门兵一千一百人往诸罗，从柴大纪之请也。癸丑（十六日），师次木栅，道阻，改由鹿耳门觅海船取道笨港至诸罗县。
维时诸罗南至府城，北至鹿港，贼巢数十，时出劫掠。柴大纪患之。命孙朝亮带兵一百人驻笨港，蔡朝颁带兵二百人驻麻豆。笨港在县东北二十里，上达鹿港；而麻豆则县南府北适中之要隘也。
柴大纪接将军常青檄促进兵，上书曰：『四月十二日，有从贼兵丁林盛、许高升诡赴军前投到，某讯得其实，即问林爽文所在。据云：林爽文现在牛稠山，与军师董喜谋约南路贼攻诸罗。某若领大兵北指，贼人闻风必窜归，捕之益难为力。不若速饬普总兵带鹿港之师前来会合，绝贼人归路。若首逆就擒，则余匪不攻自散矣。又诸罗之南，贼匪阻绝粮道，把总蔡朝颁现屯麻豆，而兵单恐为贼乘，亦望将军发兵五、六百人赴麻豆协剿，使诸罗、府城道路常通、缓急可恃，实为目前急务』。常青得书，飞檄总兵普吉保带鹿港大兵至诸罗，与柴大纪合兵擒逆首，而仍檄革职守备黄乔救麻豆。
四月庚申（二十三日），黄乔带凤山溃兵三百名至大溪墘，贼众闻之，自大武陇南下扑官兵，官兵不能进。有萧垄、麻豆各庄乡民闻官兵为贼阻，合众出拒贼。贼退。官兵既至麻豆，贼益横。黄乔不能守，屡书告急。常青檄总兵柴大纪就近援之。柴大纪遣游击杨起麟、李隆、守备黄象新带兵八百人，并鹿仔草、盐水港、下加冬、哆啰嘓各乡义民随往救麻豆。五月丁丑（十一日），杨起麟等至盐水港，而麻豆已失守矣。
先是黄乔等侦知贼人将来犯，先领官兵、义民出庄西拒贼。贼忽从庄中出攻官兵。官兵惊溃，黄乔走回府城。千总卢思聪、外委姚登皆死之。戊寅（十二日），杨起麟等率师至麻豆，贼力拒官兵。官兵击贼，死亦数十人。既闻黄乔兵已溃散，麻豆庄民多与贼通，复闻有贼二千人自粪箕湖出扰盐水港，乃旋师。
游击杨起麟等领兵至盐水港，将回诸罗，佳里兴巡检邵宗尧因麻豆失守，贼人图盐水港益亟，禀请留师驻港中。柴大纪从之。由是盐水港始为重镇矣。
黄乔发郡城之先一日，常青檄令总兵普吉保发兵会剿林爽文。普吉保迟疑不决。常青又连檄促之。不得已始领兵三千人南下。五月丁卯朔，至土库。柴大纪后至，普吉保大怒，谓柴大纪失期约。维时林爽文闻官兵至，亦自牛稠山回大里杙。普吉保既询知林爽文已去，益怒，谓为柴大纪所卖，争执不已，各令师驰归。署鹿港同知黄嘉训密禀常青曰：『普总戎于四月二十七日兴师，迂途绕道，由二林沿海而行，致贼人闻信先回大里杙。普总戎于五月初一日在土库地方与柴总戎会合，意见不同，语言抢白，悻悻而散。初六日领兵仍回鹿港，沿途经过村庄，攀留大兵者充途塞道，乃径行不顾，决意回港。是行也，不见一贼，不折一矢，而职等承办人夫车仗，费帑至三千余两，仅供两总戎一场口角。自初八日以来，普总戎经过地方，溪墘厝、二林、猫仔千等处，贼人焚毁略尽，伤亡乡勇数百人，又不发兵救应，致离港二十里外尽为贼有，警息一日数闻，民心惶惧，无不唾骂』！常青闻之，骇愕，移檄切责之，普吉保亦抗书自辨，不伏罪。而诸罗北路阻绝，实自此始矣。
当是时，常青意在先靖南路，屡遣人侦庄大田所在。
先是庄锡舍既投诚归凤山，为庄大田所得，大田欲诛之。其党许光来等皆泉人，为锡舍左袒，言『锡舍实无降意，为人罣误，今既归，不宜自伤羽翼，快敌人心』。大田亦以泉人多，恐杀锡舍，人心变。因留锡舍居左右，每行与偕。锡舍请自效，皆不许。顷之，林爽文寇诸罗，乞众于大田。大田遣陈灵光、张基光等率众往助爽文，自与锡舍居南潭。锡舍乘机遣心腹赴埤头取家属，由海道抵郡，而别遣人密报常青，言大田在南潭，众贼皆赴北路，宜乘其无备取之。
五月戊寅（十二日），常青督将士三千人亲赴南潭，庄大田闻风先遁。常青擒番妇金娘、贼目林红以归。金娘，下淡水番妇，习符咒，为人治病。庄锡舍攻凤山时，请为军师，临阵令其诵符咒祈神佑，军中皆称曰「仙姑」。凤山破，皆推仙姑之功。林爽文伪封一品柱国夫人。林红者，无他技能，与番妇私，每迎敌，随番妇左右而已。庄锡舍既投诚，番妇归大田。是时大田遁走，锡舍诱之同行，遂擒之以献常青，槛送京师，伏法。
五月乙酉（十九日），参赞恒瑞至台湾，总兵梁朝桂、魏大斌等亦先后至。大兵齐集，常青将兴师，因贼势蔓延，大张文告，晓谕百姓曰：『林爽文罪孽滔天，庄大田同恶相济。本将军奉命督师，扫除元恶。怜尔无辜百姓，受其诳惑。凡兹胁从，咸与惟新。有能倒戈效顺者，概原不问。或能擒献渠凶，更当宥罪论赏』。
五月辛巳（十五日），将军常青、参赞恒瑞以总兵梁朝桂、魏大斌为前锋，副将谢廷选、蔡攀龙为左右翼，副将官福贵林、参将特克什布为翼长，投诚贼目庄锡舍为响导，统领福州驻防协领、佐领、骁骑校、并福建、广东、浙江、绿营将弁四百三十七员，满汉征兵五千五百