先生尝言：“格物是诚意的工夫。明善是诚身的功夫。穷理是尽性的功夫。道问学是尊德性的功夫。博文是约礼的功夫。惟精是惟一的功夫。”诸如此类，乍闻之，亦自骇然。其后思之既久，转觉亲切不可移动。十二月升南京太仆寺少卿。驻札滁州，专督马政。便道归省。未几至滁州。门人从者颇众。地僻官间。日与门人游遨琅琊（山在州城）瀼泉（即六一泉）之间。月夕则环龙潭（在龙蟠山）而坐者数百人。歌声振谷。诸生随地请益。先生就眼前点化。各有所得。于是从游益盛。
正德九年四月，升南京鸿胪寺卿。滁阳诸友送至江浦。不忍言别。遂各赁居，候先生渡江。先生以诗促之使归。诗曰：
滁之水入江流，江潮日复来滁州。相思若潮水，来往何时休。空相思亦何益，欲慰相思情，不如崇令德。掘地见泉水，随处无不得。何必驱驰为，千里道远相即。君不见尧羹与舜墙。又不见孔与跖，对面不相识，逆旅主人多殷勤，出门转盻成路人。
五月至南京。徐爱等相从。又有黄宗明，薛侃，陆澄，季本，萧惠，饶文璧，朱虎等二十余人，一同受业。正德十年。先生念祖母岑太夫人年九十有六，思一修觐，乃上疏请告，不允。时汀漳各郡皆有巨寇。兵部尚书王琼特举先生之才，升都察院右佥都御史，巡抚南赣，汀漳等处。先生因得归省岑太夫人及龙山公。
正德十二年正月，赴任南赣。道经吉安府万安县。适遇流贼数百，肆劫商舟。舟人惊惧，欲回舟避之，不敢复进。先生不许。乃集数十舟，联络为阵势。扬旗呜鼓，若将进战者。贼见军门旗号，知是抚院，大惊，皆罗拜于岸上，号呼曰：“某等饥荒流民，求爷赈济活命。”先生命将船从容泊岸，使中军官传令谕之曰：“巡抚老爷知汝等迫于饥寒。一到赣后，即差官抚挿。宜散归候赈。若更聚劫乡村，王法不宥。”贼俱解散。既抵赣。即行牌所属，分别赈济，招抚流民。置二匣于台前，榜曰：
“求通民情，愿闻己过。”
因漳贼詹师富，温火烧等连年寇盗，其势方炽，移文湖广，福建，广东三省，克期进剿。赣民多受贼贿为之耳目。官府举动，贼已先觉。先生访知军门有一老隶奸狡尤甚，忽召入卧室，谓之曰：“有人告尔通贼。罪在必死。若能改过，悉列通贼诸奸民告我，我当赦汝之命。”老隶叩头悉吐其实。备开奸民姓名。先生俱密拿正法。又严行十家牌法。其法十家共一牌，开列各户籍贯姓名年貌行业日轮一家，沿门诘察，遇面生可疑之人，即时报官，如或隐匿，十家连坐。所属地方，一体遵行。又以向来远调狼达上军，动经岁年，糜费钜万，骄横难制，有损无益。乃使各省兵备官，令府州县挑选本地真正骁勇。每县多者十人，少者七八人。大约江西，福建二省，各以五六百名为率，广东，湖广二省，以四五百名为率，其间有魁杰出群通晓韬略者署为将领。所募骁勇，随各兵备官屯劄训练，无事拨守城隘。有事应变出奇。
到任十余日，调度略毕。即议进兵。兵次长富村，遇贼大战。斩获颇多。贼奔至象湖山拒守。我兵追至地名莲花石，与贼对垒。会指挥覃桓率广东兵到，与贼战，小胜遂进前合围。贼见势急，溃围而出。覃桓马蹶，为贼所杀。县丞纪用亦同时被害。诸将气沮，谓：“贼未可平，请调狼兵侯秋再举。”先生阳听其说，进屯汀州府上杭县，宣言大犒三军，暂且退师蓄锐，俟狼兵齐集征进。密遣义官曾崇秀觇贼虚实。回言贼还据象湖只等官军一退，复出劫掠。先生乃责各军以失律之罪，使尽力自效。分兵为二路。俱于二月廿九日晦日，出其不意，衔枚并进，直捣象湖夺其隘口。众贼失险，复据上层。峻壁四面，滚木礧石，以死拒战。先生亲督兵士奋勇攻之。自辰至午，呼声震地。三省奇兵从间道攀崖附木，四面蚁集。贼惊溃奔走。官军乘胜追剿，贼兵大败。先生乃分遣福建佥事胡琏，参政陈策副使唐泽等，率本省兵攻长富村，广东佥事顾应祥，都指挥杨懋等，率本省兵攻水竹大重坑。先生自提江西兵，往来接应。不一月，福建兵攻破长富村巢穴三十余处，广东兵攻破水竹大重坑巢穴十三处。斩首从贼詹师富，温火烧等七千余名，俘获贼属及辎重无算。漳南数十年之寇至是悉平。以二月出师，四月班师。成功未有如此之速者。
先生驻军上杭。久旱不雨。师至之日，一雨三日。百姓歌舞于道。先生因名行台之堂曰时雨堂。取王师若时雨之义也。先生谓，“习战之方，莫要于行伍，治众之法，莫先于分数。”每每调集各兵，二十五人编为一伍，伍有小甲。五十人为一队，队有总甲。二百人为一哨，置哨长一人，协哨一人。四百人为一营，置营官一人，参谋二人。一千二百人为一阵，阵有偏将。二千四百人为一军，军有副将。偏将无定员，临事而设。小甲选于各伍中，总甲又选于小甲中，哨长选于千百户义官中。副将得以罸偏将，偏将得以罸营官。营官得以罸哨长，哨长得以罸总甲，总甲得以罸小甲，小甲得以伍兵，务使上下相维，如身臂使指。自然举动齐一，治众如寡。编选既定。每伍给一牌，备列同伍姓名。谓之伍符。每队各置两牌，编立字号，一付总甲，一藏本院。谓之队符。