三案，削职追夺，几陷不测。归来闭户，著天下名胜志，选古今十二代诗，撰《五经说》。继乃旁通天文、禅悦、字说、语录、二十一史，皆有纂缉。威宗朝屡诏起之，不就。帝夙知其名，初入闽，即起为太常，寻进少宗伯。特设兰台令，修《威宗实录》。闻驾已离延津，即削发入山寺为僧。有不知时势者四人，思为恢复计，乃率里中无赖三十余人，直抵寺中而强之。学曰：“千金，予不惮倾囊以应。奈时势已至此何？”四人苦恳之，学恻然曰：“与其留为儿孙用，不如先为国家用。成败利钝，非予所知。诸君勉之。”翌日下山，予之如其数。四人者延学至帅府，时即九月十六日也。至十九日清师入城，学乃呼家人，告曰：“吾志已定，今日正吾尽节之日也。”遂沐浴正衣冠缢于中堂，年七十有三。语不及后事。后五日，始得入棺。次年二月十九日，移榇西郊二忠祠，葬祭成礼。
右卫指挥胡上琛，字逢圣，号席公，直隶人。伊祖以功授燕山卫，后升福州右卫，遂占籍焉。上琛幼孤，依母家田氏。少长，娴礼义文词。年十八，赴京袭祖职。折节读书，耽于赋咏。多蓄书画，有当意者，辄典衣购之。帝入闽，升锦衣卫，扈从延平。及帝出狩，上琛徒步归，闭户不出。清师将入城，上琛密令人入山觅毒草。其爱妾刘蕙闻而笑曰：“君岂以我妇人不知节义事而不与闻耶？吾有志久矣，特虑君志未决耳。”上琛喜动颜色，遂服冠裳，与妾拜天地祖宗，并坐中堂，饮药酒而卒。上琛时年三十有八，蕙年二十有一。子四人，先时嘱母氏抚养。
十月三日，赣城中有缒城而出者，清师获之以为乡导。夜泊小东门而上，乡勇犹巷战刃之。四日黎明，清师四集，遂破忠诚府。万元吉、杨廷麟投水死。郭维经入嵯峨寺焚死。兵科给事万发祥、守道彭期生、吏部主事龚、御史姚奇胤、兵部主事于斯昌、王其{宀弘}、黎遂球、柳昂霄、鲁嗣宗、钱谦亨、户部主事杜、中书舍人袁从谔、刘孟钓、刘应驷、赣州推官署府事吴国球、同知王明俊、临江推官胡缜、知县林逢吉、监纪通判郭登宁、乡官卢象观、举人刘曰、万与升、马芝、贡生杨述鸿、黄尚实、胡国伟、王明、管声元、戴绂、段之辉、朱长应、赖尚佐、刘期锡等数十人，不死于兵，即自尽投水耳。
十九日，清师入漳州。漳州道傅从龙、知府金丽泽以城降，皆仍旧职任事。不三日而乡民兵起，杀从龙、丽泽。
当清师之未入泉州也，郑芝豹先至，闭城索饷。诸绅不应者，即枭其首，缚亲家母于庭。抵暮，得数万。又具火手五百，将尽焚城中宫室。以饷未足，迟至明日。俄报清固山兵将至，乃奔安平。
芝龙保安平时，楼船尚五六百艘。军容ピ赫，战舰齐备，炮声不绝，震动天地。以前约南都洪内院信未通，故犹豫未敢迎师。又自念早撤关兵，清师得通行无所累，有大功。而两广素属部下，若招两广以自效，闽广总督可得，犹南面王也。清贝勒令泉绅与芝龙最厚者郭必昌招之。芝龙曰：“我非不忠于清，恐以立王为罪耳。”会固山兵逼安平，芝龙怒曰：“既招我，何相逼也？”贝勒闻，乃切责固山，令离安平三十里勿驻军。而遣内院二人持书至安平，其略曰：“吾所以重将军者，以将军能立唐藩也。人臣事主，苟有可为，必竭其力。力尽不胜天，则投明而事，乘时建不世之功，此豪杰事也。若将军不辅立，吾何用将军哉？且两粤未平，今铸闽粤总督印以相待。吾所以欲将军来见者，欲商地方人才故也。”芝龙得书，大喜，必欲降附。诸将多不从。其子成功痛哭而谏，劝之入海。而芝龙念田园遍闽、广，秉政以来，增置庄仓五百余所。驽马恋栈，遂进降表，单骑以五百人自随而降。成功母自缢死。
芝龙过泉州，大张播告，夸投诚之勋。犹持贝勒书招摇，得官者就议价。十一月十五日，至福州，朝见贝勒，握手甚欢，折箭为誓。遂命酒痛饮。饮三日，夜半，忽拔营起，挟之而北。从者五百人皆别营，不得见，惟狎客陈鼎随之。亦不许通家信。芝龙乃面作家书数封，皆嘱无忘清朝大恩语。而谓贝勒曰：“北上面君，乃芝龙本愿，但子弟多不肖，今拥兵海上，倘有不测，奈何？”贝勒曰：“此与尔无与，亦非吾所虑也。”
芝龙既行，郑彩、郑鸿逵、郑成功皆率所部入海，成功树旗曰“杀父报国”。张肯堂、沈犹龙等亦往舟山依鲁王。芝豹独奉母居安平。
芝龙至京，陛见，奉朝请。
十二月朔，成功会文武群臣于烈屿。设高皇帝神位，定盟恢复。仍改明年丁亥为隆武三年。移于南澳。勤王者远近至，军声颇振。
永历元年，即郑氏所奉之隆武三年（清顺治四年）丁亥，四月十八日，黔国城中人执阮韵嘉、袁士弘槛送楚雄，伏诛。二十四日，孙、李诸军入城，秋毫无犯。定洲据省凡五百五十日。
五月，李定国帅师向临安，庚申至壬戌拔之。改阿迷州曰开远，蒙自曰乐新。遣使至楚雄、永昌。杨畏知犹以流贼目之。
是月，郑成功于厦门中左所设演武场。