赋匪经官兵屡次歼戮，穷蹙奔逃。若由海道窜逸，官兵乘船追捕，转不免稍需时日。如果逃入内山，该处俱系生番居住，若番众等畏其逼处，竟将贼首擒献，固属甚善；即或容其潜匿、不肯献出，亦可乘官兵全胜之势，直入内山分兵搜捕，即将助逆生番一并剿戮，亦非难事。福康安等务须迅速搜捕，将贼首设法生擒，勿令久匿稽诛为要。又据奏恒瑞带兵援应、中观途望各情节，以恒瑞过于持重致涉迟延，总由不谙机宜，办理不能得手；所论甚公。至蔡攀龙前此应援入城，虽未能带兵出城剿杀贼目；但伊屡次与贼打仗奋勇出力，业已加恩擢用提督，其过尚可宽免。至所遗失兵丁，是否实系阵亡抑系逃散从贼之处？必当严切查究。若随征兵丁不顾主将、临阵逃散，此而不加以惩创，将来何以用兵！此内从贼之兵，其罪更甚于从贼之民。福康安于查办事，尤当严加区别，从重办理，不可稍存姑息之见』。又谕：『据福康安奏称：「查明柴大纪、蔡攀龙各情节，请将普吉保调任台湾镇总兵」等语；所奏固是。但柴大纪究能保守嘉义，数月间屡经剿杀贼匪，曾经加恩封为伯爵、赏戴双眼花翎；即蔡攀龙亦因从前李侍尧称其领兵攻解嘉义县之围，曾经授为提督、赏给巴图鲁名号。今当进兵之际，遽将伊二人更调，殊觉不便！着暂留令其驻守，弹压官兵；并传谕李侍尧俟擒渠魁后，伊等任内果有卑陋情弊，再行查明补参治罪。至从前降旨：大功告竣，留蔡攀龙帮同常青办理善后事宜；今阅福康安所奏，蔡攀龙既属无能，彼时着即遣回。普吉保尚属干练，即着留彼处随同常青办理善后事宜』。
己酉（十六日），谕：『台湾贼匪滋扰嘉义县城时，普吉保、恒瑞先后带兵前往援应，俱未能奋勇杀散贼匪、直抵县城，均难辞咎。但普吉保由仔鹿港进兵，收复笨港、移驻元长庄，并经屡次打仗杀贼，尚能自知奋勉。所有台湾镇总兵员缺，即着普吉保调补，以观后效；其所遗汀州镇总兵员缺，着福康安于军营出力副将各员内拣选一员奏明，候朕简放。至恒瑞在盐水港一味株守，毫无寸进，实属无能，难胜将军之任；着即来京候旨。至福州将军员缺，前曾有旨欲将鄂辉调补；因见在保宁已补授伊犁将军、李世杰仍调补四川总督，该省地方紧要，且毗连西藏，统辖番夷，俱有应办事件，李世杰系属汉人，且年已老，恐办理公务精神不能周到，鄂辉在川有年，于该处事宜较为熟谙，将来台湾竣事后，应令仍回成都将军原任，以资驾轻就熟。至常青剿捕台湾逆匪，虽未能督率将弁克期奏绩；但自驻守郡城以来，贼匪屡经攻扰，伊已年老，尚能临阵杀贼，将郡城保护无虞，并节次派拨弁兵援应嘉义，调度尚属有方。虽不宜复任总督，但伊从前曾任福州将军，熟悉该处情形，且以闽浙总督调补该处将军，〔呼应较灵，于办理一切善后事宜更为得力；所有福州将军〕员缺，即着常青补授。将来大功告成后，即留于台湾带同普吉保办理善后事宜。其湖广总督员缺，即着舒常补授；所有工部尚书员缺，着福长安补授』。
谕军机大臣等：『孙士毅自办理调兵运饷诸务以来，俱能不分畛域，实心办理，甚属可嘉；俟大功告竣后，赏给世职，着先赏戴双眼花翎以示优眷。至昨据福康安奏柴大纪、蔡攀龙守城打仗情形多不确实一节，朕因此事反复思之，竟至彻夜不能成寐。向来绿营将弁冒功谎报，积习原所不免；但以天下之大，地方事务在在需人任使，遇有军务，势不能止仗满洲官兵，竟置绿营于不用。此次台湾逆匪滋事以来，该处领兵将弁虽未能俱振作有为；然就见在将领而论，柴大纪、蔡攀龙二人尚能奋勇出力。柴大纪驻守县城已经半载，经贼百计攻围、时时窥伺，柴大纪督率兵民力为捍卫，卒能保护无虞。虽伊节次奏报斩获首级、夺取器械等事或间有虚词谎报；此亦绿营积习，情事所有。但伊困守围城，不辞劳瘁，亦当略其短而取共长。柴大纪设果如福康安所云诡谲取巧，则当县城被围紧急之时，朕曾降旨谕令柴大纪「如力不能支，不妨带兵出城，另图进取」，柴大纪何难委城而出，以为脱身之计；即县城为贼所据、百姓为贼所得，亦得借口遵旨而行，朕亦难治以「弃城不守」之罪。乃柴大纪于奉到前旨后，坚持定见、竭力固守，不忍将城内数万生灵委之于贼；是柴大纪尚知以国事为重。朕阅其奏折，为之堕泪；岂福康安目击情形，尚不心存悯恻，转事苛求，不能以朕之心为心乎！即如柴大纪前奏「贼匪攻城时，用大板木车中藏枪炮，分路攻犯，被官兵用炮击碎枋车」一节，若果是虚词，见在福康安奏到「进抵县城，追杀贼匪，夺获攻城大车二辆，又于兴化店地方，贼匪经官兵追赶，大炮、鸟枪遍地遗弃，俱为我兵所得」等语；可见柴大纪前奏贼匪大车架炮攻城之处，实有其事，并非虚词之一证。又，柴大纪所奏「县城粮食匮乏，地瓜、花生俱尽，以油■〈米凡〉充食」之语，虽县城被围时义民等尚有捐助粮米零星接济，兵民未必遽至尽食油■〈米凡〉；但当情形紧急之时各路援兵并未实时前进，柴大纪目睹县城粮食将尽，至以日食油■〈米凡〉为词希冀援兵速到而普吉保、恒瑞两路尚复观望不进，若再实有粮米则两路之救援更缓，此时县城之存亡尚未可知