大臣相次诛戮。永元二年冬，懿又被害。信至，帝密召长史王茂、中兵吕僧珍、别驾柳庆远、功曹史吉士瞻等谋之。既定，以十一月乙巳召僚佐集于听事，告以举兵。是日建牙，出檀溪竹木装舸舰，旬日大办。百姓愿从者，得铁马五千匹，甲士三万人。
先是，东昏以刘山阳为巴西太守，使过荆州就行事萧颖胄以袭襄阳。帝知其谋，乃遣参军王天武、庞庆国诣江陵，遍与州府人书论军事。天武既发，帝谓谘议参军张弘策曰：“今日天武坐收天下矣。荆州得天武至，必回遑无计，若不见同，取之如拾地芥耳。断三峡，据巴、蜀，分兵定湘中，便全有上流。以此威声，临九派，断彭蠡，传檄江南，风之靡草，不足比也，政小引日月耳。江陵本惮襄阳人，加唇亡齿寒，必不孤立，宁得不闇见同邪。挟荆、雍之兵，扫定东夏，韩、白重出，不能为计，况以无算之昏主，役御刀应敕之徒哉。”及山阳至巴陵，帝复令天武齎书与颖胄兄弟。去后，帝谓张弘策曰：“用兵之道，攻心为上，攻城次之；心战为上，兵战次之，今日是也。近遣天武往州府，人皆有书，今段止有两封，与行事兄弟，云‘一二天武口具 ’。及问天武，口无所说。天武是行事心膂，彼闻必谓行事与天武共隐其事，则人人生疑。山阳惑于F口，判相嫌贰，则行事进退无以自明，是驰两空函定一州矣。”山阳至江安，闻之，果疑不上。柳忱劝斩天武，送首山阳，颖胄乃谓天武曰：“天下之事，县之在卿，今就卿借头，以诈山阳；昔樊于期亦以头借荆轲。”于是斩之，送首山阳，山阳信之，驰入城，将踰阈，县门发，折其车辕，投车而走，中兵参军陈秀拔戟逐之，斩于门外，传首于帝。仍以南康王尊号之议来告，且曰：“时有未利，当须来年二月。遽便进兵，恐非庙算。”帝答曰：“今坐甲十万，粮用自竭，若顿兵十旬，必生悔吝。且太白出西方，仗义而动，天时人谋，有何不利？昔武王伐纣，行逆太岁，复须待年月乎？”竟陵太守曹景宗遣杜思冲劝帝迎南康，都襄阳，待正尊号，帝不从。王茂又私于张弘策曰 ：“今以南康置人手中，彼挟天子以令诸侯，节下前去为人所使，此岂岁寒之计。”弘策言之于帝，帝曰：“若前途大事不捷，故自兰艾同焚；若功业克建，谁敢不从？岂是碌碌受人处分！“于沔南立新野郡，以集新附。
三年二月，南康王为相国，以帝为征东将军。戊申，帝发襄阳。自冬积霰，至是开霁，士卒咸悦。帝遂留弟伟守襄阳城，谓曰：“当置心于襄阳人腹中，推诚信之，勿有疑也。天下一家，乃当相见。”遂移檄建邺，阐扬威武。及至竟陵，命长史王茂与太守曹景宗为前军，中兵参军张法安守竟陵城。茂、景宗帅F济岸，进顿九里。其日，郢州刺史张冲迎战，茂等大破之。荆州遣冠军将军邓元起、军主王世兴、田安等会大军于夏口。帝筑汉口城以守鲁山，命水军主张惠绍、朱思远等游遏中江，绝郢、鲁二城信使。时张冲死，其F推军主薛元嗣及冲长史程茂为主。
三月乙巳，南康王即帝位于江陵。遥废东昏为涪陵王，以帝为尚书左仆射，加征东大将军、都督征讨诸军，假黄钺。西台又遣冠军将军萧颖达领兵来会。四月，帝出沔，命王茂、萧颖达等逼郢城。五月己酉，帝移屯汉南。是日，有紫云如盖，荫于垒幕。甲寅，东昏遣甯朔将军吴子阳、光子衿等十三军救郢州，进据巴口。七月，帝命王茂帅军主曹仲宗、康绚、武会超等潜师袭加湖，将逼子阳。水涸不通舰，子衿喜。其夜流星坠其城，四更中无雨而水暴长，F军乘流齐进，鼓噪攻之，俄而大溃，子阳等窜走，F尽溺于江，王茂虏其馀而旋。郢、鲁二城相视夺气。
先是，东昏遣冠军将军陈伯之镇江州，为子阳等声援。帝谓诸将曰：“夫征讨未必须实力，所听威声耳。今加湖之败，谁不讋服。陈武牙即伯之之子，狼狈奔归，彼间人情，理当凶惧。我谓九江传檄可定也。”因命搜所获俘囚，得伯之幢主苏隆之，厚加赏赐，使致命焉。
戊午，鲁山城主孙乐祖降。己未夜，郢城有数百毛人踰堞且泣，因投黄鹄矶，盖城之精也。及旦，其城主程茂、薛元嗣遣参军朱晓求降。帝谓曰：“城中自可不识天命，何意恒骂？“晓曰：“明公未之思耳，桀犬何尝不吠尧。”初，郢城之闭，将佐文武男女口十余万人，疾疫流肿死者十七八。及城开，帝并加隐恤，其死者命给棺槥。
东昏闻郢城没，乃为城守计，简二尚方二冶囚徒以配军。其不可活者，于朱雀门内日斩百馀人。尚书令王亮苦谏，不从。陈伯之遣苏隆之反命，求未便进军。帝曰：“伯之此言，意怀首鼠，可及其犹豫逼之。”乃命邓元起即日沿流。八月，天子遣兼黄门郎苏回劳军。帝登舟，命诸军以次进路，留上庸太守韦叡守郢城，行州事。邓元起将至寻阳，陈伯之犹惧，乃收兵退保湖口，留其子武牙守盆城。及帝至，乃束甲请罪。
九月，天子诏帝平定东夏，以便宜从事。前军之次芜湖，南豫州刺史申胄弃姑孰走，至是大军进据之。自发雍州，帝所乘舰恒有两龙导引，左右莫不见者。缘道奉迎百姓，皆如挟纩。仍遣曹景宗、萧颖达领马步进顿江宁。东昏遣征虏将军李居士迎战，景宗击走之。于