，曰刘铭传、曰周盛波、曰张树声、曰吴长庆；复于曾军选得程学启、湘军选得郭松林、霆军选得杨鼎勳诸将。又奏调举人潘鼎新、编修刘秉璋，派弟鹤章总营务。师抵上海，贼大惊，以为公从天而下。公军悉循曾军营制，营五百人，垒高濠深；士卒日夕数操，出入有法度：吴民以为创见。四月，诏公署江苏巡抚。公并用洋将，克嘉定、青浦、奉贤三县，又纳降收南汇县。伪忠王李秀成纠党二十万犯上海屯营，公亲督诸军大破之，斩馘万人。会有诏促公往镇江会将军都兴阿之师进剿，公奏言：『接督臣曾国藩书，颇以进攻金陵兵单为虞。曾国荃亦言：官军止能围西南两面，深沟高垒，以水师为根本、以江南为粮路，先自固以图贼；非增二万余人，不能合围。臣查金陵城大而坚，和春、张国梁统帅八、九万围攻日久，功败垂成；今苏、浙两省遍地贼区黏连一片，贼处处可进援，尤与昔年情形迥异。所恃楚师稳练，较胜他军；贼数众多，未尽精悍。曾国荃军不及二万，不足合围，即不能制贼死命。此次李秀成等扑犯松沪，负创而遯，闻将连合杭、湖贼众赴救金陵。臣急欲驰往镇江，就近援助。无如原部陆军仅数千人，分两处则均不得力，专一路则尚可自立；兵事重大，臣何敢易言之也。沪中官民向恃洋人为安危，乃援贼东来之先，洋人分兵四出；援贼大至之后，洋人敛兵不动。臣揆度夷情，似非暗与贼通，坐观成败；实系慑于贼众，不敢向前。若非臣亲督兵将痛挫凶锋，患且不测。以是知洋人不可专恃，沪防必须自强。臣忝任苏抚，既不能弃沪中每月二十万饷源之地，又不敢援镇江上下游接应之师；左右思维，实无长策。至沪上原有水陆兵勇简汰整顿，非臣亲自部署，不能钤制。所带诸将中，尚有勇敢朴实之材，实少应变御众之选；且资望皆浅，未可令独当一面。臣断不偏信吴中绅士之言，贻误大局。惟军事以得人心为本，臣之譾陋，到沪稍系军民之望；未便亲自移动，遽失众心。曾国藩处，似亦无统兵大员可派来沪。可否容臣将沪事办妥，移师出江？抑臣更有言者：冯子材等催臣前往，实欲臣到镇为该军筹饷，未必为进剿起见。江北完善地方，所出之饷专供都兴阿一军尚无缺乏，而畛域已分；江南止存镇、沪两处，每月仅能由沪分给三万，臣实深内愧。冯子材尚能战守，而兵勇疲惰已非一日；长江师船大半朽坏，劫夺成风。臣即颉顽其间，止能自立一军，未便控制诸将。若轻言整顿，先失和衷之义；若亲军太少，亦无整顿之资。此皆实在为难情形，臣不敢稍有徇隐』。疏入，诏缓镇江之行。六月，会洋将华尔克金山卫，于是上海、松江大定。七月、克青浦。八月，伪慕王谭绍洸纠众十余万再犯上海，公督诸军，再大破之；水师又攻贼淀山湖，克芦墟、尤家庄，尽平沿湖贼卡。四江口屯营被围危急，公又督援军击破之。先后斩级百余，沪防三次肃清。奏入，优诏以公补江苏巡抚。二年正月，授公兼五口通商大臣。二月，诸军解常熟围。三月，复太仓州城。四月，克崑山新阳，杀贼三万余人，生禽七千。由是，程总兵学启进逼苏垣，合洋将水陆军破贼四大垒，伪纳王郜云官等八人杀伪慕王谭绍洸以城降；公用程学启密谋，诛之。十月二十七日，公整部收苏州省城。捷奏入，赏太子少保衔、黄马袿。公于是与洋将戈登商议，奏裁常胜军以节糜费；与曾文正公合疏请减苏、松浮粮，以苏民困：诏从之。明年二月，分军至浙江境，克嘉兴府。四月，公亲督军克常州，江苏肃清；赏骑都尉世职。时江宁城垂克，朝旨屡命公移得胜之师助剿；公有让功之意，奏请先攻湖州，克长兴。方议遣炮队、枪队助攻，而曾公国荃克金陵捷书至；公逐分军令刘铭传、周盛波由东坝取广德，潘鼎新、刘秉章由松江攻湖州，郭松林、杨鼎勳由沪航海援闽。未几，粤贼平，公封一等肃毅伯。
明年五月，曾文正奉命驰赴山东剿办捻匪，公奉命暂署两江总督。公上疏云：『臣吴疆承乏，三载于兹。虽思竭虑以效忠，窃愧过多而功少。仰荷酬庸旷典，异数叠加：兄弟同列封圻，将佐多膺专阃。每念寇氛未靖、时势多艰，辄互相儆戒，惧有陨越，致负圣主倚畀之隆。兹复特降恩纶，暂权督篆；闻命震悚，日夜旁皇。窃以臣籍隶安徽，该省系总督兼辖，例须回避。又两江政务殷繁，所属蹂躏已久，雕瘵万分；善后各事、兵饷二端，在在棘手：诚如圣谕「任大责重」。微臣才智短绌，非所克胜。揣分量力，必应吁请固辞。惟亲王僧格林沁剿贼阵亡，捻氛日炽；直东一带失此长城，中外震惊。宵旰忧劳，急盼曾国藩前往督师，需人接替；臣何敢拘泥常例，引嫌避位，致误事机！即料理交卸，驰赴金陵，暂行接印。此间善后，如浚河、兴学、抚恤、劝农及常镇招垦荒田、上海通商洋务，均次第办有端绪。藩司刘郇膏接护抚篆，情形熟悉，地方一切可无贻误。惟苏境水陆防军三万余人，均已分布各隘；又援剿福建之提督郭松林、杨鼎勳两军共八千余人，援剿徐州、淮、扬之提督黄翼升、刘铭传、周盛波、臬司张树声、道员吴毓芬等军共二万数千人，除黄翼升、李朝斌两枝水师系曾国藩旧部，余皆由臣募练而成，各军饷粮、军火专指苏、沪税厘：经奏明在案。统计每月饷需及制造、采办各项杂支额