后至军中，述不得已起兵之故。宫中火起。京师哗言帝及皇后马氏崩。棣因遣中使出帝后尸火中。越八日，壬申，葬之。杀皇太子文奎。揭榜殿廷，以兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄及文学博士方孝孺等五十余人为奸臣。是日孝孺被执下狱。衡府纪善周是修留书别友人，具衣冠，为赞击衣带间，入应天府学，自缢於尊经阁。魏冕、邹瑾及给事中龚泰、叶福、秦府长史邹朴、江西副使程本立俱自杀。或云，朴即瑾子也。泰子澄，赴召未至。闻变，泰奔广德州与王叔英图兴复。子澄欲与姚善航海起兵。善谢曰：“公朝臣，当行收兵，善守土，与城存亡身耳。”子澄乃走嘉兴，就前袁州知府杨任谋举事。已而俱被执。棣将篡位，出孝孺于狱，令草登极诏。孝孺斩衰至，悲恸不已。棣降杨劳曰：“先生无自苦，予欲法周公辅成王耳。”孝孺曰：“成王安在？”曰：“彼自焚死。”曰：何不立成王之子？”曰：“国赖长君。”曰：“何不立成王之弟？”棣曰：此予家事耳。顾左右授笔札，曰：“诏天下，非先生不可。”孝孺投笔于地，哭且骂曰：“死即死耳，诏不可草。”强之，乃大书“燕贼篡位"四字。棣大怒，令以刀抉其口，两旁至两耳，复系狱。以草诏属侍读楼琏，承命不敢辞。归语妻子曰：“我固甘死，正恐累汝辈耳。"遂自经死。或曰，草诏者王景；或曰王达也。索国宝不知所在，或言付黄观出收兵矣。命有司追捕，收其妻翁氏并二女，给象奴。翁氏携女及家属十人投淮清桥死。棣既篡立，泰子澄被执至，亲诘问之。投辩不屈，遂与孝孺磔于市。孝孺并慨然就死，作绝命词曰：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉兮庶不我尤。”时年四十六。门人都督廖镛等检遗骸瘗聚宝门外山上。弟孝友同时被戮，亦赋诗一章。妻郑氏、子中宪、中愈先自经死，二女投秦淮河死。宗族亲友及门下士坐死者八百七十三人。镛及弟铭、太常少卿卢原质，及弟原朴、御史郑公智、陕西佥事林嘉猷、刑部侍郎胡子昭、河南参政郑居贞并坐孝孺党诛死。镛、铭，永忠之孙也。大理寺丞杨端、刑部郎中王高坐纵孝孺息树阴，同弃官去，劓鼻死。泰从兄弟敬宗等皆诛死。叔时永、阳彦等谪戍。黄子澄族人无少长皆斩。姻党悉戍边。杨任亦砾死。子礼、益俱斩。亲属戍边。时诸臣以不屈诛及族亲者，御史大夫练子宁、户部侍郎卓敬、主事巨敬、御史高翔、王度，及其子弟者，礼部尚书陈迪及子凤山、丹山等六人，俱磔死。
国子博士黄彦清以在梅殷军中私谥帝，诛死。漳州教授陈思贤、诸生伍性原、陈应宗、林珏、邹君默、曾廷、瑞吕贤以为帝哭临，有司执送京师，皆死。南昌知府叶惠仲以与修《太祖实录》直书靖难事，族诛。辽府左长史程通从王徙荆州以前上封事，多指斥，械至京，死于狱。其友人徽州知府黄希范亦逮至论死。宾州知州蔡运追论奸党死。
初棣发北平，道衍以孝孺为讬，曰：“城下之日，彼必不降，幸勿杀之。杀孝孺，天下读书种子绝矣。”棣颔之。卓敬之下狱也，惜其才，使人讽以管仲、魏徵事。敬泣曰：“先皇帝曾无过举，一旦横行篡夺，恨不即死，见故君地下，乃更欲臣我耶!”及其死也，棣犹叹曰：“国家养士三十年，惟得一卓敬。”然孝孺竞诛及十族；敬诛及三族；其余亲戚连坐被诛及遣戍者，不可胜数。
天启六年，周顺昌好为德。于乡有冤抑及郡中大利害，辄为所司陈说，以故士民德顺昌甚。缇骑至，众咸愤怒，号冤者塞道。比开读，不期而集者数万人，咸执香为周吏部乞命。诸生文震亨、杨廷枢、王节、刘羽翰等前谒巡抚都御史毛一鹭、巡抚御史徐吉，请以民情上闻。旗尉厉声骂曰：“东厂逮人，鼠辈敢尔!”大呼：“囚安在？”手掷琅珰于地，声琅然。众益愤，曰：“始我以为天子命，乃东厂耶!”蠭拥大呼，势如山崩。旗尉东西窜，众纵横殴击，毙一人，余负重伤，踰垣走。一鹭、吉不能语。知府寇慎、吴县知县陈文瑞素得民，曲为解谕，众始散。会旗尉往浙江逮黄尊素，过苏州，横肆甚。城外复群击之。旗尉失驾帖，不敢复往。顺昌、尊素皆自诣吏。高攀龙闻逮者至，晨谒宋儒杨时祠，以文告之。归与二门生、一弟饮后园池上，笑曰：“吾视死如归，今果然矣。”入与夫人语，如平时。出书二纸，告二孙曰：“明日以付官校。”因遣之出，扃户。移时诸子排户入，一灯荧然，已衣冠自沈於池矣。发所封纸，乃遗表也。云：“臣虽削夺，旧为大臣。大臣受辱则辱国，谨北向叩头，从屈平之遗则。”复别门人华允诚书云：“一生学问，至此亦少得力”。时年六十五。远近闻其死，莫不伤之。旗尉乃欲逮攀龙子，叶茂才力救得免。常州知府曾樱乃助缪昌期、李应升资，而经纪攀龙身后事。昌期、应升、尊素、顺昌、及周宗建皆北行，一鹭飞章告变，东厂刺事者言吴人尽反，谋断水道劫漕舟。魏忠贤大惧。已，一鹭言，缚得倡乱者颜佩韦、马杰、沈扬、杨念如、周文元等，乱已定，忠贤乃安。然自是缇骑不出国门矣。昌期等先后下镇抚狱。昌期慷慨对簿，词气不挠。竟坐赃三千，五毒备至。辛丑晦，死于狱。
初，扬州知府刘铎，作诗书僧