，全军俱没，佳鼎赴水死。肇庆大震。
式耜疏言：“草昧之初，惟养圣德，修纪纲，慎政教、挽人心、布威武、起用人望、招徕贤俊为首务。”
王坤者，旧北阉，自南都失而入闽。思文遣出，乃入肇庆，秉笔司礼监。内批改户部郎中周鼎瀚为给事中。式耜力言不可。不听。吕大器以病辞入蜀，内批升粤巡使王化澄为大司马。式耜疏言：“化澄诚贤，有廷论。斜封墨敕，何可为例？请补部疏，尚得体。”
晋李永茂大学士，知经筵，不入直。疏荐十五人，为十五省乡望。疏上，王坤启视不悦。未几，十四人皆朱之，山西道御史刘湘客独斥。永茂怫然曰：“朝廷方以经筵责茂，茂以十五省人进，非私也。斥湘客者，斥茂也。”即日解舟去。式耜疏言：“大臣论荐，新朝盛事。司礼辄去取其间，无以服御史，何以安大臣？”王坤复疏荐海内硕卿数十人。式耜又言：“司礼抑人不可，荐人更不可。”吏科给事刘等疏论坤内臣，不得荐人。帝怒，叱逐等。式耜力持之，得复用。
十二月，清师由闽趋潮、惠，俱下之，潜师袭广州。望日，唐王方视学，警报至，观生叱曰：“潮州公文昨夕到，兵何自来耶？”清师先以数骑抵东郭门。守门者犹以为招来海上盗也，呼问之。比觉，而城不及闭。先锋入，反据城以引外骑。执唐王。观生自缢，祭酒梁朝钟、太仆卿霍子衡等死之。唐王与周、益、辽等二十四王俱及于难。顾元镜、何吾驺降。
二十五日，报至肇庆。瞿式耜请守峡口。司礼王坤趣帝西避之。式耜夜棹小舟留驾曰：“我兵水陆凫至三水，可上下扼也。”争之不得，请身留肇庆。宗人府朱容藩曰：“左右所恃，惟式耜一人，式耜留守，上行益孤”。亦不许。帝遂驾小艇上西峡，走梧州。丁魁楚以朱治间为总制，守肇庆。
永历元年（清顺治四年）丁亥正月，降清将李成栋分兵徇南韶，自率兵向肇庆。帝由梧州北走平乐。而魁楚惑于奸弁苏聘，从梧西走岑溪。式耜随行，而妾媵众多，逗留梧江。惟大司马王化澄、户部尚书吴炳、翰林方以智、文选郎吴贞毓、给事中唐钅咸、御史程源、中书吴其雷、洪士彭、掌锦衣卫马吉翔扈跸。李成栋入肇庆，朱治间走。治间字子晦，浙人也，举乡试，有文誉。崇祯时为肇庆同知，骤升此职，至是剃发云。成栋别遣副将杨大福、张月等取高、雷、廉三郡。
二十九日，成栋入梧州，巡抚曹烨降。先是，苍梧令万思夔作一木龟，令人牵之，号于路曰：“降敌者似此”。及清师薄梧，巡抚曹烨以《春秋》得隽者也，因舆榇肉袒牵羊以迎曰：“烨不天，不早事君，使君怀怒以及下邑，烨之罪也。若以罪不赦，俘诸军门，亦唯命。若惠邀天之福，苟保首领，使得自新，君之惠也。”即涕泣不敢仰视。成栋笑而受之，释其缚，焚其榇。兵入梧城。万思夔大书曹烨姓名于木龟背，置堂中。遂遁。
二月，帝入桂林。以吴炳、方以智为东阁大学士。遣使湖南慰劳督师定兴侯何腾蛟等，并趣其兵入卫。
是月，式耜至自梧江，疏请征四川文安之、南王锡衮为相，周堪赓、郭都贤、刘远生等为六卿，丁时魁、金堡等为给事，晋腾蛟阁部督师。
是时孙可望方由川、贵入南。安之、锡衮以道阻不能达。
丁魁楚之去梧也，以三百余艘载黄金二十万两、白金二百四十余万两，方至岑溪，成栋追及之，战于藤江。魁楚被杀，阖门尽没。
清师入平乐，陈邦传弃城走南宁，帝闻报大恐。王坤请召武冈镇刘承胤入援，藉之赴楚。承胤闻召，即统兵至全州迎驾。封承胤安国公。式耜上疏曰：“驾不幸楚，楚师得以展布，自有出楚之期。兹半年之内，三四播迁，民心兵心，狐疑局促。如飞瓦，翔手散而覆手合。”又曰：“在粤而粤存，去粤而粤危。我进一步，则人亦进一步，我去速一日，则人来亦速一日。楚不可遽往，粤不可轻弃。今日勿遽往，则往也易；今日若轻弃，则更入也难。海内幅员，止此一隅。以全盛视粤西，则一隅似小；就粤西恢中原，则一隅甚大。若弃而不守，愚者亦知拱手送矣。”不听。又泣请曰：“东藩已失，所存惟桂一隅。若复委而去之，武冈虽金城汤池，何能长久？臣本起此以举事，愿与此地俱存亡。”乃命式耜留守桂林，各路悉禀节制。封总兵焦琏富川伯，镇桂。封旧镇陈邦传思恩侯，守昭平。帝发桂林。
三月，清师薄桂林。式耜檄总兵焦琏。琏驻别县黄沙镇，闻檄，即率三百骑赴救。时山水泛溢，士卒徒涉百里，水及马腹。临江无舟，搜村中得渔舟二艇。士卒以次渡毕，琏乃渡。以初十日薄暮抵式耜府。式耜欢甚，拊其背而劳之，如家人父子。翌日，清师数万猝至，数十骑直突文昌门，登城楼。式耜署在城楼下。矢及式耜纶巾。式耜呼琏，琏即袒臂控弦自下射之，一骑颠。连发数矢，敌应弦而倒。数十骑乃下，短兵接战。琏复杀数人。时城门闭，余骑复登城，挟马越城而下，奔还其军。琏即启门而出，麾三百骑大呼直贯其营，左右冲突，所向披靡。自寅至