总兵马士英于余杭，右翼梅勒章京和托等败伪总兵方国安于富阳，斩伪副将二员、伪参将五员。及两翼会合回兵，于杭州城三十里外突遇贼兵，复大败之。后马士英、方国安渡钱塘窥杭州，守杭州梅勒章京济席哈同总督张存仁、总兵田雄等击败之，溺江死者无算』。
戊寅（三十日），以陈之龙为右佥都御史，巡抚凤阳（由署三边总督迁）。
十二月乙酉（初七日），招抚江南大学士洪承畴奏：『福建伪阁部黄道周兵寇徽州，提督张天禄统兵进剿，生擒伪总兵伪监纪李筦先、吴志俊等，阵斩贼将程嗣圣等十余人，歼贼甚众』。又报：『故明总兵高进忠率兵三千余人、战舰六十九艘自崇明来归』。下所司议叙。
辛卯（十三日），江宁巡抚土国宝奏：『逆绅吴日生、荆本彻出没太湖倡乱，连■〈舟宗〉剽掠；提督吴胜兆、总兵官杨承祖等分兵追剿，逆首相继败亡』。
癸巳（十五日），江西总兵官金声桓奏：『闽中拥立唐藩，遍加伪职。督臣佟养和发兵三营，合臣马步兵四路进剿。遣副将李士元、王得仁、汤执中等攻南赣，击败伪阁部李永茂、乡绅杨廷麟、刘同升、万元吉、揭重熙及福建之永宁王、罗川王、饶州之伪阁部黄道周、袁州之伪总督何腾蛟等数十万众，擒获伪都督陈祖恩、方重志、余时、张礼、沙孟志、蔡钦、金世任、督兵内监胡应龙』。
漕运总督王文奎奏：『「海寇」马西禄、王文功缚献首贼酆报国、司邦基等并带海船二十五只、兵丁五百余名，诣江宁投诚。又如皋贼首于锡凡、刘一雄等久聚江海，为总兵官孔希贵、苏见乐所擒。如皋一带悉平』。
戊戌（二十日），湖广巡抚何鸣銮奏：『黄冈县巨寇易道三、王光淑拥众猖獗，连络四十八寨；总兵官徐勇领兵两路击之，光淑就擒，道三势迫投顺，降者二千余众，各寨土寇悉平』。
壬寅（二十四日），吏部议覆：『招抚江南大学士洪承畴奏，以江宁、苏、松、常、镇五府隶抚臣土国宝辖；池、太、徽、宁、安庆五府并广德一州隶抚臣刘应宾辖，仍兼管光、固、蕲、广、黄、德、湖口等处；庐、凤、淮、扬四府、滁、和、徐三州隶抚臣赵福星辖。其原颁敕书，俱照各分属地方另行改正』。从之。
丙午（二十八日），招抚江南大学士洪承畴奏：『巨寇荆本彻侵据崇明，总兵官李成栋统师进剿，贼势披靡，崇明底定。伪监军道王臣缙向为荆本彻威胁，今大兵临城，即开城纳款；请开赦过之路，以广皇仁』。得旨：『王臣缙准与赦罪效用。有功人员，所司察明叙恤』。
丁未（二十九日），浙江总督张存仁奏：『叛逆方国安、马士英啸聚江东赭山、杭州朱桥、范村等处，所在肆掠。梅勒章京朱玛喇、总兵官田雄、副将张杰等分兵进剿，方国安水师数万，一鼓尽歼。其余诸逆，被我军擒斩甚众』。下所司察叙。
顺治三年丙戌（一六四六）春正月辛酉（十三日），定西大将军何洛会等奏：『逆寇贺珍、孙守法、胡向化率马步兵七万余犯西安，会固山额真墨尔根侍卫李国翰等兵至，内外夹击，歼灭殆尽，获驼马甚众』。下部察叙。
江西提督总兵官金声桓奏：『副将刘一鹏等围伪永宁王于抚州，红旗王定国先登，官兵继进，逆众溃走南门；我兵四面环截，擒伪永宁王朱慈炎并其子邦真、妃张氏及其伪总兵谢南达等九十余员，斩获无算。余党奔据建昌，我兵追击，复弃城而遁』。下所司察叙。
己巳（二十一日），命肃清王豪格为靖远大将军，同衍禧郡王罗洛宏、贝勒尼堪、贝子屯齐喀、满达海，镇国公喀尔楚浑、岳乐努寨等帅师征四川。
招抚江南大学士洪承畴奏：『故明唐王朱聿钊兵寇徽州，总兵张天禄等率兵堵剿，败之；获其阁郡黄道周等，谕降不从，斩道周于军前。我兵追及逸贼，直入浙江开化县，士民薙发投顺』。下部察叙。
二月辛巳（初四日，驻防江宁侍郎巴山、梅勒章京康喀赖等奏：『正月十二日夜，江宁府城内民与城外贼同谋作乱；事觉，捕斩为首者三十人。至十八日夜，贼首伪潞安王、瑞昌王复率贼兵二万余，三路入犯；俱击败之』。
乙酉（初八日），定西大将军内大臣何洛会等奏：『固山额真墨尔根侍卫李国翰、昂邦章京齐墨克图领兵护送奏疏，遣副将王平率兵百名前行；至渭南县界，遇王姓秀才贼兵千余人，击败之。又遣中军陈德、副将任珍等以兵七百破贼首刘文炳于蒲城县，擒贼将王交、张留，斩刈殆尽，俘获甚多，遂趋同州，败贼首李遥，歼贼二百余名。臣等闻贼渠贺珍由黑水峪口奔武功县，遂统领官兵至濠泗河，大败之；斩获甚众』。
梅勒章京屯泰奏：『伪永胜伯郑彩遣伪总兵刘福、副将林引等领众援江西抚州，副将王得仁等败之，斩贼千五百余级；又败其伪副将赵珩等于高山岭、斩获无算』。
戊子（十一日），谕定远大将军肃清王豪格曰：『据南阳总兵官任得功奏：「河南南阳府逆贼一只虎、郝如海等纠集骑兵七千、