此接奉谕旨不肯出城一节，自系因郝壮猷前在凤山弃城逃回，即于军营正法，柴大纪心怀畏惧、恐罹重辟，是以不敢轻离该处。设非朕严申军纪，于凤山失事时即将郝壮猷按律办理，则柴大纪深染绿营习气、怯懦畏葸，未必不为郝壮猷之续。今既查明种种劣迹，自应彻底严办。昨已明降谕旨，将伊革职拏问，交福康安严行定拟具奏矣。朕于臣下功罪，惟视其人之自取，一秉大公至正；而于用兵之际，有功即赏、有罪即罚，尤务严明，从不丝毫假借。至办理军务，宵旰焦劳。从前平定准部、回部、大小金川，无不炳烛几先，豫操成算。此次林爽文等纠众滋事，虽系么■〈麻上骨下〉草窃，亦并不心存忽视，一本敬天凝命之念，孜孜勿懈；是以仰邀昊眷，克期奏绩，逆首生擒。即如恒瑞妄请添兵数万一折，设不断以干纲，如宋、明庸主遇事辄令廷臣聚议，众论纷纷迄无定见，征调纷烦缓不济急，宁不如金世宗所云「南朝集议既成，北兵已可渡河」之语；其何以握胜算而奏鸿捷耶！着将前后办理缘由，通谕中外知之』。
庚申（二十七日），福康安等奏：『进剿南路贼匪，自南潭、大穆降、水底寮等处节次射死贼目陈建平、曾大达及不知姓名骑马贼目十余人，生擒蓝九荣等十九人均已正法。随探知庄大田等俱在柴城欲往蚊率社，经番众抵御退回。臣等于本月初五日由风港进兵，直抵琅■〈穴上弘下〉。因恐攻扑过急，贼目或致自戕，匪伙乘间逃逸；当派穆克登阿等及山猪毛等处义民分拨六队自山梁挨次排下，直抵海岸。乌什哈达所带水师兵丁，适值风顺，连樯齐至，四面合围。自辰至午，杀贼二千余名，将庄大田及有名头目庄大韭、许光来等四十余名全数擒获，并■〈扌叜〉获庄大田之母庄黄氏一口；见在派员解京审办，仍令官兵等分投搜查遗孽』。谕：『贼目庄大田等于逆首林爽文就擒之后，尚敢窜匿山林，抵死抗拒；经官兵四路攻围，势穷力蹙，或竟情急自戕及投海毙命，但属事之所有。今乃负嵎死守，被官兵、义民层层围逼，将贼目庄大田及有名头目悉数擒获，此皆由上天眷佑、将士用命，而福康安等调度有方、布置周密，是以南北两路贼首、贼目悉就俘擒，台湾全郡平定，实堪嘉奖！特亲解本日手带汉玉搬指一个、小荷包一个赐福康安，又亲佩小荷包一个赐海兰察，以示优眷。福康安、海兰察、鄂辉，俱着交部从优议叙。所有许世亨、梁朝桂、穆克登阿、袁国璜及在事出力大小将弁等，着福康安查明咨部，从优议叙。其随征兵丁，并着福康安查明，一并分别奖赏。至此次剿捕逆匪，该处义民等随同官兵打仗出力；见在擒获贼目庄大田，义民首等带领各庄民人分队堵截，尤属可嘉！此内义民首曾中立前因屡次奋勇，已赏给同知职衔；今又招集生番、听候调遣，着福康安即将曾中立酌量补以实缺。其余义民刘绳祖、郑天球、张元勤、蓝应举等，并着福康安查明如何加恩，或补以实缺、或加赏职衔之处？分别具奏，以示奖励。至前在下埤头一带剿贼之义民首郑其仁，遇贼阵亡；郑其仁前已赏给守备职衔，着交部加一等照都司职衔议恤。该义民家属，并着福康安从优赏给养赡』。又谕：『鄂辉、普尔普此次均属奋勉，着加恩赏戴双眼花翎』。
辛酉（二十八日），谕：『柴大纪在任两年之内，已婪索金银五、六万之多；且因台湾逆匪滋事，豫行寄信家中，属伊子先行防备。见据琅玕在其屋后地平之下，起出金锭、银两。可见柴大纪居心狡诈，任意贪黩，若非私令兵丁渡回内地贸易牟利并勒索所属、剥削兵民，焉能拥有厚赀；是柴大纪骫法营私、贪婪激变种种款迹，已确凿可据。柴大纪业经革职拏问，应俟解到后交部照律定拟，明正其罪。向来朕办理庶务，一秉大公至正；赏功罚罪尤务严明，从无成见。如柴大纪在嘉义县时被围紧急，国谕令不妨保护义民，全师而出。柴大纪覆奏：不忍将数万生灵委之贼手，仍督率兵民忍饥固守。朕以其甚有良心，览奏为之堕泪；是以即封伯爵，赏给银两。而其种种贪劣捏饰之处，彼时尚未有人摘发；所谓「君子可欺以其方」者，此也。迨柴大纪在任各劣迹节次败露，前经福康安奏其为人狡诈不可信；福康安方抵该处，自未知其实在劣款，必因人言藉藉，故为此奏。后因德成复命，朕询出前情；节统谕饬查询，始据李侍尧遵旨逐款查明、陆续参奏，因即降旨将柴大纪革职拏问。可见朕于臣下功罪，惟视其人之自取；有功即赏、有过即罚，从不稍存适莫之见：此天下后世所可共喻者。是以得邀上天眷佑，五十三年以来屡集大勋、开疆拓土，未必不由此敬天勤民之念有以启之也』。
三月癸亥朔，谕军机大臣等：『柴大纪前在嘉义县防守、未经带兵出城一节，经福康安等查明：「防守嘉义县俱系义民之力，其未经出城亦系义民不肯将伊放出，伊亦畏贼不肯带兵出城；柴大纪前次所奏，全不足信」。是柴大纪恇怯无用、又复狡展欺饰，并守城亦无寸功足录矣。且此案逆匪滋事，由伊酿成激变；是其罪较之黄仕简、任承恩之仅止因循贻误者为尤重。着福康安将此一节向柴大纪严加审讯，即行定拟，迅速据实具奏』。
丙寅（初四日），谕：『台湾孤悬海外