年，应举入京。适安石当国，首问新政，佃曰：「法非不善，但推行不能如初意，还为扰民，如青苗是也。」安石惊曰：「何为乃尔？吾与吕惠卿议之，又访外议。」佃曰：「公乐闻善，古所未有，然外间颇以为拒谏。」安石笑曰：「吾岂拒谏者？但邪说营营，顾无足听。」佃曰：「是乃所以致人言也。」明日，安石召谓之曰：「惠卿云：'私家取债，亦须一鸡半豚。'已遣李承之使淮南质究矣。」既而承之还，诡言于民无不便，佃说不行。
礼部奏名为举首。方廷试赋，遽发策题，士皆愕然；佃从容条对，擢甲科。授蔡州推官。初置五路学，选为郓州教授，召补国子监直讲。安石以佃不附己，专付之经术，不复咨以政。安石子雱用事，好进者坌集其门，至崇以师礼，佃待之如常。
同王子韶修定《说文》。入见，神宗问大裘袭衮，佃考礼以对。神宗悦，用为祥定郊庙礼文官。时同列皆侍从，佃独以光禄丞居其间。每有所议，神宗辄曰：「自王、郑以来，言礼未有如佃者。」加集贤校理、崇政殿说书，进讲《周官》，神宗称善，始命先一夕进稿。同修起居注。元丰定官制，擢中书舍人、给事中。哲宗立，太常请复太庙牙盘食。博士吕希纯、少卿赵令铄皆以为当复。佃言：「太庙，用先王之礼，于用俎豆为称；景灵宫、原庙，用时王之礼，于用牙盘为称，不可易也。」卒从佃议。
是时，更先朝法度，去安石之党，士多讳变所从。安石卒，佃率诸生供佛，哭而祭之，识者嘉其无向背。迁吏部侍郎，以修撰《神宗实录》徙礼部。数与史官范祖禹、黄庭坚争辨，大要多是安石，为之晦隐。庭坚曰：「如公言，盖佞史也。」佃曰：「尽用君意，岂非谤书乎！」
进权礼部尚书。郑雍论其穿凿附会，改龙图阁待制、知颍州。佃以欧阳修守颍有遗爱，为建祠宇。《实录》成，加直学士，又为韩川、朱光庭所议，诏止增秩，徙知邓州。未几，知江宁府。甫至，祭安石墓。句容人盗嫂害其兄，别诬三人同谋。既皆讯服，一囚父以冤诉，通判以下皆曰：「彼怖死耳，狱已成，不可变。」佃为阅实，三人皆得生。绍圣初，治《实录》罪，坐落职，知秦州，改海州。朝论灼其情，复集贤殿修撰，移知蔡。
徽宗即位，召为礼部侍郎。上疏曰：「人君践祚，要在正始，正始之道，本于朝廷。近时学士大夫相倾竞进，以善求事为精神，以能讦人为风采，以忠厚为重迟，以静退为卑弱。相师成风，莫之或止，正而救之，实在今日。神宗延登真儒，立法制治，而元祐之际，悉肆纷更。绍圣以来，又皆称颂。夫善续前人者，不必因所为，否者赓之，善者扬焉。元祐纷更，是知赓之而不知扬之之罪也；绍圣称颂，是知扬之而不知赓之之过也。愿咨谋人贤，询考政事，惟其当之为贵，大中之期，亦在今日也。」徽宗遂命修《哲宗实录》。
迁吏部尚书，报聘于辽，归，半道闻辽主洪基丧，送伴者赴临而返，诮佃曰：「国哀如是，汉使殊无吊唁之仪，何也？」佃徐应曰：「始意君匍匐哭踊而相见，即行吊礼；今偃然如常时，尚何所吊？」伴者不能答。
拜尚书右丞。将祀南郊，有司欲饰大裘匣，度用黄金多，佃请易以银。徽宗曰：「匣必用饰邪？」对曰：「大裘尚质，后世加饰焉，非礼也。」徽宗曰：「然则罢之可乎？数日来，丰稷屡言之矣。」佃因赞曰：「陛下及此，盛德之举也。」徽宗欲亲祀北郊，大臣以为盛暑不可，徽宗意甚确。朝退，皆曰：「上不以为劳，当遂行之。」李清臣不以为然。佃曰：「元丰非合祭而是北郊，公之议也。今反以为不可，何耶？」清臣乃止。
御史中丞赵挺之以论事不当，罚金。佃曰：「中丞不可罚，罚则不可为中丞。」谏官陈瓘上书，曾布怒其尊私史而压宗庙。佃曰：「瓘上书虽无取，不必深怒，若不能容，是成其名也。」佃执政与曾布比，而持论多近恕。每欲参用元祐人才，尤恶奔竞，尝曰：「天下多事，须不次用人；苟安宁时，人之才无大相远，当以资历序进。少缓之，则士知自重矣。」又曰：「今天下之势，如人大病向愈，当以药饵辅养之，须其安平；苟为轻事改作，是使之骑射也。」
转左丞。御史论吕希纯、刘安世复职太骤，请加镌抑，且欲更惩元祐余党。佃为徽宗言不宜穷治，乃下诏申谕，揭之朝堂。谗者用是诋佃，曰：「佃名在党籍，不欲穷治，正恐自及耳。」遂罢为中大夫、知亳州，数月卒，年六十一。追复资政殿学士。
佃著书二百四十二卷，于礼家、名数之说尤精，如《埤雅》、《礼象》、《春秋后传》皆传于世。
吴居厚，字敦老，洪州人。第嘉祐进士，熙宁初，为武安节度推官。奉行新法，尽力核闲田，以均给梅山ＯＤ，计劳，得大理丞，转补司农属。元丰间，提举河北常平，增损役法五十一条，赐银绯，为京东转运判官，升副使。
天子方兴盐、铁，居厚精心计，笼络钩稽，收羡息钱数百万。即莱芜、利国二冶官自铸钱，岁得十万缗。诏褒揭其能。擢天章阁待制、都转运使。前使者皆以不