自巡幸以来，以省札易敕黄，小
人易为伪造，奸罔(寝)[寖]多，命令不严，于体未便。欲乞非军旅急遽，令不候受告或放辞谢外，其余除授，并候受告入谢，方许莅事。其经由去处，却合申明日限，不使留滞。所有旧来合降敕黄，亦乞措置施行，庶几革去奸冒，亦事之不可已也。」诏令三省、枢密院遵守。
绍兴元年八月十七日，诏：「尚书省依旧制催驱三省房，并复置催驱六曹房，仍令三省催驱房(目)[月]具已未结绝文字闻奏。」
二年九月二日，诏：「修政局日下罢，应今日已前已未行事并不施行，其应干取索公案等并归尚书省。」先是，是年六月设修政局，上谓辅臣(奉)[秦]桧曰：「周宣中兴，内修政事，外攘夷狄。卿设此局，令百官各条具利害，甚善。修车马备器械外，攘夷狄之事卿宜讲求。」于是以户部侍郎兼侍读黄叔敖充修政局参详官。叔敖条具，请置修政局提举官，依讲议司例，欲关会三省、枢密院，及取索行遣，供报贴子，押检阅文字。应事干机速入递文字，并依尚书省递发，及就用本省印。仍乞指名差人吏检阅文字二人、主管文字四人、书写文字四人。其公使钱依昨讲议司下(权)[榷]货务，限以二万贯、每料作二千贯支供。就委参议官一员兼本局参详官，及置检讨官。至是，臣僚上言：「今日忽闻夜有异星引光而长，必妖星(慧)[彗]孛之类，愿陛下修省，庶几转灾为福。今修政局所讲多刻薄之事，内外闻之，人心已失，愿直罢之，使依限结局。」故降诏
罢焉。
三年正月十四日，诏：「无故入三省诸门，许人告捕，每名赏钱三十贯，余依见行条法。」以尚书省言未有告捕给赏条法故也。
四年三月十一日，枢密院言：「宰臣兼知枢密院事，其本院诸房文字依绍兴元年十二月十九日指挥，与知院、签书院事见分轮通治，唯机速房文字系宰臣判笔，未曾分轮。缘三省事务繁多，窃虑文字拥并，致有稽滞。所有机速房文字，欲今后宰臣知枢密院事、签书枢密院事轮日当笔。」从之。
五月十一日，侍御史辛炳言：「乞宣谕大臣，继自今勿废都堂公见之礼，则必无乏材之叹。《传》曰：『上臣事君以人。』况在今日，不可忽也。」诏令三省通知。
七年二月十三日，诏：「今后应诸处举辟官员差遣，并令中书、门下省籍记所辟姓名。如任内犯入己赃徒以上罪，其元辟官取旨行遣。」
三月十日，诏：「军旅方兴，事务日繁，若悉从相臣省决，即于军事相妨。可除中书、门下省依旧外，其尚书省常程事权从参知政事分治。所有合行分治事，(今)[令]张(俊)[浚]条具取旨。」浚乞吏、礼、兵房令
张守分治，户、刑、工房令陈与义分治。如系已得圣旨文字，合出告命敕札，并合关内外官司及繁切批状堂札，臣依旧书押外，余并止参知政事通书。从之。
九年三月二十二日，左谏议大夫曾统言：「朝廷命令必由中书、门下省，后付之尚书省，乃谓之 。命之未下，则有给舍封驳。及其既出，则有台谏论列，其为过举鲜矣。自军兴以来，机务急遽，
始有画黄未下，不待舍人承行，给事书读，即以成事付之尚书省，凡所除授，一切报行。其行在职事官便令日下供职，习以为常，恬不知怪。望特降睿旨，应事干军期、有不可缓者依旧报行，其余除授，须俟拜命，方许视职。所有经由去处，自合申严日限，不得留滞。至若画黄未下， 命未成，即乞检会建炎四年九月指挥施行。」从之。
十一年十二月十五日，诏：「监当资序人勿除郡守，知县资序勿除监司。其已除未到者，令吏部供具姓名罢之。内曾任监察御史以上职事，则不拘。令三省遵守。」以臣僚言：「资格虽曰不拘，盖亦不可尽废。其间除授，至有超越数等者。」故有是诏。
二十五年十二月十一日，诏：「命官犯罪，勘鞠已成，具案奏裁。比年以来，多是大臣便作已奉特旨，一面施行。自今后三省将上取旨。」
仁宗朝诏中书，应台谏言事皆录报枢密院。及大观本院令，台谏臣僚上言，本院取旨审量，凡六条。比年缘宰臣兼领，久废故事，臣僚建言，密院多不与知。乞诏三省遵依旧制。」上曰：「三省事务如议论涉军政及边防，自合关报枢密院。」思退 二十六年十二月四日，宰臣汤思退、陈诚之言：「伏
曰：「祖宗朝有大政事、大典礼，枢密院皆与议。」上曰：「近辅日闻机密，岂容有不知之事 」诚之曰：「只缘宰臣兼领院日，诸房循习日久，有(各)[合]关报事宜，多不录送。」上曰：「今后当遵旧制。」于是降旨行下。
二十七年七月十三日，中书
舍人周麟之言：「国朝稽古建官，分三省以厘天下之务，凡有令命，则中书省取旨，门下省审驳，尚书省颁行，三省相参，而后百度正，纪纲举，所以致其谨具，示不专也。然自累朝以来，号东西二省为维持政本之地，尤重其选。或政令之罢行失当，人才之进退非宜，在中书则舍人得以封缴，〔在〕门下则给事中得以论驳，皆于命令未行之前而弥缝正