迟至此时始派常青前往，该处无人统率而黄仕简又以病躯懦怯，诸事瞀乱，或竟至堕贼术中为其所掳，更属损失威重，尚复成何事体！见据常青将该提、镇等罪状查明参奏，并自请议处；除郝壮猷应行正法及黄仕简、任承恩拏问之处另经降旨外，柴大纪、普吉保姑念其从前奋勇，见令带罪自赎，暂着从宽交部议处，以观后效。常青从前率据黄仕简等咨报，冒昧入告，咎亦难辞。但念其远隔重洋，未能得知确信？且该督见在台湾督办，本日奏到各折，悉合机宜。常青着加恩免其议处；该督自当益加感激思奋，妥速筹办。昨据李侍尧奏，所调粤省兵丁四千名抵闽时即陆续配渡。见有添派闽省驻防及内地官兵共三千余名，交恒瑞、蓝元枚分带前往。各兵未到以前，与其闲住待兵，不若常青就台湾见有官兵选派精壮者先令前赴郡城附近处所或南路凤山一带，将窜聚贼匪扫除净尽，廓清后路；指日官兵云集，会合剿捕、直捣贼巢，更无返顾之忧。料此么■〈麻上骨下〉草窃，无难一鼓歼擒。此事见交常青督办，常青即着授为将军，恒瑞、蓝元枚着授为参赞，俾事权归一，军威益振；以期迅奏荡平，绥靖海疆。将此通谕中外知之』。又谕：『前因李侍尧奏：「南、北两路提督各有牵掣，不免坐费时日」等语；已降旨将任承恩革职、拏交刑部治罪，黄仕简撤回厦门候旨矣。此次台湾逆匪林爽文等纠众滋事，任承恩亦奏请前往；朕意即以任承恩不应同赴台湾，亦恐水师非其所辖，呼应不灵，未免掣肘，转于剿捕无益。但因任承恩业巳登舟配渡，多一人或可得一人之益，是以未令转回。讵伊二人抵台湾后，并不亲临行阵，定期会攻；一南一北，互相观望。果不出朕所料，以致贼匪月久蔓延，迄今未能扑灭；其玩延贻误，厥罪维均。即或黄仕简因年老患病，不能亲身带兵，即任承恩到彼后不能不零星堵御；抑或贼匪众多，兵力实不敷剿捕之处。伊二人早应随时据实直陈，候朕指示筹办。乃伊等并无一字奏及，是其种种贻误，实无可置喙。而黄仕简系水师提督，台湾乃其专辖，见在剿捕事宜又经朕特交督办；乃安坐郡城，漫无筹划！伊尚如此畏葸因循，更无怪任承恩之意存推诿；其罪视任承恩为尤重。任承恩既经革职拏问，黄仕简亦难宽宥；昨已降旨将黄仕简撤回内地，俟伊到厦门时，着李侍尧即传旨将伊一并革职。若论黄仕简、任承恩贻误紧要军务之罪，均应按律即行正法。朕办理军务信赏必罚，而于畏葸退缩者尤必重加惩治；故能纪律严明，将士用命，所向克捷，底绩成功。今黄仕简、任承恩恇怯贻误，若在他人，必当正法。但念黄仕简年老，又系病后，且伊从前办事尚属黾勉，受恩最久；所有公爵系伊祖所立功绩，自应承袭，即照黄仕简从前原奏，令伊长孙黄嘉谟承袭。至任承恩系任举之子，任举前在金川出兵时打仗阵亡，其长子又以巡捕营游击因救火得伤身故，亦无子；任承恩见无子嗣，若将任承恩正法，是任举临阵捐躯竟至绝嗣，朕心实有所不忍。黄仕简、任承恩俟到部时，该部自当照例定拟具奏，然均可加恩贷其一死。所有福建水师提督员缺，着蓝元枚调补；其陆路提督员缺，自当于台湾总兵内擢用。柴大纪于林爽文滋事不能豫为防范，到诸罗后又不进剿斗六门贼匪，本不当复邀升擢；但念其防守郡城尚为奋勉出力，功罪自不相掩。所有陆路提督员缺，着加恩令柴大纪暂行署理，以观后效』。
庚戌（十三日），谕军机大臣等：『沿海盗贼，最为商民之害。今闽省蚶江一带劫案甚多，并未将首伙实时拏获；而屿仔尾地方仅距厦门十余里，盗贼竟敢纵横无忌，行劫兵船。可见该省政务废弛已非一日，地方官怠玩讳饰，全不以缉盗安民为事；遇有劫案，仅以寻常械斗将就完结，希图了事。以致酿成巨案。且台湾远隔重洋，最关紧要；道、府、厅、县必须才守兼优之员，方能胜任。朕又闻该省督、抚遇有台湾缺出，不问属员才具是否相宜，多以私人调补。而得缺之员从不以冒险渡海为虑，反视之为利薮；又安望其整顿地方，实心办事！此等劣员若到台湾无所津益，何皆视为美缺；而其津益非取之商民，何从而得！则致民怨滋事，劫县戕官实有由来矣。从前历任督、抚已多身故，难以追究。雅德由该省巡抚擢用总督，在闽最久，非若富勒浑之尚得借口在浙江办理海塘者可此；今贻误地方至于此极，着令其自思罪状，明白回奏。若稍有不实不尽，无难将伊拏问，照黄仕简、任承恩一律治罪，雅德不能似彼二人之尚可宽一线也。至富纲在闽抚任内，虽未及雅德之久，在任亦有二年，而于地方事务、缉盗安民全未整顿，实难辞咎；亦着据实明白回奏』。
甲子（二十七日），谕：『据常青奏报：「台湾南路贼匪侵扰府城，屡经亲率官兵出城迎捕堵杀，将弁用命、义民争先，奋勇协剿；接仗数次，共枪炮打死贼匪二千余人，生擒正法者五十余名，割献首级。夺获器械甚多，并有贼目带领手下二千余人弃械投顺，随同杀贼。见在南路贼匪经此番截杀，势渐消退；一俟添调官兵到日，即统率大兵前往诸罗等处各贼巢合兵会剿，务期生擒首逆，歼尽根株」等语。此次贼匪有侵犯府城之信，常青豫先设法防堵，于桶盘栈等冲要地方派令游击蔡攀龙等