倘施行之人，稍挟偏私。则弊由是生，便成大碍。凡属法门缁素，莫不虑其后患，故屡有意见书，恳其修改。九年秋，程雪楼居士察其利害，又以意见书面呈大总统。既蒙俞允，批交内务部集议。十年春，方始修正为二十四条。详审斟酌，有利无弊。仍呈请大总统，以教令公布施行。然政府颁布，不能尽人皆见。而北京法源寺住持道阶法师，护教情重。遂拟急刊流布，以期僻山穷陬之处，缁素咸知，无或疑虑。问跋于余，以资鼓励。
余曰，如来法道，虽藉外护之力。必须内护有人，始获实效。譬如外有金城汤池，虽则坚不可破，热不敢近。而内中主帅昏愚，抚民御兵，各失其道。则士卒百姓，皆成叛党。纵有金城汤池，亦何裨益之有。倘主帅明哲，善得士卒人民之心。仁政所及，谁不颂戴。四远闻风，悉来归服。则举寇仇皆为赤子，尽叛逆悉作良民矣。恳祈同衣，各各发菩提心，力修定慧。以如来无上妙道，自行化他。则人各感佛慈恩，仰僧懿行。
自然无信心者，发起信心，有信心者，力行佛道。将见转残忍为仁慈，兵戈永息。变浇俗为淳风，世运升平。如是则上不负国家护持之至意，下不负自己学佛之深心。而佛恩亲恩，皆堪报答于万一。凡我同衣，尚期勉旃。
药师如来本愿经重刻跋
药师如来本愿经重刻跋
佛与众生，心体是一。而其所受用，天渊悬殊者，以其用心不同之所致也。佛则唯以无缘大慈，同体大悲，度脱众生为怀，了无人我彼此之心。纵度尽一切众生，亦不见能度所度之相。故得福慧具足，为世间尊。众生则唯以自私自利为事，虽父母兄弟之亲，尚不能无彼此之相，况旁人世人乎哉。故其所感业报，或生贫穷下贱，或堕三途恶道。即令戒善禅定自修，得生人天乐处。但以无大悲心，不能直契菩提。以致福报一尽，仍复堕落，可不哀哉。
是则唯欲利人者，正成就其自利。而唯欲自利者，乃适所以自害也。药师如来本愿经者，乃我释迦世尊，愍念此界一切罪苦众生，为说药师如来，因中果上利生之事，实为究竟离苦得乐之无上妙法也。众生果能发慈悲喜捨之大菩提心，受持此经，此咒，及此佛名号。推其功效，尚可以豁破无明，圆成佛道。况其余种种果位，种种福乐乎哉。然在佛心，固欲以无上觉道，全体授与一切众生。而众生智有浅深，固不得不随其所乐，令彼所求各各如愿也。
须知药师一经，及与佛号，并其神咒，即释迦药师，所得之阿耨多罗三藐三菩提法。凡至诚受持者，即是以佛庄严而自庄严也。故玉琳琇国师，常持此经，及此佛号，以是禅教律净之总持法门。故受持者，或生净琉璃世界，或生极乐世界。待至豁破凡情，圆成圣智，则直契寂光，东西俱泯。而复东西历然，随愿往生。则与弥陀药师，同归秘藏。是名诸佛甚深行处。圣聪大师，以心安和尚所书之本，刻板流通。欲令受持者发起正信，祈简明以告之。
又此经系唐玄奘法师所译。其八菩萨，但举其目，未标其名。说咒一段，又复缺略。后之知识，欲令经义完全，故依七佛本愿经，添入说咒一段，共四百二十八字。依灌顶第十二经，添入八菩萨名。以三经原是一经故也。须知在昔贝叶，唯属钞写，或有遗亡，以致译文全缺互异。后人添入，深契佛心。故诸注者，咸皆宗之。恐以藏本对校，致生疑虑。故并书缘起，以庆完璧云。（说咒一段从说咒前复次曼殊室利起至所求愿满乃至菩提止。）
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