故知藥治正投急證。師功實堪殿軍。前之九願。諦智已足。與拔殆周。乃重運悲增。取次開出。深知有所不容已也。又願不依狂。諦名為願。雖不出四。今以藥師善巧方便。開為十二。要使行者標心立行。前後顯了。先與性德之樂。後拔性德之苦。雖一一稱性無緣。而一一熾然與拔。觀生即滅。成自性佛道。觀愚即智學自性法門。觀苦即法身。度自性眾生。觀障即法界。斷自性煩惱。如是觀之。克始克終。體性融即。是故既稱微妙與上。
復云無量廣大也。聲聞獨覺。及未登地菩薩。不能信解。願何由發。披肝相授。無心好樂。坐受彈斥。泣動大千。諒亦無所辭乎。既知此旨。當發是願。經云。於諸有情。起利益安樂慈悲喜捨平等之心。正教頻發是願也(首者白云)藥師瑠璃光如來。本行菩薩道時。發十二大願。令諸有情。所求皆得。我今從佛。亦如是發。
(願文稍詳。今纂成偈。既易憶持。又便誦發。齊聲唱云)。
願我來世得菩提身光熾然照法界相好莊嚴丈,夫身令諸有情無異我願我來世得菩提光明功德甚廣大燄網莊嚴過日月幽冥眾生悉開曉願我來世得菩提智慧方便無邊量所受用物皆無盡莫令眾生有乏少願我來世得菩提令諸邪?行住正道,若行聲聞獨覺者皆以大乘安立之願我來世得菩提無邊有情修梵行皆令具足三聚戒設有毀犯還清淨願我來世得菩提有情身劣根不具聞我名已具諸根端正黠慧無疾苦願我來世得菩提有情眾病貧窮苦我之名號一經耳。
身心安樂資具足願我來世得菩提女人百惡之所逼極生厭離聞我名即得轉成丈,夫身願我來世得菩提令諸有情出魔罥解脫外道之稠林正見修習菩薩行願我來世得菩提有情王法所加苦及,餘菑難逼身心以我威神皆解脫願我來世得菩提有情饑渴因造業我先飲食飽其身後以法味竟安樂願我來世得菩提有情無衣寒熱逼專念我名得衣服寶莊嚴具亦滿足
南無藥師瑠璃光如來(十二稱竟五輪著地)。
既發願已。誦陀羅尼。此陀羅尼。全體三德。法身般若解脫謂之三。皆有常樂我淨之謂德。法身者。即我本性。體自常真。般若者。亦是我性。妙明圓照。解脫者。性我自在。無礙清淨。良由性本圓融。是三即一。亦唯性圓融故。即一而三。除滅一切苦故。得大自在。願行巧方便故。獨露妙明。究竟深境界故。本真圓滿。是既顯說。已示思修。今又密談。重彰秘要。當知秘要。體任遮持。遮二邊惡。持中道善。離邊離中。天然有在。非三非一。
法爾現前。然一實深處。本離言說。欲人思自得之。故但引而不發。行願功德。像季妙投。正當淨國成生。是以一經三復。滅除苦惱。深悲重障。要須定光說呪。爰將密地轉移。好色香藥。授與一丸。諸重大病。平復如本。方其定體放光。光中說呪。安置諸子秘密藏中。若乃本時立願。願成苦度。我亦不久自住其中矣。
(呪文。灌頂譯於經後。隋譯與奘師譯。俱略。葢行願功德。即顯說明呪。故名結願神呪。後人取淨師譯。入奘譯者。則經為合部。而行為顯密齊修。故持呪即是持經。且拔苦法門。密為尤要。依之良是。首者作白)。

