兵部尚书、维才光禄寺少卿。手敕谓：「朕无子，王为皇太侄，同心戮力，共拜孝陵。朕有祚土，终致于王」。取浙东所用职官同列朝籍，不分彼此。寻遣佥都御史陆清源解饷十万犒浙东江防诸军；以散给不平，方国安纵兵夺饷，杀清源（或曰：士英使之也）：而闽、浙衅益深矣。
熊开元罢。以苏观生兼吏、兵二部尚书、行在文渊阁大学士，出为经略；赐上方剑便宜行事。王御门，赐银印曰「瞻奉南北山陵、安集军民文武官」。召见泉州布衣蔡鼎，授为军师。
二月，马胫岭兵变，命路振飞至浦城安抚之。江、楚迎王疏相继至。
诏宽「逆案」之禁。王曰：「北京陷于东林、南都亡于魏党，厥罪维均。今中兴之初，嘉运綦新；其附党诸臣概予洗濯，以收后效」。擢堵胤锡右副都御史，巡抚湖广。
丁亥，大雨雹（闽所无也）；风霾昼黑，对面不相见。
广西有僧自称弘光，召九卿科道议，将迎请。廷臣曰：「即真弘光，甫经失国，有尊奉而无迎请」。已而有司审知其伪，下狱诛之。嘉亨俘至，下诸王议，废为庶人，以幽死；诛其臣顾奕、吴之琮、杨国威、张龙翼等。
三月戊申朔，督师大学士黄道周殉节南京；王闻，恸哭撤朝，赠文明伯。
王将出汀入赣与湖南为声援，芝龙使军民数万人遮道号呼，拥驾不得行，芝龙因具表请回天兴；王不得已，驻札延平。封成功为忠孝伯。以张肯堂为留守；旋加少保，总制浙直，给敕印便宜从事。
辛未，大清兵破吉安，郑彩弃广信奔入关。
夏四月五日万寿节，不受贺。未几，抚州亦破。
命礼臣追复建文年号，立方孝孺祠。
先是，汀、邵间有大帽山峒蛮最强，屡征不服。益宗永宁王慈炎诱之出降，以与大兵战，屡捷，遂复抚州，大兵围之。郑彩屯广信府，永宁王请救，其监军给事中张家玉以三营往援，围暂解。已而复合，彩军溃，抚州遂破；永宁王死之，峒蛮亦散。报至，举朝震惊；命削职戴罪图功。廷麟、元吉退守赣州，大兵追攻之。
五月，琉球国入贡。
廷试贡生，取万荆等十二人；命为萃士，照庶吉士例送翰林院教习。
擢湖广监军道章旷为右佥都御史，巡抚湖北。
鲁监国遣都督陈谦入闽，久驻衢州，持两端；自云鲁已爵为侯，欲邀封。召赴行在，御史钱邦芑劾其外媾，下狱将杀之。芝龙与谦有旧，亟入朝，请以官赎谦死；王故留芝龙久语，密促行刑。芝龙出，已死矣，因厚殓之。由是，益怀异志。
加吏部尚书郭维经六省督师衔，募兵援赣。时赣已被围两月，巡抚刘广胤战败，受执；援兵皆不敢前。
六月，开科取士。命广额七十名，流寓者皆入试；以编修刘以修、闵肃为主考，举叶琐等一百七十五名。士子多以贿进，乃命覆试，落四名。逮同考推官王三俊下狱，追赃一万两。
兵部侍郎前南赣巡抚李永茂遣粤兵五千援赣，与大清兵战于李家山，围暂解；粤兵退守南康。时赣城坚守已久，奉谕奖劳，赐名「忠诚府」。加杨文荐右都御史，偕郭维经出闽入援，与杨廷麟、万元吉等为协守计。
浙东报至，大兵已渡江取绍兴，鲁监国航海去，江上诸师尽溃。鸿逵驻城外，警报我兵至，乃徒跣而逃；三日，抵浦城。事闻，行在大震；削其封爵。
秋七月，元子生。大赦，加恩从兴诸臣，悉进爵；御史钱邦芑言：「浙东新破，唇亡齿寒。举朝正切同仇之日，非蒙恩受赏时也」。不报。
己巳，王御门，内侍捧小匣置御前；诏谕群臣曰：「朕本无利天下心，以勋辅拥戴，不得已勉徇群策。浣衣粝食，有何人君之乐。朝夕干惕，恐负重付，岂意诸臣已变初志！昨巡关之使得尔等出关迎降书二百余封，今俱在此。朕不欲知其姓名也，今命锦衣卫焚之午门前。尔诸臣其有名者，尚洗心涤虑否？倘能竭节奉公，不渝终始，是所望也」！王长身丰颐，声如洪钟，闻者悚息。
时锐志出赣，芝龙百计阻之，欲留王以自重。既而阴通款于洪承畴，托言海寇至，驰还临安，尽撤关隘，水陆诸兵随之去。大清兵既破浙东，长驱而前；仙霞岭空无一卒，遂如入无人之境焉。
何腾蛟遣郝永忠以铁骑五千迎驾，将至韶州。大兵已出衢州，于八月乙未抵仙霞，守浦城巡按御史郑为虹、治饷兵科给事黄大鹏、延平知府王士和死之。
丁酉，王自延平出奔。宫眷皆骑，犹载书十余簏以从，辅臣吾驺、继祚等随行。庚子，入汀州城。
辛丑，大兵奄至。有十余骑叩城称扈跸者；开门纳之，则追骑也。直入行宫，从官迸散，乃执王与曾妃去。妃至九泷潭，投水死；王死于福州。其从难之臣，有部郎赖垓、给事中熊纬、御营总兵胡上琛等（或曰：建宁代死者为唐王聿钊、汀州代死者为张致远，王实未死。后郑成功屯兵鼓浪屿，有遣使存问诸臣