年分设）：
副将一员（原系参将，驻札诸罗县；雍正十一年改设，驻札彰化县）；
中军都司一员（驻札彰化）；
左营守备一员（驻防诸罗县）；
右营守备一员（驻防竹堑），千总六员，把总十二员，步战守兵二千四百名。
淡水营：
都司一员（驻防淡水港），千总一员（驻防淡水港），把总二员，步战守兵五百名。
安平水师协标中、左、右三营：
副将一员（驻札安平）；
中营游击一员（驻防安平），守备一员（本营内），千总二员，把总四员，步战守兵八百五十名，战船十九只；
左营游击一员（驻防安平），守备一员（本营内），千总二员，把总四员，步战守兵八百名，战船十八只；
右营游击一员（驻防安平），守备一员（本营内），千总二员，把总四员，步战守兵八百五十名，战船十九只。
澎湖水师协标左、右二营：
副将一员（驻札澎湖）；
左营游击一员（驻防妈宫澳），守备一员（本营署东），千总二员，把总四员，步战守兵一千名，战船十八只；
右营游击一员（驻防妈宫澳），守备一员（本营署东），千总二员，把总四员，步战守兵一千名，战船十八只。
武职共一百一十四员，步战守兵共一万二千六百七十名，战船九十二只。
条例
康熙三十年奉旨：台湾各官，自道员以下，教职以上，俱照广西、南宁等府例，将品级相当现任官员内拣选调补，三年俸满即升。
雍正七年议准：台湾道、府、同知、通判、知县到任一年，令该督抚于闽省内拣选贤能之员，到台协办，半年之后，回内地补用；政优者准加二级，称职者准加一级。
雍正八年奏准：嗣后调台各员，到任二年，该督抚另选贤能，赴台协办，半年之后，将旧员调回。
雍正十一年覆准：台湾道员，准其照协镇之例，三年报满；知府、同知、通判、知县，准其照参将等官之例，二年报满；协办人员，半年之后，令各员交代清楚，回至内地，该督抚照例察核，分别具题。如果实心办理，地方宁谧，俱准以应升之缺即用。其道、府应升之缺，给咨赴部引见，候旨升用。同知、通判、知县俱留于本省，遇有应升缺出，该督抚即行具题升补。
乾隆八年议准：嗣后台湾府、厅、县，准其照道员佐杂教职等官，一体三年期满，报明该督抚照例具题，分别升用，免其留台协办。
又议准：台湾训导三年报满，以县丞、府经历等官升用；如该员俸次应升学正、教谕，吏部截定俸次，该督抚挨次论俸升。
武职定例：总兵官三年俸满，请旨陛见；副将三年俸满，给咨引见；参将、游击、都司、守备，二年限满，咨部推转；千总、把总，三年限满，赴省候文推补。其兵丁，由内地三年按班抽换，不准就地推补。
康熙六十年议准：嗣后文武大小官员，不许带眷往台。雍正十二年，总督郝玉麟奏准，调台官员，年逾四十无子者，准其挈眷过台。
武备
雍正十一年，总督郝玉麟奏准：台属民壮，俱系无赖流寓之人，每多滋事，扰害良民。除原拨澎湖通判、台湾府经历、台凤诸彰四县典史民壮共四十四名照旧存留供役外，其道、府、同知、知县共民壮三百五十六名，悉行革退，编入保甲，将原给器械追缴贮官。即于镇标营兵内酌量拨给道员二十四名、知府二十名、台同知十五名、淡同知二十四名、台凤诸彰四县各二十名，以资护卫巡查。
图书编云：『澎湖远在海外，内澳可容千艘，周遭平山为障，止一隘口，进不得方舟；令贼得先据，所谓一夫守险、千人不能过者也。矧山水多礁，风信不常，吾之战舰难久泊矣，而曰可以攻者否也。往民居恃险为不轨，乃徙而虚其地；今不可以民实之明矣。若分兵以守，则兵分为弱，远输为贫；且绝岛孤悬，混茫万顷，脱输不足而援后时，是委军以予敌也，而日可以守者否也。亦尝测其水势，沉舟则不尽其深，输石则难扞其急，而曰可以塞者亦非也。惟峻接济之防，而敷陈整旅以需其至，则贼既失其所恃。讵能为久顿谋哉』？
东宁政事集云：『南路自大冈山以下，至下淡水琅峤社，北路自木冈山以上，至上淡水鸡笼城，其间如凤山、傀儡山、诸罗山、半线山，皆扼野番之冲，为陆汛所必防；如下淡水、硫磺溪、大线头、鹿子港，皆当入海之道，为水汛所必守。至鸡笼、淡水，乃台湾极北之岛，突处海中，毗连番社。后垄一港，与南日对峙，即兴化港口也。后垄而上一百二十里为竹堑社，对海坛镇；竹堑而上一百五十里为南嵌社，对峙关潼，即福州闽安港口。自南嵌至上淡水七十里，对北胶；淡水至鸡笼三百里，对沙埕、烽火门，皆浙江省界也。大洋之外，红夷出