坐失时机。再，用兵之道全在先声夺人，见在添调兵丁不为不多，即日陆续前抵台湾；常青等不妨再行晓谕军民，以此次添调官兵之外，见又有旨于广东及福建本省添调兵数万接续前进，俾军民等心胆益壮、兵气益为振作，且使贼人闻之亦不敢肆意鸱张，此亦先声后实之一法。仍着李侍尧、孙士毅广为召募数万，多多益善，以备调遣。再，台湾府城官兵粮饷、火药等项存贮甚多，常青于带兵前往盐水港等处进剿时，除将战守官兵应用粮饷、火药随身携带外，所余粮饷、火药若仍贮积府城，该处系编竹为城，恐易生贼人窥伺之心，不可不虑。莫若悉行携带随行，即使府城万一稍有不虞，亦止系空城，贼人一无所获，亦不能久占；并着该将军酌筹妥办。但此时该将军等须密之又密，止可暗为派拨，不得稍露风声，使军民闻之心中摇动，转多未便。至凤山之东港为贼占踞，于鹿耳门甚有关系，见已据常青派拨官兵前往防御；但恐该处官兵未能分身，尚不能歼除净尽。着李侍尧于内地总兵、副将内奋勇者拣派一员，带兵一、二千前往剿除占踞东港贼匪，打通粮路，更可得力』。
谕：『据常青等奏称：「此次征剿台湾逆匪，柴大纪、蔡攀龙临阵打仗，实属奋勉超众」等语。柴大纪、蔡攀龙在阵打仗如此超众向前，奋勉实属可嘉；着加恩赏给柴大纪「壮健」巴图鲁名号、蔡攀龙「强胜」巴图鲁名号，仍照巴图鲁例，由彼处各赏银一百两以示奖励』。
戊寅（十三日），谕：『福建陆路提督署台湾镇总兵柴大纪，自剿破逆匪以来，督率官兵义民奋勇杀贼，一切调度深合机宜；着授为参赞，协同将军常青等悉心筹办，以期迅奏肤功』。
乙酉（二十日），谕军机大臣等：『据常青、恒瑞奏「加派官兵应援诸罗」一折，所办着着皆错。瑚图里等前因凤山失事，被贼拦截，在山猪毛驻守数月；该将军等因中间道路阻隔，无从知彼处信息，以致日久并未遣兵救援。今瑚图里既从山猪毛小路翻山进攻南潭，声势可得联络；该将军等一得禀报，即应亲统大兵直往南潭一带合力夹攻，贼目庄大田可期就获，南路即可乘势肃清。乃常青等计不出此，仅派那穆素里、乌什哈达等带兵五百名接应，于事何益！且官兵前在山猪毛被困数月既全藉广东庄义民助粮接应，此次瑚图里回至大营，其广东义民自应令其留守本庄，自为捍卫；乃竟带同来至大营，令其随营征剿。该义民等既系恋室家，心悬两地，不能得力；且使贼匪闻知该义民等随营助剿，必心怀忿恨，将其村庄焚毁、家属杀戮，义民转致受累灰心。且常青等统兵往北路进剿，到处俱有义民协助；若见广东庄义民投营出力，转致家属房屋被贼摧残，不但不能招徕鼓舞，转使义民等望而生畏，岂非驱之从贼！所关匪细。观之，实生愤懑。着常青等即传旨将见在山猪毛义民俱令速回本庄，自行守护家属、田产；或仍令瑚图里亲自带领义民等回至山猪毛，酌量添兵护送，以安其心而资守御。至柴大纪见在诸罗被贼匪纠合伙党攻踞盐水港，四处断绝粮道，又请添兵救援；常青等即应领将备亲身速统大兵前往接应，乃仅派魏大斌等带兵一千五百名已不足以资剿杀，而魏大斌又不晓事，复留兵五百名防守盐水港、止带兵千名前往诸罗，以致兵力益单，遇贼拥至，不能抵敌剿杀，收回鹿仔草营盘仍不能前抵诸罗，且官兵、义民多有受伤阵亡者。及魏大斌请援，常青等又止派游击田蓝玉带兵一千名赴鹿仔草应援。似此零星派拨，何济于事；而伊等在府城又何曾杀戮多贼，能进尺寸之地哉！且常青等见魏大斌请援，即拨兵一千前往接应；若他处复有求救者，又拨兵援应。似比各处派拨分投堵御，则大营即有多兵，亦必所存无几；岂又屡请添兵而不已耶！常青、恒瑞何漫无布置，办理错谬若此！俱着严行申饬。看来该将军等此时竟茫无主见，一错百错，于剿捕机宜竟不能得有把握，增朕南顾之忧。为今之计，该将军等惟有遵照节次所降谕旨，直赴诸罗；蓝元枚亦应自北而南，与常青、柴大纪会合一处，全力搜捕。该将军等勿再株守坐待，以致老师糜饷，坐失事机，自取重戾』。
壬辰（二十七日），以海兰察为参赞大臣，舒亮、普尔普为领队大臣，率侍卫章京等赴台湾剿贼。
八月丁酉（初二日），谕：『台湾逆匪林爽文等于光天化日之下胆敢纠众不法、劫县戕官，前特派总督常青前往台湾、授为将军，督办剿捕事宜。数月以来，该将军督率调度，尚无过失。但统领多兵驻守府城营盘，虽屡有斩获，并未能痛加歼戮，挪移尺寸之地相机进剿；是常青虽属无故，亦不得为有功。且该将军年逾七旬，究恐精神不能周到。兹特命福康安前来行在，面授机宜，令其携带「钦差关防」，驰赴台湾更换常青督办军务。即授福安康为将军，并授海兰察为参赞大臣，普尔普、舒亮为领队大臣，其恒瑞、蓝元枚、柴大纪仍着照前参赞军务，并拣派曾经战阵之巴图鲁侍卫章京一百余人，分起前往领兵征剿。至台湾初次调拨及续调官兵已有数万，嗣又于广东、浙江添调绿营及驻防兵万余名并于福建本省派拨兵六千，见又添派四川屯练降番并于湖北、湖南等省挑备兵数万陆续遄程前往