殿陛、饬守御，请都于此。魁楚兵屯岑溪；大兵招之，不从。水陆设伏，战于藤江；魁楚中箭死。李成栋既定广东，分兵将趋桂林；王亟走全州。式耜极以桂林形势开陈，不纳。因自请留守，与城存亡；许之。进文渊阁大学士兼吏、兵二部尚书，赐剑便宜从事。平乐、浔州相继破，桂林危甚；总督侍郎朱盛浓、巡按御史辜延泰、布政使朱盛■〈氵调〉、副使杨垂云、知府王惠卿以下皆遁走，惟式耜与通判郑国藩、县丞李世荣、都司林应昌、李当瑞、沉煌在焉。三月，大兵至桂林；援将焦琏遇之，战却之。五月，李成栋薄城下，以数十骑突入文昌门，登城楼瞰式耜公署。急令焦琏、白贵、白玉等开城出战，马之骥隔江发大炮以助声势，成栋引退。已而别有一路由栗木岭来，之骥突出逆战，追奔数十里，自是桂林获全。当城守时，式耜亲立矢石中，与士卒同甘苦。积雨城坏，吏士无人色；式耜垒石补阙，督守自如。俄以援兵索饷，括库且不足；式耜妻邵，捐簪珥助之，人故无叛志。
焦琏时已擢参将。初，永明王居藩服，贼陷衡州，奔粤西；中途被执，琏率众攀城破械救诸出。王病，琏复背负以趋：王故念此德之也。城守最力；既以所部主客不和，哗而走，城几破。会陈邦彦攻广州，大兵遂东。琏亦复阳朔及平乐，邦傅亦由浔合兵复梧州，粤势麤定。捷闻，封琏新兴伯、式耜临桂伯，余各进秩有差。式耜请王返全州，不听；寻又请还桂林，已许之。秋八月，武冈破，王由靖州假蛮道以达柳州，大学士吴炳死之。十一月，大兵自湖南逼全州，何腾蛟督兵分战，诸将连营亘三百里，拒却之。已梧州复破，王方在象州，欲走南宁；诸臣谏阻，遂以十二月还居桂林，以严起恒并为大学士。明年（戊子）二月，南安侯郝永忠驻桂林，与城外团练兵相恶，尽破水东十八村，杀戮无算，且与式耜构难；乃力为调停以安。永忠移驻兴安，与大兵战灵川败绩，奔还桂林，请王即夕西徇；式耜争留，不可。左右皆请速驾，又力争之；曰：「督师在楚，警报未至，宜候之还；背城借一，胜负犹未可知。若以走为策，则何地不危」！王曰：「卿不过欲予死社稷尔」！式耜泣下沾衣。夜半，王甫行，永忠即四面纵火大掠；捶杀太常卿黄太元。式耜家亦被劫敓，家人矫腾蛟令箭，始出城。日中，赵印选诸营自灵川至，亦大掠，城内外如洗；永忠走柳州，印选等走永宁。明日，式耜救息余烬，安抚远近；焦琏及胡一青、周金、汤兆佐诸镇兵皆至，腾蛟所部军亦至。三月，大兵闻变亟来袭，抵北门；乃与腾蛟督诸将拒战，获全。遣使赴南宁慰问三宫起居；王始知式耜无恙，为之泣下。赐金印一，文曰「精忠贯日」。
比金声桓、李成栋皆据地内附，成栋具表请王赴广州。式耜虑其挟王自专如刘承胤事，力请还桂林；疏言：「驾若东幸，军中将帅谓朝廷乐新复之土，成栋亦有邀驾之嫌。号令既远，人心涣散，臣不能制也」！再疏，令简讨蔡之俊往迎；又疏，令给事中蒙正发往迎。俱不报，王竟由南宁移驻肇庆。成栋疏称：「式耜拥戴元勋，不宜久在外，请召还」！使者数至。式耜因辞乞骸骨，不许；遂以国事让成栋，己请留守桂林。十一月，永州、宝庆、衡州相继恢复。即疏言：「机会可乘，请仍还桂林，图出楚计」。不纳。庆国公陈邦傅守浔州，自称世守广西，欲如黔国公例；式耜劾之。广西巡抚鲁可藻自署衔为巡抚两广；亦奏驳之。式耜身在外，凡政有所阙，必论谏；尝曰：「臣与主上患难相随、休戚与共，较他臣不同。一切大政，自得与闻」。王为褒纳。是时，成栋子元胤专朝政，颇知敬礼式耜；如袁彭年、丁时魁、金堡辈咸相倚附。己丑春正月，时魁辈逐朱天麟，不欲何吾驺为首辅，召式耜入直，以文渊阁印畀之；终不入。
未几，腾蛟被执湘潭，成栋、声桓俱败没，国势大危。夏六月，以戎政张同敞总督各路军马。秋九月，大清命帅定南王孔有德抵衡州，同敞驰赴全州为御；从式耜之请也。庚寅春正月，南雄破，罗成耀遁；韶州亦失。王惧，西走梧州。式耜驰疏请留；不听。时我帅平南王尚可喜、靖南王耿仲明久顿江西之吉安府，惠潮道李士琏、镇将郝尚忠密往投诚，导之入龙虎关；式耜飞章入告。而朝士方植党相角，尚书吴贞毓辈疏劾袁彭年等五虎把持朝政，罔上行私；皆下锦衣卫狱。式耜闻之，疏凡七上，申救备至。又胡执恭之擅封孙可望也，疏请斩之。皆不报。
秋九月，全州破；开国公赵印选居桂林，卫国公胡一青、宁远伯王永祚守榕江，皆惶惧不出，大兵遂入严关。十月，一青、永祚俱赴桂林领饟，榕江一带遂为空壁；大兵入益深。十一月五日，式耜檄印选出城为战守计，不应；再趣之，则尽室逃。一青及武陵侯杨国栋、绥宁伯蒲缨、宁武伯马养麟等驰出小路勒兵，兵自溃；乃各逃去。永祚迎降，城中空无一卒。式耜端坐府中，家人亦散；总兵戚良勋操二骑至，请乘之速走为后图，坚弗许。曰：「尔去则去；我去不过多活几日。自古至今，谁不死者」！良勋乃去。俄，总督张同敞自灵川回，入见曰：「事急矣，将奈何」！曰：「封疆之臣，身将焉往！子无留守责，盍去诸」！同敞曰：「死则