右侍郎。会推阁员先后二十四人，石麒与焉。称疾不赴召对，故免陈演之谮。转左侍郎，署部事，寻即真为尚书，言：“迩年刑官擅背律条，严文刻深，使吏胥上下其手。侥幸之徒，以贿为市，干和召愆，其失非细。”因条上附会律文之谬数十事，会清狱，石麒尽心明允，理出冤滞近万人，贯城几空。
陈新甲下狱，政府以下皆为营救，石麒独言：“俺答阑入而丁汝夔伏诛，沈惟敬盟败而石星论死。惟后此辽沈广宁之陷，诛止督抚，不及中枢。故新甲觊引例自宽。不知此例乃天启间陵夷解纽之政，非祖制所有也。今亲藩膏刃，百城流血，夔星之罪，未若是烈。人臣无境外交，新甲身在朝廷，辄擅便宜通款北境，辱国无君，莫此为甚。”上览疏，新甲即日弃市。
司礼王裕民，私庇刘元斌，并逮狱，上欲杀之。石麒爰上书，言：“隐人之恶，与身自为恶，终不同。律内奏事诈，不以实条，止拟一配注，以其欺君也。然则绳欺之法，亦止此矣。
加等至烟瘴已极，过此非臣所取擅。”入，上竟以内廷欺罔隐微，斩裕民而叹谕石麒。
洪承畴救锦州，束马未动。职方张若麒，以中枢私人，出关督战，遂大溃，精锐丧失俱尽。若麒就理而有奥援，司官迁延不谳，石麒谓：“王朴以倡逃诛，陈新甲以误国辟，而倡倡逃误误国者安得减等？”论若麒如律。
左都御史刘宗周，以救姜采、熊开元革职。石麒上言：“
陛下求变通趋时之臣，举朝不乏；若求廉顽立懦，维风易俗之臣，含宗周无选矣。”上不听。采等自诏狱改刑部，石麒轻拟，失上意，遂罢。
甲申五月，福藩立，起右都御史改吏部尚书。时江左草创，自石麒与刘宗周，黄道周出，始成朝廷。而马阮用事，率降中旨，铨除不由部推，石麒争之不得。士英冀以定策封侯，中人韩赞周主之。石麒覆疏：“昔世宗欲封杨延和、蒋冕伯爵，并辞不受。今国耻未雪，岂辅臣裂土自荣之时？俊克复神京，成功大定，加恩未晚。”士英气夺。又言：“皇考福王殉难，先帝令勋臣黄门，恭视含殓。今先帝梓宫何所，封树何似？乃遣一健儿应故事，示天下无悲思大行之意，何以鼓厉同仇？”不报。御史黄耳鼎，论石麒杀枢臣，败和议。石麒具陈始末，小人卖国情状始露，而石麒亦告去。自宗周、石麒去，南都竟败。
乙酉四月，大清兵渡淮，黄尊素子宗羲，劝石麒避地四明山。石麒不可，曰：“马阮已坏天下，虽智者难善其后，惟有死此一块土耳。”
会朱大定等谋守嘉兴，议奉石麒为兵主事，未集而败。闰六月二十四日，大清兵围嘉兴，石麒由村舍叩城下，呼曰：“吾大臣，不可野死，请入与城同存亡。”城上人哗曰：“我公来矣！”开门纳之，越宿而陷。石麒朝服缢天宁寺，纳其尸椟中，逾三旬始殓，如生。而是时宗周在越城，饥经七日，曰：“此降城非我死所。”出城外而死。海内高二人之死，能尽其义，为作《降城叹》、《我公来》乐府美之。
石麒清修绝俗，弘长后进，尤急人之难。吴昌时败后籍没，力言当事，止没田产，他为类免。雠昌时者，又欲窜其子弟于许都叛党之内，复理而出之，孝廉祝渊，上书颂宗周，缇骑逮问，石麒嘱金吾无杀义士，渊得生出。生平强记经史，尤熟明
事，章奏精洽，凿然可施行。
石麒年六十八，无子，初以私属尔谷为子，已二十六年，始立柱臣为后。或问：“后与子异乎？”曰：“然！子可私，后不可私。子惟父所爱，即子之；后非荐之祖祢，而享告之，宗族而信，不敢后也。故《诗》曰：‘螟蛉有子，蜾蠃负之。
’是人皆可子之证也。《传》曰：‘鬼不歆非类，神不歆非族。
’是人不可皆后之证也。”其议礼之精如此。唐王赠少傅文渊阁大学士，谥忠襄。尔谷官御史，与同郡钱■友善，后并
○熊汝霖
熊汝霖，字雨殷，浙江余姚人，崇祯辛未进士。为户科给事中，直谏有声。贬福建按察司照磨。南渡，起吏科，论厂卫告密之弊，及阮大铖不当用。马士英忌之，归里。汝霖雅受知都御史刘宗周，乙酉，南都溃，潞王监国杭州，大清兵且至，宗周趣守道于颍守绍兴城。而寓书招汝霖余姚，未得相闻。既而杭州降，事益迫。宗周复令诸生张应烨往说颍，使联络汝霖计事，颍疑未决。汝霖报书：“先生诚用霖计，立宗王之才者，藉援未孩，推毂方藩。今闽兵数十艘，见屯蛟川，檄令移泊钱塘东岸，敌必不敢问渡。更溯徽宁辽左兵，捣虚建业，彼必退而内顾，东西同胆，恢复可图。”宗周趣之曰：“门下有意，高皇一线，请急入郡。”
六月十九日，通判张忄素赉版诸生耆老，奉牛酒渡江，输降。大清招抚使至，汝霖谋为邑人所觉，避之山中。
闰六月八日戊子，宗周不食卒。其明日，孙嘉绩起兵余姚。
又一日，郑遵谦起兵郡中，斩忄素及摄会稽令彭万里。汝霖募
兵宁波，来会嘉绩，合军，军西陵。
初，宗周临终，谓门人曰：“我缓死，以雨殷诸君不忘明室故，今已矣。”弥留，犹取几上砚书一“鲁