官员且暂留，将其官役、地亩、钱粮数目俱明证于册，送京裁夺。南京或仍为京，或改为省，俟大定日再议。一切紧要图籍，俱着收藏毋失。”辛未，命南京乡试于十月举行，从科臣龚鼎孳及学臣高去奢请也。是月，明宗室盛沥，中书舍人卢象观起兵袭江宁，不克。
闰六月辛巳，明江阴典史阎应元等起兵拒守。江宁贡生黄毓祺等起兵行塘。无锡生员顾杲谋起兵不克，死。常州生员张龙文起兵谋复府城，败死。庚寅，明松江在籍前兵部右侍郎沈犹龙、兵科给事中陈子龙等起兵拒守。辛卯，户部议复：山西巡按黄徽允疏言，江南额赋较他省独重，百姓久称苦累，漕、白二粮与岁供绢布其尤甚者也。漕运归官兑，则需索可省；白粮归官解，则民困可苏。应悉如御史言，其库贮绢布现存无多，应解本色一年，嗣后再议。从之。癸巳，命内院大学士洪承畴以原官总督军务，招抚江南各省地方。乙未，明昆山前总兵王佐才、诸生归庄、顾炎武等起兵拒守。城陷，王佐才死之。己亥，明太仓生员王湛起兵谋复州城不克，死之。乙巳，谕南京着改为江南省，设官事宜照各省例行。
七月壬子，改应天府为江宁府，府尹为知府。掌印指挥、管屯指挥暂留，余指挥俱裁。卫所改为州县。洪武陵设守陵太监四名。命贝勒勒克德浑为平南大将军，往江南代豫亲王多铎。渝洪承畴：“江南初经归命，宜约束官兵，勿得扰民，责成抚按问民疾苦，兴利除弊，速图善后之策。”癸丑，明嘉定陷，在籍前任通政使侯峒曾、进士黄淳耀死之。屠城。乙卯，以土国宝为右副都御史，巡抚江宁，总理粮储、军务。王之晋为苏松道，李景廉为常镇道，王懩为苏松常镇粮储道，刘汉式为扬州道，周亮工为两淮都转盐运使。辛未，以张士第为江南布政司参政，管左布政使事；申朝纪为江南右布玫使；于重华为江南按察副使。丁丑，以陈锦为右副都御史，提督操江兼管巡江。
八月乙酉，明松江陷，沈犹龙等死之。辛丑，明江阴陷，阎应元等死之。攻守凡八十一日，兵民无一降者。城破，殉难者比比皆是，尸骸枕藉，街巷池井皆满，臭不可近。明金山卫陷，指挥侯承祖死之。
九月乙卯，萧县渠寇徐库等就擒。辛酉，镇守庐、凤固山额真准塔奏：“明新昌王潜遁海岛云台山，聚众作乱，攻陷兴化县，官兵进剿，斩之于淮安，平之。”丙寅，改江南武乡试期于明年二月。庚午，海寇田仰寇福山，江宁巡抚土国宝击败之。是年秋，明溧阳副将钱国华起兵不克，死之。
十月乙酉，增设江南道御史一员，巡视上江、下江御史二员，巡仓御史一员。是月，御史赵弘文言：“江南之赋，当明初开基，收取姑苏，张士诚抗守，经久未下，及天下大定，遂以极重之粮额困之。此吴县每亩三斗四升四合，长洲每亩三斗七升五合，遂贻民间三百年未有之苦。目前商贾不通，城市罢织，民无生业。若重困以旧额，恐富者贫而贫者死，此同归于尽之势也。伏乞敕部详核，或照宋、元旧制，或照常、镇二府，减太重以苏民困，此亦收摄人心之第一义。又江南之役，有官户、民户，复有子户，其应免若干亩请规定之。庶穷檐小民无复苦乐不均之叹。”下部议。
十一月甲寅，命甲喇章京巴山为左翼，梅勒章京康喀赖为右翼，率官兵镇守江宁。癸酉，以李成栋为镇守吴淞总兵官。
十二月己卯，江南学臣高去奢疏言：“江南乡试旧额生员，中式一百二十五名、监生三十八名。今南雍已裁，本省在监者即与生员一体考试，应增二十名。”从之。辛卯，江宁遥抚土国宝奏报，逆绅吴日生、荆本彻出没太湖作乱，连剩掠，剿平之。癸巳，漕运总督王文奎奏：海寇马西禄、王大功缚献首贼酆报国等，并带海船二十五艘，兵丁五百余名，诣江宁投诚。又如皋贼首于锡几、刘一雄等久聚江海，为总兵官孔希贵所擒，如皋一带悉平。壬寅，洪承畴奏：“以江宁、苏、松、常、镇五府隶抚臣土国宝辖，庐、凤、淮、扬四府，滁、和、徐三州隶抚臣赵福星辖。其原颁敕书俱照各分属地方另行改正。”从之。
三年二月辛巳，江南苏、松、常、镇督粮道王懩奏言：“臣职司江南省督粮，而官衔仍带湖广，不便统辖，乞改为江南官衔。”奏入，下部议。寻议：“南京未改为江南省时，各道俱于别省两司带衔。今既改为省，应如王懩所请，其各道官衔应一体更改。”从之。驻防江宁府侍郎巴山、梅勒章京、康喀赖等奏：“正月十二日夜，江宁府城内民与城外贼同谋作乱。事觉，捕斩为首者三十人。至十八日夜，贼首伪潞安王、瑞昌王复率贼兵二万余，三路入犯，俱击败之。”甲申，吏部议复：“招抚江南大学士洪承畴疏言，江南改京为省，一应设官自当与各省一例。应如所议，设操江都御史一员，左、右布政使各一员，分守江宁道一员，屯田水利道一员，布政使司经历、理问、都事、照磨各一员，按察使一员，驿传兼盐法道一员，分巡江宁兼江防道一员，整理马政道一员，按察使司经历、知事、照磨各一员；省城内掌印都司、操捕都司、管屯都司各一员，都司经