腹心荀伯玉劝帝度江北起兵。嶷谏曰：“主上狂凶，人不自保，单行道路，易以立功，外州起兵，鲜有克胜，于此立计，万不可失。”及苍梧殒，高帝报嶷曰：“大事已判， 汝明可早入。”顺帝即位，转侍中，总宫内直卫。
沈攸之之难，高帝入朝堂，嶷出镇东府，加冠军将军。及袁粲举兵夕，丹阳丞王逊告变，先至东府，嶷遣帐内军主戴元孙二千人随薛道深等俱至石头，焚门之功，元孙预焉。先是王蕴荐部曲六十人助为城防，实以为内应也。嶷知蕴怀贰，不给其仗，散处外省。及难作搜检，皆已亡去。
上流平后，武帝自寻阳还。嶷出为都督、江州刺史。以定策功，改封永安县公。仍徙镇西将军、都督、荆州刺史。时高帝作辅，嶷务存约省，停府州仪迎物。及至州，坦怀纳善，侧席思政。王俭与嶷书曰：“旧楚萧条，仍岁多故，政荒人散，实须缉理。公临莅甫尔，英风惟穆，江汉来苏，八荒慕义，庾亮以来，荆州无复此政。古人云‘期月有成’，而公旬日成化，岂不休哉。”初，沈攸之欲聚F，开人相告，士庶坐执役者甚F。嶷至镇，一日遣三千馀人，见囚五岁刑以下不连台者，皆原遣。以市税重，多所宽假。百姓甚悦。禅让之间，武帝欲速定大业，嶷依违其事，默无所言。建元元年，高帝即位，赦诏未至，嶷先下令蠲除部内升明二年以前逋负。迁侍中、尚书令、都督、扬州刺史、骠骑大将军、开府仪同三司，封豫章郡王。
会魏军动，诏以嶷为南蛮校尉、荆湘二州刺史，都督八州。寻给油络侠望车。二年，给班剑二十人。其夏，于南蛮园东南开馆立学，上表言状。置生三十人，取旧族父祖位正佐台郎年二十五以下十五以上补之。置儒林参军一人，文学祭酒一人，劝学从事二人。行释菜礼。以谷过贱，听人以米当口钱，优评斛一百。义阳劫帅张群亡命积年，鼓行为贼，义阳、武陵、天门、南平四郡界被其残破，沈攸之连讨不禽，末乃首用之。攸之起事，群从下郢，于路先叛，结柴于三溪，依据深险。嶷遣中兵参军虞欣祖为义阳太守，使降意诱纳之，厚为礼遗，于坐 斩首，其党皆散，四郡获安。
入为中书监、司空、扬州刺史，都督二州，侍中如故，加兵置佐，以前军临川王映府文武配司空。嶷以将还都，修廨宇及路陌，东归部曲不得齎府州物出城。发江津，士女观送数千人皆垂泣。嶷发江陵感疾，至都未瘳，上深忧虑，为之大赦，三年六月壬子赦令是也。疾愈，上幸东府，设金石乐，使乘舆至宫六门。
武帝即位，进位太尉，增置兵佐，解侍中，增班剑三十人。建元中，武帝以事失旨，高帝颇有代嫡之意。而嶷事武帝恭悌尽礼，未尝违忤T色，故武帝友爱亦深。性至孝，高帝崩，哭泣过度，眼耳皆出血。
永明元年，领太子太傅，解中书监。宋武以来，州郡秩俸及杂供给，多随土所出，无有定准。嶷上表请明立定格，班下四方，永为恒制，从之。嶷不参朝务，而言事密谋，多见信纳。服阕，加侍中。宋元嘉制，诸王入斋合，得白服裙帽见人主，唯出太极四厢，乃备朝衣。自比以来，此事一断。上与嶷同生相友睦，宫内曲宴，许依元嘉。嶷固辞，不奉敕；唯车驾幸第，乃白服乌纱帽以侍宴焉。至于衣服制度，动皆陈S，事无专制，务从减省，并不见许。又S曰：“北第旧邸，本自甚华，臣往岁作小眠斋，皆补接为办，无乖格制。要是柽柏之华，一时新净，东府又有此斋，亦为华屋，而臣顿有二处住止，下情窃所未安。讯访东宫玄圃，乃有柏屋，制甚古拙，臣乃欲坏取以奉太子，非但失之于前，且补接既多，不可见移，亦恐外物或为异论，不审可有垂许送东府斋理不？”上答曰：“见别纸，汝劳疾，亦复那得不动，何意为作烦长S事。”竟不从。
三年，文惠太子讲孝经毕，嶷求解太傅，不许。嶷常虑盛满，又因言宴求解扬州授竟陵王子良，上终不许，曰：“毕汝 一世，无所多言。”
武帝即位后，频发诏拜陵，不果行，遣嶷拜陵。还过延陵季子庙，观沸井，有水牛突部伍，直兵执牛推问，嶷不许，取绢一疋，横系牛角，放归其家。政在宽厚，故得朝野欢心。
四年，唐宇之贼起，嶷S上曰：“此段小寇，出于凶愚，天网宏罩，理不足论。但圣明御世，幸可不尔。比藉声听，皆云有由而然。但顷小大士庶，每以小利奉公，不顾所损者大。擿籍检功巧，督恤简小塘，藏丁匿口，凡诸条制，实长怨府。此目前交利，非天下大计。一室之中，尚不可精，宇宙之内，何可周洗。公家何尝不知人多欺巧，古今政以不可细碎，故不为耳。为此者实非乖理，但识理者百不有一。陛下弟儿大臣，犹不能伏理，况复天下，悠悠万品？怨积聚党，凶迷相类，止于一处，何足不除，脱复多所，便成纭纭。”上答曰：“欺巧那可容！宋世混乱，以为是不？蚊蚁何足为忧，至今都应散灭。吾政恨其不办大耳，亦何时无亡命邪。”后乃诏听复籍注。是时武帝奢侈，后宫万余人，宫内不容，太乐、景第、暴室皆满，犹以为未足。嶷后房亦千馀人。潁川荀丕献书于嶷，极言其失，嶷咨嗟良久，为书答之，又为之减遣。
丕字令哲，后为荆州西曹书佐