然后饷路常通，师行无梗』。诏从之。六年夏，取道武昌，提兵一万二千人由潼关入秦。当是时，捻酋任柱、赖文光纠数万骑扰山东、河南，是为东捻；张总愚纠数万骑扰秦中，是为西捻。陕回、甘回数十起、众至百万，横行腹地，两省几无完土。公接统陕、甘军，部署诸营，不令捻、回合势。刘提督松山领万余人、郭总兵宝昌三千人、刘总兵厚基三千人，是为剿捻之师；高提督连陞三千人、刘京卿典五千人，是为剿回之师；杨总兵和贵、周总兵金品三千余人屯凤翔，周总兵绍廉二千余人屯宜君，吴郎中士迈千余人防渭，复以亲兵三千余人、水师千人、黑龙江马队千余人分布华州、华阴、潼关、渭南、临潼间，是为兼讨捻、回之师。于是诸军所向克捷，公又定计先捻、后回。张总愚既屡破于延州，复南窜，乃自宜川踰山至壶口，乘冰桥渡河山西大扰；公遣松山各军渡河蹑追。穆宗以山右毗连畿辅，召公亲往督师；公自率五千人赴援，奏以刘京卿典代督陕、甘军。六年十二月，捻自垣曲入河南，趋卫辉；复自河南北犯直隶，至河间、献县京师。戒严，诏切责公与钦差大臣李公鸿章、河南巡抚李公鹤年及直隶总督官文公，皆夺职。时东捻甫平，西捻萃于畿辅；公先令刘提督松山绕出贼前，大破贼于献，贼反奔山东。七年，公驻军吴桥，合淮军、东军、皖军击捻，卒破平于荏平南镇。
七月，公复职。入觐，天子褒美，且询西陲师期；公奏「五年可竣」。乃率师还陕；十月，至西安省城。公部兵数万人，诸将名者高连升、周绍濂、魏光焘、刘端冕、吴士迈、黄鼎、雷正绾、陶茂林、成定康、马德顺、郭宝昌、李耀南、李辉武皆能将，而刘公松山为最。刘公典已署陕西巡抚，戮力同心，赏罚严而号令明，遂定三路平回之策。公令刘公松山由绥德取道花马池，直捣金积老巢，为北路；道员周开锡由秦趋巩，讨巩昌、河狄之回，为南路；公与刘公典督诸军尽驱陕回入甘，为中路。遂破回巢数百，斩馘数万。八年二月，拔董志原老巢。四月，陕西平，进兵甘肃。刘公松山已趋定边花马池，魏光焘、周绍濂、刘端冕出合水、宁州、正宁向环、庆，雷正绾、黄鼎由董志原、泾州趋镇原、崇信、华亭、固原，李耀南、吴士迈由陇州、宝鸡趋秦州，公率亲兵马步四千道永寿、邠州、长武以赴泾，令马德顺屯灵台之上良百里镇策应南北，遂开振恤、集流亡，劝民种秋粮，兵燹遗黎栩栩有生意矣。于是诸路皆捷，兰道通。八月，刘公松山克灵州；十一月，公移驻平凉。刘公松山攻金积堡阵亡，公以松山从子锦棠统其军；东自吴忠至灵州堡寨四百五十余、西自洪乐至峡口堡寨一百二十余尽平。九年冬，克金积堡，马化龙伏诛；公奏言：『西陲之不靖于今九年，关陇讲回视金积堡为向背。今金积破，回势瓦解矣』。诏加公骑都尉世职。十年三月，宁夏平，公令诸将进规河州。秋，移驻静宁，又移安定。冬，平黑山回；尽平党川回垒，且剿且抚。十一年二月，河州平；三月，循化撤纳归诚。夏，诸军攻肃州西南贼垒，皆下。七月，公进驻兰州省城，奏调宋庆军由神木赴甘助剿；以张曜军屯金积堡，移刘锦棠军赴西宁，陶生林、金庆元、戴宏胜马步军赴肃州。十一月，刘公锦棠大破回于西宁大通。明年，金顺、宋庆、徐占彪合攻肃州。八月，公至肃州督攻。九月克之，屠客回一千五百余人，悍酋马文禄并党魁八人磔之，惟白彦虎逸出关外；拔出汉民男女一千一百余人、回民老弱妇女九百余人，肃州平。关内肃清，诏公以总督协办大学士，改骑都尉为一等轻车都尉世职；诸将给奖有差。
今上即位，命公督办新疆军务。先是，以东南海防为急，有议弃关外地者；公力持不可。然军食奇绌，各省协饷不继；公夙夜忧劳，常绕帐旁徨，中宵不寐。前后至借洋商、民商一千数百万，随时以协款抽偿。经营一载，士饱马腾；遂于明年春，大军次第出关，公驻肃州调度；乌鲁木齐都统金顺军、提督张曜军先驻哈密，军食皆由公兼筹。公令刘京卿锦棠办理营务，率提督谭上连、谭拔萃、余虎恩等湘军二万人分起由戈壁前进。其秋，大军攻拔古牧地，克复乌鲁木齐、迪化州暨玛纳斯城，新疆北路皆平；由是下兵南路。南路八城，曰阿克苏、曰乌什、曰库车、曰喀喇沙尔、曰英吉沙尔、曰喀什噶尔、曰叶尔羌、曰和阗；而吐鲁番别为一部，在天山之南，为八城门户。公令刘京卿锦棠率军自北而南，提督张曜、徐占彪率军自东而西，增调包头防军五千人隶刘京卿；于是军势益盛。以明年春三道进攻，吐鲁番、达坂坚城皆下；旋克托克逊贼巢。其秋，连克喀喇沙尔、库尔勒、库车、阿克苏、乌什；一月之中行三千余里，兵威大振，远人慴服。时以伊犁为俄所踞，恐难遽复，诏公统筹全局。公奏曰：『窃维立国有疆，古今通义。规模存乎建置，而建置因乎形势；必合时与地通筹之，乃能权其轻重，而建置始得其宜。伊古以来，中国边患，西北常剧于东南。盖东南以大海为界，形格势禁，尚易为功。西北则广莫无垠，专恃兵力为强弱，兵少固启戎心，兵多又耗国用。以言防，无天险可限戎马之足；以言战，无舟楫可省转馈之烦：非若东南之险阻可凭，集事较易也。周、秦至今，惟汉、唐为得中策