二月甲寅朔，命于嘉兴、绍兴二府选淑女。
丙辰，王骥为佥都御史，巡抚湖广。
己未，阮大铖为兵部尚书兼都察院左副都御史协理部事，仍管巡阅江防事务。高倬为刑部尚书。人有上书言开化、德兴、玉山之间有云雾山为先朝封禁，开之可以助国；命太监李国辅往，会同抚按勘视。
辛酉，命五府察明勋臣世系，方许保选；戚臣不许滥请世袭。
癸亥，续封顾其谦为镇远侯。
甲子，谥思宗皇太子曰「献愍」、定王曰「哀」、永王曰「悼」。
乙丑，遣黄道周祭告禹陵。史可法请用高杰部将李本深为提督，不许。黄得功引兵趋扬州。裁九江额饷六万。张孙振奏劾礼部尚书顾锡畴。
丙寅，命于苏州织大婚冠服。
丁卯，锡畴免。荫方孝孺裔树节为翰林院五经博士。
癸酉，撤高杰部兵回，命刘良佐防归德；遣太监高起潜安抚兴平营将士驻扬州。
甲戌，进蔡奕琛礼部尚书、文渊阁大学士。
乙亥，追封皇弟由榘为颍王，谥曰「冲」。礼部请朝日，命俟南郊礼成行之。
丙子，更上先帝庙号曰毅宗（赵之龙奏「思」非美谥）。改封慈爚为崇王，命驻福州府。
丁丑，止滇、黔援兵。袁弘勋疏攻袁继咸；左良玉救之，并言「要典」宜焚。谕解之。
戊寅，李自成走承天。
已卯，命南京各衙门印尽去「南京」二字，改铸另给。
癸未，僧大悲伏诛。鸿胪寺少卿高梦箕密奏先帝皇太子自北来，遣内臣踪迹之。
「勘本」曰：顾宗伯锡畴之被劾也，因其论削温体仁谥事耳；原阙。「佚史」仅于三月丁亥大书曰：「复故少师、中极殿大学士温体仁谥」。此盖从张孙振之请也。案改铸各衙门印文尽去「南京」二字，因礼部管绍宁印被窃，谋诸士英，故有斯命。
三月甲申朔，内臣自杭州送北来太子至京，驻兴善寺；遣太监李承芳、卢九德等审视还报。夜五鼓，移至锦衣卫都督同知冯可京邸舍。
乙酉，御武英殿，命府部九卿科道及前东宫讲官中允刘正宗、李景濂、少詹事方拱干等审视太子真伪。问答有歧，大学士王铎直叱为假。再命严究主使之人；久之，自供为王之明，故驸马都尉王昺侄孙，曾侍卫东宫。家破南奔，高梦箕家丁穆虎教之诈称太子。奏上。
丙戌，下之明中城兵马司狱。
丁亥，复故少师、中极殿大学士温体仁谥。
戊子，命太监乔上总理两淮盐课、严察兵马粮饷。
己丑，大清兵取郾城，又取西平。李自成逼承天，左良玉遣使告急；命督臣何腾蛟等御之。
辛卯，大清兵取上蔡。耿廷箓为佥都御史，巡抚四川。
壬辰，命百官会审王之明、高梦箕、穆虎于午门外。王藩邸元妃童氏在河南自陈，刘良佐信之，具仪从送入京；前巡按御史陈潜夫遇诸涂，谒之。既至，王怒，目为妖妇，下锦衣卫狱，并逮讯潜夫妄谒妖妇罪。黄得功出疏争太子事。李自成兵寇潜江。
癸巳，遥祭诸陵。
戊戌，三法司以王之明狱上，再命严究往来踪迹。先是，太子之至也，都人皆喜谓王未有子，且以为嗣；至是，人情汹惧，指马士英、王铎共谋戕害太子。得功再疏保留。乃命养之狱中，勿遂加刑。封郑芝龙为南安伯。命黄斌卿以原官挂征蛮将军印，镇守广西；方国安挂镇南将军印充总兵官，驻防池口。刘良佐上疏，并言太子、童妃二事，谓上直为群臣所欺；王命法司先将二案审明情节宣布中外，以释群疑。然而流言日甚，称士英等朋奸导王灭绝伦理。
己亥，徙祟王居福州。上懿安皇后谥曰孝哀慈靖、恭惠温贞、偕天协圣晢皇后，更上皇考谥曰孝皇帝。命黄得功移镇庐州与刘良佐合力防御。
壬寅，思宗忌辰，王于宫中举哀；百官于太平门外设坛遥祭，以东宫、二王祔祭。
癸卯，高成自杭州解至（梦箕子也），命三法司覆审王之明等。命毁黄得功疏，以绝奸谋。
甲辰，封妃戚黄九鼎雒中伯。左良玉以李自成兵至潜江口，遣使告急。加朱大典为兵部尚书兼右副都御史，巡抚应天、安徽等处。
乙巳，大清兵从河南下，总兵王之纲走宿州。是日，取归德府；巡按御史凌駉及其子润生死之。
丙午，罢安庆巡抚。
丁未，许罪废诸臣输银复官。
戊申，左良玉举兵，以奉太子密旨诛奸臣马士英为名，黄澍主其谋；焚武昌东下。
已酉，赠故兴平伯高杰太子太保，荫一子锦衣卫百户。以钱继登为佥都御史，总理两淮盐法，兼督江防军务。罢巡盐御史。大清兵取颍州、太和。加李本深太子太保左都督，提督兴平标下兵马。