至盐水港，游击杨起麟乃谋与贵林等同进。八月癸丑（十八日），贵林、蔡攀龙、孙全谋留老弱弁兵百人，随守备黄象新驻盐水港，尽选精锐前发，至鹿仔草。甲寅（十九日），杨起麟亦留守备黄象新兵七百人守盐水港，领兵六百名至鹿仔草，与邱能成合兵。乙卯（二十日），贵林、蔡攀龙、孙全谋、杨起麟、邱能成共带兵二千一百余人，分三队进至半天厝。贼分三路来拒官兵。官兵击之，贼稍退。闻大仑庄为贼巢穴，贵林、杭富、马大雄等复率众攻之。及被围，杨起麟又率兵往援。无何，大雨如注，溪水陡涨。官兵阵乱。倒店、竹仔脚贼皆出乘官兵。官兵首尾不相救。贵林、杨起麟、杭富、马大雄皆战死。又阵亡千总以下林玉得、杨振凤、李振明、苗承霖、刘文全、吴绍玠、姚瑞麟、刘凤腾、胥献珪、陈淮、孙文元、叶文郁、畲应标、任赞元、陈元生、汪应麟、陈邦材、陈洪猷等十八人。阵亡兵丁七百余人。而义民阵亡者亦不下百人。蔡攀龙、孙全谋等虽至诸罗，器械、粮饷，尽为贼有。贼势猖獗如旧。
有义民许品、黄凤者，随蔡攀龙进兵，至竹仔脚散失，逃回盐水港，言官兵已入城，副将蔡攀龙又带兵逐贼，接应余兵入城。佳里兴巡检邵宗尧闻其言，大喜，驰报捷音。而总督李侍尧亦信之，入告。乃越数日，竟不得诸罗音问。遣人探之，道路仍阻。始稍稍知官兵失机矣。有旨授柴大纪为参赞，赐号年长阿巴图鲁，赏其固守诸罗之功也。
八月庚申（二十五日），恒瑞至盐水港，闻官兵不利，贼势益张，众日往来攻扰盐水港、鹿仔草。乃以所带兵分五百人，檄游击刘越领之，防守鹿仔草。癸亥（二十八日），贼攻鹿仔草，陷之。
初，柴大纪以盐水港、鹿仔草为往来府城要路，遣游击杨起麟、邱能成分兵守。至诸罗被围久，撤盐水港、鹿仔草之兵随贵林等赴县城，惟董秉璨带老弱四百余人守鹿仔草，而盐水港亦唯守备黄象新带兵八百人守之。会恒瑞至盐水港，盐水港兵势稍振，贼益攻扰鹿仔草。
贼目叶省妻黄玉娘者，诸罗娼也，家月眉潭。叶省率众寇诸罗，黄玉娘往往为后殿。诸罗东门之战，叶省毙于炮，其下推黄玉娘为主，为叶省复仇。自贵林等援兵失利，乘势寇鹿仔草。守鹿仔草游击董秉灿与守备林士元分守南北栅。林士元守南栅，闻贼至，以火药实炮待之。既而见贼数十人吶喊，将近栅，林士元轻之，率兵出逐。贼皆伏密箐中，一时并起。林士元急收兵，闭栅，发大炮击之。黄玉娘为娼时，与鹿仔草亡赖子多往来；亡赖子闻黄玉娘至，私以水灌炮，炮不能发。贼人扳栅入，官兵皆溃回盐水港。阵亡千总张射斗，兵数十人。
先是恒瑞闻鹿仔草急，遣游击刘越带兵五百人协守。甫至而鹿仔草陷。恒瑞劾失守鹿仔草之罪，董秉灿、林士元、刘越等革职、镌级各有差。
甲子（二十九日），总兵梁朝桂统领杭州协领花沙布、佐领富昌、纠金保、防御伊克坦布、色成、都司杨拜扬、萧应得、骁骑校五人、千总、把总九人，杭乍驻防兵五百、广东绿营兵五百，自关帝厅赴盐水港。
先是恒瑞赴盐水港，请梁朝桂同行，会南路贼犯草店尾，官兵御之，阵亡千总徐日光。常青以南路贼方窥伺郡城，大营兵单，不欲遣朝桂行。至是添调满汉兵皆至，常青念盐水港贼众而官兵新败，恐恒瑞不能当，故遣朝桂。恒瑞既至盐水港，数日之内，贼焚劫附近民村树林、头后镇、上帝庙，又陷鹿仔草，盐水港一日数惊，而新店海口贼尤屡扰之。恒瑞令谢廷选领兵八百人守新店。或言宜进兵解诸罗围者，恒瑞曰：『今四面皆贼，不惟进不能解围，即欲退回郡城，其可得乎』？日致书常青告急。既闻梁朝桂带兵千人至，心乃稍安。
九月戊辰（初四日），贼犯盐水港，恒瑞率兵御之，侍卫富克精额中炮死。戊寅（十四日），贼复至，守备黄象新、萧应得、李自昌带兵击走之。恒瑞赏黄象新、萧应得、李自昌戴用花翎，以奖励之。辛巳（十七日），总兵普吉保领兵攻笨港，克之，退屯元长庄。
初，常青屡檄普吉保援诸罗。普吉保以兵单，且蓝元枚新卒，未可轻动。顷之，守备宋国兴率千总、把总十二人，漳州兵千名；游击夏承熙带千总、把总九人，兵千名；先后至鹿仔港。而广东总兵李化龙、参将张朝龙、守备刘光国、王德俊、余飞鸿、胡瑛、千总以下二十一人，带广东兵二千，继至鹿仔港。兵势既振，恒瑞再檄普吉保令统兵援诸罗分贼势。上亦切责普吉保坐视诸罗受围，不能进取。而鹿港义民首林凑等又言兵有可进之机，不宜失事会。于是普吉保将兴师。九日丁卯（初三日），广东游击张会元、守备马得骢又带千把总十一人、兵千名至鹿仔港。会李化龙奉旨署水师提督，普吉保乃请李化龙驻鹿港，分广东兵六百人，令游击张会元领之，守马鸣山。己卯（十五日），普吉保部分诸将，以参将张朝龙领广东兵，以参将海亮领福建陆提兴协长福各营兵，以游击琢灵阿领浙江兵，以游击夏承熙领漳州兵。将弁七十余人，征兵五千，发鹿仔港。维时沿海麦仔寮各民庄尚为官守。于是普吉保由马鸣山兴师