皆复社中名宿，方聚讲南京，恶之甚；草「留都防乱公揭」逐之，列名者百四十人。大铖惧，始闭门谢客，独与戍籍马士英为莫逆交。周延儒再召，次维扬；大铖辇金为寿，求湔濯。延儒以己为东林所推，难之；无已，乃以士英属，士英因得起用。既而，与守备太监韩赞周■〈目匿〉；北京陷，中贵人悉南奔，更得遍结驩.福王之立也，初非诸大臣意；大铖与群奄私言东林当日之所以危贵妃、福王者，使备陈王前，以潜倾可法等。群奄复极口誉其才，王固心识之。迨士英迎立专柄；不逾月即以边才荐；奏称：「臣至浦口，与诸臣面商定策。大铖从山中致书于臣及操江刘孔昭，戒以力扫邪谋，坚持伦序。臣甚韪之」。并白其向日附珰赞导无实迹：「珰败籍家，按门籍治附者罪，而大铖独无名，可证也」。遂命假予冠带，陛见。见即上守江策及三要、两合、十四隙疏，其言娓娓可听。并自白孤忠被陷状至痛哭，极诋孙慎行、魏大中、左光斗，指大中为大逆。于是大学士姜曰广、侍郎吕大器、太仆少卿万元吉、府丞郭维经、大理丞詹兆恒、给事中罗万象、陈子龙、怀远侯常延龄及诸御史部郎等交章并劾大铖「逆案」巨魁，不可用；士英为之力辨，翻攻曰广等护持局面。迟回月余，竟取中旨，起为兵部添注右侍郎。都御史刘宗周言：「当年争吏垣，致魏大中死于诏狱，实大铖主使。祖宗故事，凡列大僚，必用廷推。乃者中旨类降，司农之后继以少宰，而大铖又为司马。其墨敕斜封之渐，有不待问者。大铖进退，实系江左兴亡，乞寝命」！司农乃谓张有誉、少宰为张捷也；盖士英以中旨起。大铖恐滋朝议，先以清望用有誉；而捷则因荐「逆案」吕纯如得罪，于时士英并用之。给事中熊汝霖言：「大铖既知兵，当拔置有用地；若止优游司马，则枢辅已优为，何必增置」？有旨切责，俱不听。旋命兼右佥都御史，巡阅江防。未几，转左侍郎。明年二月，进本部尚书，赐蟒玉；仍兼御史防江。
时既得志，专务报复；悉召「逆案」杨维垣及所善张孙振等数十人胪置选曹、言路，排挤善类。孙振亦得罪先朝者；寻作「正续蝗蝻录」、「蝇蚋录」，盖以东林为蝗、复社为蝻，诸和从者为蝇、为蚋。比有狂僧大悲之狱，乃密与孙振谋更造十八罗汉、五十三参、七十二菩萨之目统千余人，翼以前主潞议及东林、复社诸贤一网毕之。引史可法、高弘图、姜曰广为首，海内人望搜罗几尽，潜纳僧袖中；将穷治其事，以兴大狱。狱词诡秘，朝士皆自危。会士英不敢骤发此难，仅坐僧妖言律斩而止。先是，金陵刊布「防乱公揭」，谓礼部员外郎周镳主之，大铖衔恨次骨。及得志，则首立「顺案」，劝士英穷治镳之从弟钟从贼受职，法当连坐；又以按察副使雷演祚力阻定策，与镳倡立疏藩之说，遂并逮下狱。时大铖虽居兵部，职在巡江；顾一切军事不问，而日惟阻挠六部权，专以结党敛赇、浊乱黜陟为务。仓场侍郎贺世寿引疾去，大铖密遣人劫之江中。尝欲罢按抚纠荐，令纳金于官则纠者免、荐者予；否则，反是。江西总督袁继咸奏其部将功，请擢总兵官；大铖辄索重赂，始给敕印。白丁隶役输厚金，立跻大帅。都人语云：「职方贱如狗，都督满街走」。其谬诞黩货如此。庄烈帝小祥，设坛望祭；独大铖后至，哭呼先帝而来曰：「致先帝殉社稷者，东林也；不尽杀东林，无以对先帝于地下。今陈名夏、徐汧俱北去矣」！士英急掩其口曰：「毋！徐九一见有人在」（九一，汧小字也）。士英初以前好，言无不从；及吏部尚书缺，廷议将用张国维，大铖乃密邀内奄取中旨特授张捷，士英■〈目咢〉眙累日，始怨之。
大铖与继咸有夙嫌，力请减裁江、楚兵饷，左良玉兵由此以起。上游告急，大铖读其檄有诬陷周、雷语，复扬言左兵实自周、雷召之；亟请勒二臣死。不获已，乃与刘孔昭谋集师拒敌，出札芜湖江口。而我大清兵已逼南京，福王奔；及被执北去，大铖急弃衣冠逃，从太平趋浙东。抵金华，投督师朱大典。大典正与义旅婴城固守，因留与共事。士民不可，传檄逐之；乃送诸方国安军。而士英与国安故同乡；以杭州既降，跳身先入其军。大铖至，则掀髯抵掌，日以谈兵自负，国安信且喜。已复扇两军交恶，大典几为国安所窘。士英以南中之坏，半出其手而己受恶名；至是，有所论辨，颇与矛盾。
明年，王师渡钱塘，国安兵败降，士英走之。大铖失已纳款，遂偕谢三宾、宋之普、苏壮等赴江干迎降，言愿破金华以自效。其先，大典尝与之阅城。至西门，曰：「此处新筑土未坚」。饬其下备严。大铖识之，因用巨炮专攻之，城即陷；士民杀戮无孑遗，藉泄檄讨之恨也。旋从我兵入闽；至仙霞岭，有微疾。同行者曰：「子老矣！毋苦跋涉，其留此调摄；众先逾岭，子姑徐徐以来」！大铖艴然曰：「吾虽老，尚能弯强弓、骑壮马；且今欲收七闽，舍吾其谁？奈何言若是」！既而曰：「咨，此必东林、复社来间我也」！军中初弗解东林、复社为何语；曰：「子行矣，非敢有挠也」。翌早，全军度岭；大铖下马步行，趫捷若猱。以鞭稍指骑者曰：「若等少壮男子，顾不及一老秃翁」！矜盻矍铄，军中颇壮之。既过五通岭，则喘急，气息不