每年一易，间有留任一年者。雍正五年，以学政归汉御史兼理；裁澎湖巡检，分澎湖地为厅治。六年，改台厦道为台湾道。九年，移县丞驻县属之罗汉门。十一年，增设府、县学训导各一员。乾隆十七年，定御史三年巡视一次，事竣即回；学政仍归台湾道兼理。二十六年，裁新港巡检。三十一年，以海防同知兼南路理番同知。三十二年，仍加台湾道兵备衔。四十七年，停巡台御史。五十二年，奉谕嗣后台湾道员著加按察使衔，俾得自行奏事。五十四年，改罗汉门县丞为巡检。
凤山县以邑有凤山名。郑氏设南路安抚司并万年州，治其地。康熙二十三年，设知县一员、典史一员、儒学教谕一员，均同城；巡检一员，驻下淡水。雍正九年，增设县丞一员，驻万丹，管辖下淡水、枋寮等处；移巡检驻大昆麓。十一年，增设儒学训导一员。乾隆十六年，移万丹县丞驻阿里港。初，县治在兴隆庄，僻近海隅，甚荒落；县官治事，恒在相距十里之埤头街。五十二年，逆匪庄大田蹂躏县治，遂移驻埤头；改大昆麓巡检为兴隆巡检，驻旧城；并移阿里港县丞驻下淡水。嘉庆十一年，海贼蔡牵攻台湾，遣党陷埤头，颇有残毁。十五年，移回旧城。然埤头溪山环绕，烟户繁盛甲一邑。道光二十七年，议准仍移治埤头。
嘉义县先名诸罗，郑氏北路安抚司所治天兴州地，邑有猪朥山，以不雅驯，易称诸罗，因以名县；或言取义诸山罗列，非也。康熙二十三年，设知县、典史各一员、儒学教谕一员，同驻城内；巡检一员，驻佳里兴堡。雍正九年，增设县丞一员，驻笨港；移佳里兴巡检驻盐水港。十一年，添设儒学训导一员。乾隆二十六年，移台湾县新港巡检为县属斗六门巡检。五十二年，逆匪林爽文围攻县城，绅民协力坚守几四阅月；高宗特改县名曰嘉义以褒之。是年添设县丞一员，驻斗六门；移原设巡检驻大武垄。
彰化县本诸罗县地。雍正元年，以土番相继归化，民居益繁，析县属虎尾溪北半线地方置县，名彰化；设知县、典史各一员、儒学教谕一员，俱同城。九年，增设巡检二员，一驻鹿仔港，一驻猫雾梀；又分大甲溪以北地归淡水厅辖。十一年，添设训导一员。乾隆二十三年，增设县丞一员，驻南投社。三十一年，裁泉州府西仓同知，改设台湾府北路理番同知一员，驻县城。五十一年，移理番同知驻鹿仔港，兼海防事。嘉庆二十一年，移儒学训导于淡水，移鹿仔港巡检驻淡水厅辖之大甲溪。
淡水厅本诸罗县地，以淡水溪得名。雍正元年，析隶彰化县，设淡水捕盗同知一员，驻彰化。九年，改抚民同知；划县属大甲溪以北地归厅辖，以竹堑地方为厅治；增设竹堑巡检一员，兼司狱事；又增设巡检一员，驻八里坌。乾隆三十一年，移八里坌巡检驻新庄。五十四年，改新庄巡检为县丞。嘉庆二十一年，又增设巡检一员驻大甲溪，移彰化学训导驻竹堑为淡水学训导。
澎湖厅屹峙海中，群岛参差环拱。隋开皇闲，虎贲将陈棱略地至澎湖，始见于史。元末置巡司。明初徙民漳、泉二郡，废巡司而墟其地。继而不逞者潜聚其中，推年大者为长，苫茅栖止，以畋渔为生。嘉靖间，都督俞大猷剿海贼，留偏师驻防，后设巡检守之；不久并裁。万历中，增设澎湖游兵。天启初，荷兰据焉；总兵俞咨皋擒其帅归，遂遁去。后为郑氏所据，设澎湖安抚司，倚为重镇。康熙二十二年，水师提督施琅率师往征，一战克之。二十三年，隶台湾县，设巡检一员驻守。雍正五年，裁巡检，改设通判一员，兼海防事，即以大山屿之妈宫澳为厅治。
噶玛兰厅本土番地，一名蛤子难；盖番语无定字，闽音相近致讹，后译正为噶玛兰。在台湾极北山后迤东而南，荷兰、郑民窃据时均未之及；即康熙闲台地内附后，亦止山前南自琅峤、北至鸡笼山止，初不知后山尚有沃壤。雍正初，社番向化，始附东螺各社输饷于诸罗。旋改属彰化，又转隶淡水。乾隆末，漳、泉二郡民潜往垦辟。嘉庆初，由头围渐开至五围及罗东、苏澳一带。十一年，海盗蔡牵窜至；民番协力御之，败牵众，缚贼十三人以献，始通于官。十二年，牵党朱濆谋夺罗东为巢，泊舟苏澳；总兵王得禄追至，败之。台湾府杨廷理抚绥民番而归，虑为盗贼觊觎贻后患，始议设官治理。十八年，设理番抚民通判一员、罗东巡检一员，同驻五围为厅治；又设县丞一员驻头围，兼稽察乌石港海舟出入。
台地初附，南至凤山县属枋寮止，北则诸罗县属虎尾溪外，仅沿海一线地可达鸡笼，余皆荒服。甫四十年，生聚日众，爰于半线、竹堑分设厅县各一。而淡水以北，富庶甲全台之艋舺、沪尾及摆接十三庄，尚番多民少、榛莽未除也。百余年来，自枋寮而南，至迤东滨海之大秀房，长逾百里，律以内地弓步，几二百里；生番半徙山内，土人之耕种其闲者不知凡几。康熙闲，漳浦蓝鹿洲太守鼎元即有拟设千总一员、兵三百名于琅峤之议，因循未果。虽地滨山海甚偏狭，路亦艰险，不足置县；若开通途迳，增设分防县丞一员驻琅峤之柴城，管理屯番及粮饷词讼，需费不及万金，可杜后来啸聚相讧之患。弁兵则分自安平协。盖安平昔为要隘，近年鹿耳、鲲身悉被沙淤，海舶到台，非泊百里外之国