州县，剖析开导，说地方官为民父母，当为百姓除害，岂可纵匪殃民，置之不问。以后州县官果能认真缉捕，有犯必获，不独往事不问，并当奖叙劳绩；若仍见匪却步，捏词粉饰，立加参事，决不宽贷。各州县奉谕而退，各回衙门，严限民壮捕快，认真捉拿刀匪，不可轻纵。当时只有渭南县知县余炳焘，素具胆略，自奉林公面谕以后，回到衙门，与各师爷商议一番，决定擒贼擒王，从治本着手，便分派精干快班探明刀匪巢穴，然后不动声色，亲率兵役，在深夜时候，驰赴刀匪巢穴，奋勇搜捕。那些刀匪都从梦中惊醒，不知虚实，都慌乱异常，失却了联络。胆小的吓得手足无措，无力抵抗，被官兵生擒四五十名，一律捆缚；强悍的匪徒，拚命作困兽之斗，被官兵当场格杀的，也不计其数。并在匪巢中搜获火器军械甚伙，直到东方发白，方才完毕，带着刀匪回衙门。炳焘就将获犯亲自解省。上抚榷禀报获犯情形，林公大加奖誉，并替他附片奏明。旋奉朱批，余炳焘剿匪异常出力，逾格擢升知府。就此各州县皆知激励，个个存着升官思想，剿匪异常出力，不到一个月，渭南四属的刀匪，格杀无算，擒获解省的也不少，以外都逃得不知去向。刀匪绝迹，地方就此安靖，这也是林公调度有方；才能收此速效。
道光帝因林公平匪有功，次年即调任云贵总督。原来云南地方，汉、藏杂处，双方都各歧视不能相安，十多年以来，时有冲突发生。前任滇督李星沅，也是知兵大员，屡次派兵剿办，完全治标，专事杀戮，故非但此种风气未能消弭，并且引得藏民仇视汉人较前更甚。所以道光帝特授林公为云贵总督，责成他办理此事。林公奉旨后，赶办移交，就由西安起程，赶赴新任，接印视事。在省文武屑员，都来辕参见。林公向他们询问前督办理藏匪情形，方知汉、藏启衅，始初不过汉民与藏民互相仇视残杀，事件极小。自前任李制军迭次用兵，一味用猛，杀伐太重，连带安分百姓也被官兵杀死无算，于是人人抱怨，仇视愈深，加以游匪从中造谣挑衅，以致此剿彼审，连年兵民相杀不已。林公问明前情，一面出示晓谕，大概说：汉、藏同是朝廷赤子，长官为民父母，应当一体爱护，并无歧视，只分别谁匪谁民，着尔等安分。汉、藏协力同心，帮助官兵，捉拿游匪，以靖地方，倘敢窝藏附和，国法决不宽容。
自经出示后，汉、藏都知新改过，安分营生。只有云州地方，仍有强悍匪徒，纠众劫杀。林公见他们冥不畏法，即飞饬顺宁文武，严拿匪首，从严处办，解散胁从，以安闾阎。顺宁知县杨觐接奉札饬，亲率兵役，及参将刘思礼前往新村访拿著名藏匪黑脸马五等要犯。马匪竟敢纠众持械拒捕，亏得官兵人人奋勇，当场把匪首马五、马满大二犯格杀，割取首级，并生擒匪党郭望年等六名解省，按法律严办。又据姚州、右甸等处文武，拿获董老官、范小黑、张小沅等著名悍匪，解省审实口供，一律枭首示众。就此全省患悉肃清，汉、藏各安生业。林公正在把上文办理情形拜折奏达朝廷，却巧接到军机大臣字寄，内开云南藏民丁灿庭等，来京控告香匪合串谋杀多至一万多人性命，实属骇人听闻。上谕林公平心研鞫，以明真相，并将原呈抄寄。林公奉军机处字寄，马上检查案卷，方知藏民丁灿庭等与汉民互相仇杀，积有七八年，汉、藏两方死伤民命甚伙，案卷重迭如山，一时哪里分得清皂白，只好一面委派干练道员，赴以前汉、藏互相仇杀所在，密访始末情形，一面逐一披阅历来案卷，推阐研究，以期明澈，专待原告藏民丁灿庭由部咨解到省。待等解到以后，林公即提两造人证，会同藩、臬两司，详加研讯了几十次，证以委员的查复，方得明了此案的真相。
原来此案起自二十五年四月，当有藏民在板桥地方演唱杂剧，词句之中，把汉人有心糟蹋。在场汉人，那时聚众把道真寺打毁。早经赔银调处，不料藏民张世贤、丁泳年等心中还不甘服，纠众寻仇，先将汉人张占魁杀毙，焚烧樊家屯、窑门口二寨。官兵去弹压，反被拒捕受创。是年七月，外藏又聚众进攻思母东寨，放火焚烧枯柯街、陶家寨、大田街，杀害汉人高朗，并将都司杨朝勋、守备潘惠扬等掳去，这是此案初起时，藏民逞凶的实在情形。丁灿庭京控禀中，亦曾用汉、藏误罪四字，巧自掩饰。是年藏民又与官兵在小松寨接仗，伤害游击朱日恭，烧毁汉民村庄无算。二十六年春间，藏子黄巴巴聚众数千，抢劫客商银两，并拒敌官兵，千总赵发元、都司缪志林等先后阵亡。连年汉民房屋，因被藏民烧毁三千数百间，云州受害最烈。该地汉人绅耆，皆称连年藏民杀汉民，前后统算，数倍于汉民杀死藏民。丁灿庭为藏民头脑，自知闯出了滔天大祸，竟欲想以一手掩尽天下人耳目，捏词京控，亏得遇着这位林青天，奉旨秉公审理。林公不知花费了多少心思，采探研讯，方得水落石出。但是案情已经闹到这样浩大，若再操之过激，只怕藏民聚众造反，更加弄得不堪设想。便与巡抚、司道再四熟商，只有舍剿言抚，三大宪尽表同情。于是由林公亲自拟稿，把讯明丁灿庭京控一案的曲直，并拟定的善后办法，拜折奏闻。旋接奉朱批，如议办理。当即札饬永昌、顺宁等处的文武官员，出示化导汉、藏，不许互