者，故中国人；素骁勇，与法抗。法攻越未能下，复分兵攻台湾，其后遂据基隆。朝议和战久不决，之洞至，言战事气自倍；以玉麟夙着威望，虚己听从之。奏请主事唐景崧健募卒出关，与永福相犄角。朝旨因就加永福提督、景崧五品卿衔。炯、廷旭亦皆已至巡抚当前敌，被劾得罪去，并坐举者；之洞独以筹饷械劳，免议。广西军既败于越，朝旨免鼎新，以提督苏元春统其军；而之洞奏遣提督冯子材、总兵王孝祺等皆宿将，于是滇、越两军合扼镇南关殊死战，遂克谅山。会法提督孤拔攻闽、浙，炮毁其坐船，孤拔殪。而我军不知法愿停战，廷议许焉；授李鸿章全权大臣，定约以北圻为界。叙克谅山功，赏花翎。之洞耻言和，则阴自图强。设广东水陆师学堂，创枪炮厂，开矿务局，疏请大治水师，岁提专款购兵舰，复立广雅书院，武备文事并举。十二年，兼署巡抚。于两粤边防控制之宜，辄多更置。着「沿海险要图说」，上之。
在粤六年，调补两湖。会海军衙门奏请修京通铁路，台谏争陈铁路之害，请停办。翁同龢等请试修边地，便用兵；徐会澧请改修德州济宁路，利漕运。之洞议曰：『修路之利，以通土货、厚民生为最大，征兵、转饷次之。今宜自京外芦沟桥起，经河南以达湖北汉口镇；此干路枢纽，中国大利所萃也。河北路成，则三晋之辙接于井陉，关陇之骖交于洛口；自河以南，则东引淮、吴，南通湘、蜀，万里声息，刻期可通。其便利有数端。内处腹地，无虑引敌；利一。原野广漠，坟庐易避；利二。厂盛站多，役夫贾客可舍旧、图新；利三。以一路控八、九省之衢，人货辐辏，足裕饷源；利四。近畿有事，淮、楚精兵崇朝可集；利五。太原旺煤铁，运行便则开采必多；利六。海上用兵，漕运无梗；利七。有此七利，分段分年成之；北路责之直隶总督、南路责之湖广总督，副以河南巡抚』。得旨报可，遂有移楚之命。大冶产铁，江西萍乡产煤；之洞乃奏开炼铜厂汉阳大别山下，资路用，兼设枪炮钢药专厂。又以荆、襄宜桑棉麻枲而饶皮革，设织布、纺纱、缫丝、制麻革诸局，佐之以堤工、通之以币政。由是湖北财赋称饶，土木工作亦日兴矣。
二十一年，中东事棘，代刘坤一督两江。至则巡阅江防，购新出后膛炮，改筑西式炮台，设专将专兵领之。募德人教练，名曰江南自强军。采东西规制，广立武备、农、工、商、铁路、方言、军医诸学堂。
寻还任湖北。时国威新挫，朝士日议变法；废时文，改试策论。之洞言『废时文，非废五经四书也。故文体必正、命题之意必严。否则，国家重教之旨不显，必致不读经文；背道忘本，非细故也。今宜首场试史论及本朝政法，二场试时务，三场以经义终焉。各随场去留，而层递取之；庶少流弊』。又言『武科宜罢骑射、刀石，专试火器。欲挽重文轻武之习，必使兵皆识字，励行伍以科举』。二十四年政变作，之洞先着「勤学篇」以见意，得免议。
二十六年，京师拳乱。时坤一督两江、鸿章督两广、袁世凯抚山东，要请之洞同与外国领事定保护东南之约；及联军内犯，两宫西幸，而东南幸无事。明年和议成，两宫回銮，论功加太子太保。以兵事粗定，乃与坤一合上变法三疏。其论中国积弱不振之故，宜变通者十二事、宜采西法者十一事。于是停捐纳，去书吏，考差役，恤刑狱；筹八旗生计，裁屯卫，汰绿营，定矿律、商律、路律、交涉律，行银圆，取印花税，扩邮政；其尤要者，则设学堂、停科举、奖游学，皆次第行焉。
二十八年，充督办商务大臣，再署两江总督。有道员私献商人金二十万为寿，请开矿海州；立刻罢之。考盐法利弊，设兵轮缉私，岁有赢课。明年，入觐。充经济特科阅卷大臣。厘定大学堂章程毕，仍命还任。陛辞奏对，请化除满、汉畛域，以彰圣德而遏乱萌；上为动容。旋裁巡抚，以之洞兼之。
三十二年，晋协办大学士。未几内召，擢体仁阁大学士，授军机大臣，兼管学部。三十四年，督办粤汉铁路。
德宗暨慈禧皇太后相继崩，醇亲王载澧监国摄政。之洞以顾命重臣，晋太子太保。
逾年，亲贵寖用事，通私谒，议立海军费绌可缓，立争之不得。
移疾，遂卒；年七十三。朝野震悼，赠太保，谥「文襄」。
之洞短身巨髯，风仪峻整。莅官所至，必有兴作；务宏大，不问费多寡。爱才好客，名流文士争趋之