屠掠几无遗，和议遂绝。
大清命乌金世子统大军入闽。乙未夏五月，成功遣忠振伯洪旭，北镇陈六卿，取舟山，守把巴臣兴举军降。以六御守舟山，洪旭攻台温，召臣兴归思明。六月，堕安平镇及漳郡、惠安、南安、同安城撤兵，聚思明。以贝子将至，权清野敛戍也。
晋王定国复致成功书。
十二月乌金世子至泉州，遣人赉论至思明招降，不纳。易函称书，以祖大寿，洪承畴为辞，成功依违答之。丙申三月，贝子会泉州水师攻两岛，成功遣林顺，陈泽以炮舟出御。大舟先为飓风所飘，多登而遁，十余人浮至金门。断手刖耳鼻遣之。
别将攻白沙，不克而还。
六月，前冲黄梧以海澄来降，封海澄公。海澄军储多，成功使王秀奇、统黄梧、苏明同守。明兄茂先为施琅副将，琅之得罪也，茂实逸之。及茂从黄廷、黄梧人揭阳失利，遂军按法诛茂，并梧戴罪，故梧、明皆怨成功。贝子之入闽也，漳泉属邑皆下，惟海澄未复，梧、明惮秀奇，不敢动。适秀奇出计事，二人遂举城降。
时贝子重兵在漳，成功议率众北向以肄之，克期解缆。闻海澄变，诸将皆失色，成功奋然曰：“吾欲图大，岂以澄邑阻事？有不行者斩！”遂扬帆下闽安镇，省会震动。督抚出王进于狱，使治守具。南军屡攻不利，乃城牛心塔，以陈斌戍之。
梧封海澄公。明母犹在海上。召明入京为内大臣，梧因献平海策：请发郑氏 冢，诛求亲党，设五商及迁海等事。
成功用法严，其下常惧诛，礼官陈宝钥、黄开泰，先后出降，大清辄贵显之，以招岛上人，岛上人多动心。然降将亦慕成功赉子殊渥，第宅供帐，与已无异。以故郝文兴等，迄死不贰。
是年，台州镇将马信，宁波镇将张私德，降于成功。各予白金五千两，蟒衣玉带一，信母妻各白金五百两，珠冠霞帔一。
是年，晋王定国奉桂王入云南。八月，大军复舟山，总制陈六御，英义伯阮骏死。丁酉春正月，晋王定国率兵讨孙可望，可望来奔。三月，定国公鸿逵卒于金门。大军复闽安镇，岛将引还。陈斌孤军守牛心塔，不得出。遣人招降，至福州，杀之，
屠其军甘辉等还自闽安，攻宁德，满将阿克襄赴援，恃其骁勇，轻进，马蹶，裹创步战，为辉所杀。
戊戌，成功议大举取南京，曰：“据长江则江南半壁，皆吾囊中矣。”诸将多言南京道远城固，须数万人，不如近攻完利。惟马信力赞，乃以黄廷为前提督，洪旭为兵官，郑泰为户官，居守思明。自率中提督甘辉、后提督万礼、武卫林胜、统领余新虎、卫左镇陈魁、水陆甲士五万，号十万，举帆入浙。
攻陷乐清诸县，将进长江；次羊山，暴风覆舟，亡数千人。退泊舟山，整固舟辑，以图再举。
桂王遣周金汤由广东龙门航海，至思明，封成功为延平王，诸将升擢有差。成功以未有恢复功，辞王爵，称招讨大将军如故。是年，大清师入贵州，李定国、白文选等皆败。
已亥五月，成功全军北出，抵崇明，以兵部尚书张煌言尝从定西侯名振三入长江，知虚实，用为前驱。煌言请定崇沙为老营，不听。金焦沿江置炮，岛人乘南风盛，径抵瓜洲城下。
我师出御，死者千余，乘胜克其诚。以柯平为同知，守瓜洲。
成功留攻镇江，令煌言先捣观音门、仪真，官民迎降。六月廿四日，镇江军阵江口，成功登陆击之。战未合，周全斌率所部先登，陷阵。时大雨泞，骑皆陷于淖，海上军徒跣击刺，往来剽轻，我师竟败。提督管效忠走，朱操江被执，江南北大震。
成功入城，以全斌违令先动，将杀之，诸将力请，乃免。于是全斌带伤守镇江。七月，成功进围南京，移檄远近。
张煌言至芜湖、庐凤、甯、徽、池，太守令将吏，日纳款军门，凡得府四、州三、县二十四。金陵守御虽坚，亦欲议降。
煌言将向江西，驰书劝成功急攻南京，而分兵下■成功不许。
崇明副将梁化凤先已降，又不时调化凤侦丹阳无备，遂引兵突入南京，乘南军怠，夜开城出，大有斩获。次日，满汉军
倾城出战，袭破余新军，诸军皆溃，争赴舟，溺死无算，成功仅得登舟。获都督甘辉，杀之。
成功收溃军，犹数万人，扬帆出海，并弃瓜镇。镇江书生罗子木，抱成功足涕泣请留，不听。奉其父以从。成功攻崇明，不克而归。上江军闻之，亦溃，煌言跳身间行，得达台州。诸纳款者屠戮无遗，江右义旅陈九思众数万，保南饶山中，闻金陵之败，乃降。
是年，大军尽取云南，桂王出奔缅，李定国攻缅，迎桂王，不克。庚子，台州守将张承恩书诣张煌言，请降。明安达理出浙海，士卒病死大半，不战而归。达素两道指思明：大舡出漳州，小舡出同安，许隆、苏利等皆以兵会。成功使陈鹏守高崎，遏同安；郑泰出浯屿、御隆利。自率周全斌、陈辉、黄庭，次海门。五月十日旦，漳州兵乘风顺流迫海门，成功传令按舟勿动，俟大军齐出，乃击。呼吸间漳舡已至，击破闽安侯周瑞船，瑞与五府陈尧策皆死。遂攻陈辉船，辉举