兹据福康安等查奏：「从前办理杨光勋一案时，署彰化令刘亨基以杨光勋业被拏获，希图即邀议叙；又以逃逸匪犯系诸罗之人，心存推诿，不复严行查缉，致逸犯等逃至大里杙藏匿。而柴大纪、永福会审此案，率据属员详报完结，并不从严究办，亦未将刘亨基等参办。及李永祺赴台湾审办时，仅提出余犯覆审一过，亦止就案完案，未经严切根究。其将「天地会」名目改为「添弟会」一节，询之永福，虽据称「原案文禀俱系「添弟」字样，并非擅改」；但以监司大员办理要案，颟顸完结。又，柴大纪贪纵营私，永福近在同城、又有奏事之责，并不参奏，亦未据实揭报该省督、抚。该道于堵御贼匪固为出力，但核其贻误地方之罪，究属功不掩过；请将永福革职，送交刑都治罪。臬司李永祺于覆审时不即严切根究，殊属徇纵；请一并革职，留于台湾效力赎罪。该抚徐嗣曾平时漫无觉察，并请交部严加议处」等语。此案地方官贻误酿变各缘由，已据福康安等查审明确。除柴大纪业经革职交福康安审明定拟治罪，刘亨基、唐镒、董启珽、俞峻各员俱被贼戕害，先据李侍尧查明在任声名分别办理外，永福着革职，拏交刑部治罪；该员如有子嗣，亦着解交刑部一并治罪。李永祺着革职，留于台湾交与该抚徐嗣曾委令办理城工报销等事，效力赎罪。徐嗣曾系该省巡抚，咎实难辞；并着交部严加议处。所有福建按察使员缺，着伊辙布补授；台湾道员缺，着王右弼补授』。
丙辰（二十四日），谕军机大臣等：『福康安审办柴大纪贪纵营私各款，许久尚未据将全案定拟具奏；必系为台湾原额兵数短少一款，非彻底详查，难以得其实在，是以未能实时定案。即如从前凤山、嘉义等处溃散败逃兵丁固有临阵死事者，而其间或本系空名，或为贼人冲失惧罪潜逃、甚至去而从贼者，均难保其必无。今大功虽已告成，正当切实详查，不可颟顸了事。福康安在彼务悉心访察，将此项兵丁下落根究明确；虽未能一一得其实数，而大段不至溷淆。或竟系柴大纪虚额冒饷，其罪更不可恕！必使水落石出，方足以励戎行而成信谳。又，贼目林泮等口供内，有「官兵从前查拏会匪时，将伊等房屋烧毁，因而纠约林爽文戕官谋逆」之语。官兵查拏匪犯，自当堂堂正正；果有拒捕伤差等事，不妨督率官兵严密查拏，即有杀伤亦无不可。若如台湾员弁查拏会匪时，动辄烧人房屋，是官兵已行同盗窃；不但有乖体制，转令贼匪似得借口。着福康安严切晓谕该处文武官弁，俾晓然知官兵自有纪律，深以前事为戒，方为妥善。至福康安前奏：「令义民等尽将兵器缴销，改铸农器；嗣后不得私造私藏」。如此不动声色，自遏乱萌，深合机宜。但恐福康安内渡之后，该处地方官日久废弛，又蹈从前因循积习；并着福康安严谕地方文武遵照妥办，并令此后往台湾巡查之大臣一年申奏一次，实力奉行，久而弗懈』。
辛酉（二十九日），军机大臣等议奏：『革职总督富勒浑、雅德，于已革总兵柴大纪骫法营私、已故知府孙景燧侵贪酿变毫无见闻，且于地方立会、盗劫重案不能及早查拏，致酿巨案；均应拟绞，监候秋后处决』。从之。
五月癸亥（初二日），福康安等奏：『台湾改建城垣，用砖既难拉运，用石尤易矬蛰；请筑土城，高一丈八尺为率。除南、北、东三面照依旧基外，惟西面一带濒海，应收进一百五十余丈；共添建城楼八座、西门券台一座、卡房十六座、兵房八座。至凤山县城，偪近龟山之麓，地势低洼；请移于十五里埤头街地方，仍用莿竹围插。其旧城基址与彰化县西八卦山，均应添设石卡一座，驻兵防守』。得旨：『诸凡皆妥；知道了』。
癸酉（十二日），谕军机大臣等：『前因台湾戍守兵丁向内地各营分拨前往，远涉海洋、纷纷更调，且义民出力者甚多；是以谕令福康安等于办理善后时察看情形，或酌留一半即在台湾募补以归简便：原系朕廑念海疆、思虑所及即行随时指示、并非谓必当如此办理。今据福康安等体察舆情，若先尽义民挑补，既恐未谙军纪、不能得力，又恐招募漳、泉之人太多；请于内地征兵内详加挑选，照依戍兵额缺令其顶补，自属实在情形。原不妨据实奏明，无庸拘泥前旨办理。其熟番既可招募，并请将集集埔等处空余田地拨给番民自行耕种，仿照屯田之例将壮健熟番挑作屯丁、设立屯弁管束之处，自应如此办理。至台湾无籍游民不安本分，武断一方，名为「罗汉脚」；此等恶习最为可恶，与四川■〈口固〉噜匪犯无异。见经大加惩创之后，不可不实力查拏，随时严办；务使奸徒敛迹，尽绝根株，不复有此项名目方为妥善。此事福康安起程后，交李侍尧等严饬该处镇、道及地方文武官弁认真查察，随犯严惩，以期海疆永靖；毋得日久玩生，致干咎戾』。
癸未（二十二日），谕：『常青于柴大纪贪黩不法一案徇隐不奏，曾降旨将伊革职，交福康安审讯。经福康安奏明审讯录供，令伊来京交部治罪，固属咎由自取；但念常青由将军简用总督，在任未久即值台湾逆匪滋事，非富勒浑、雅德历任年久、因循贻误、讳饰袒庇者可比。其到台湾后，于柴大纪种种劣迹固易访查，但彼时正值办理