匪偷渡勾结。左宗棠、徐宗干务当督饬将弁兵勇迅将漳、龙等处踞逆迅速扫荡，俾免日久蔓延。台湾善后事宜，并着督率曾元福、丁曰健次第筹办；务令事事悉合机宜，以期一劳永逸。将此由五百里谕知左宗棠、徐宗干，并传谕曾元福、丁曰健知之』。
——见同治朝「东华续录」卷四十二（同治四十二）。
二月己丑（二十三日），以王德榜为福建按察使（记名按察使）。
乙未（二十九日），谕议政王军机大臣等：『丁曰健奏「官军剿灭全股踞逆，并搜捕余匪、妥办善后」一折，前据曾元福奏「巨逆洪欉轰毙、全台肃清」，当经谕令曾元福、丁曰健督兵搜捕余匪，务绝根株。见在洪璠又被■〈衤蒦〉获，匪党洪戆古等均就歼戮，是台湾地方业已安定；着曾元福、丁曰健将善后一切事宜妥为筹办，并将逃散零匪悉数搜捕，以期除恶务尽，永奠民生。漳州贼氛虽挫，尚未就歼，深恐偷渡来台，勾结为患；着曾元福、丁曰健懔遵前旨，实力巡查，妥筹防范，毋稍疏虞。左宗棠、徐宗干务当督饬将弁乘屡胜之威，迅速攻复漳郡，剿灭匪众，俾免日久蔓延。将此由五百里谕知左宗棠、徐宗干，并传谕曾元福、丁曰健知之』。
——以上见同治朝「东华续录」卷四十三（同治四十三）。
夏四月乙亥（十一日），谕：『传谕署福建台湾镇总兵官曾元福、台湾道丁曰健：丁曰健奏「督军搜拏巨匪并查办善后、妥筹防海」及「擒获嘉义逆首等正法」各折片，台湾彰化内山匪党，前经丁曰健督军剿办，将洪欉等股踞逆悉数歼除，台湾一律安定；见复严督各军分路搜剿，将著名股首庄明得、廖阿螺及洪欉之胞兄洪狗等擒获，其潜匿平林山顶之悍贼洪花亦经官军用枪刺毙，其妻李氏身受铳伤，均枭取首级示众；复将草田庄等贼巢攻破，获匪多名并擒获罗务等匪党，均先后讯明正法；嘉义匪首严办亦经曾元福派队歼毙，获党多名：剿办尚属认真。着曾元福、丁曰健查明所获要犯洪狗、洪花等是否的系正身？不得稍涉含混，致令漏网潜逃，复生他变。其在逃之要犯陈■〈口纳〉及零散余匪，并着督饬地方文武员弁、团勇分路搜拏，以期净绝根株，永弭后患。一切善后事宜，着一并妥为筹办。据丁曰健奏称「贼党四处逃匿，未便屯兵糜饷」；自应量为裁撤。即着斟酌情形，随时遣撤；仍酌留兵勇，将潜匿之匪实力搜捕，以期净尽。漳州贼匪未平，深恐勾结渡台为入海之计；着曾元福、丁曰建仍遵前旨于港口要隘妥筹防范，毋令阑入台地。所有斩获嘉义股首严办等出力人员，着曾元福等查明保奏，毋许冒滥』。
以福建台湾全境肃境，赏道员丁曰健布政使衔、总兵曾元福提督衔。
——以上见同治朝「东华续录」卷四十五（同治四十五）。
五月壬子（十八日），追予福建台湾阵亡游击叶得茂世职、建祠。
——见同治朝「东华续录」卷四十六（同治四十六）。
秋七月甲申（二十二日），左宗棠等奏：『遵查台湾逆匪陈哑狗，实由总兵曾元福生■〈衤蒦〉正法；前署提督林文察时相距较远，遽以传闻入告，以致奏报歧异』。报闻。
以王德榜为福建布政使、邓廷枬为福建按察使（由兴泉永道迁）。
——以上见同治朝「东华续录」卷四十九（同治四十九）。
九月庚午（初八日），修福建台湾战船。
——见同治朝「东华续录」卷五十一（同治五十一）。
同治五年
同治五年丙寅（一八六六）秋八月癸卯（十七日），杨岳斌以病免，调左宗棠为陕甘总督。以吴棠为闽浙总督；未到任前，以福州将军英桂兼署。
——见同治朝「东华续录」卷五十八（同治五十八）。
九月丁巳朔，予福建殉难道员孔昭慈建祠。
癸亥（初七日），王得榜乞假养亲，以邓廷枬为福建布政使、康国器为福建按察使（由延建邵道迁）。
癸未（二十七日），谕军机大臣等：『左宗棠奏「筹议变通闽、浙兵制」一折，闽省绿营兵制额冗饷薄，素不训练，临事不能收一战之功，并不能为一日之守；据左宗棠所陈积弊情形，实属洞中窾要。该督见拟将无用之兵汰除四成，即以裁兵之饷加给存营之兵，并营抽练；所筹甚为切当。着即照所议办理，并着饬水陆各营认真训练，务当切实讲求，不可有名无实。左宗棠启程在即，所有未尽事宜，并着英桂、吴棠、徐宗干悉心筹划，俾臻妥善，总期兵归实用、饷不虚糜，毋蹈仍前积习。浙省兵丁议复当制，止须少募新兵，精练汰存旧兵；即着左宗棠、英桂、吴棠与马新贻、黄少春将一切事宜妥为筹议，责成杨昌浚专主其事，实力办理。水师船炮，尤宜讲求坚利；闽省购造粤东拖罾船只，亦当力求坚固，不可以敝窳充数。左宗棠前奏闽省设厂制造轮船，尤为水师要务；即着吴棠接办，不可日久废弛。将此由五百里各谕令知之』。
冬十月丙申（十一日