一切諸佛。愍念眾生。為說藥師道場懺法。今當歸命。一切諸佛。
南無毗盧遮那佛南無本師釋迦牟尼佛南無藥師琉璃光如來南無無量壽佛南無盡十方遍法界過去一切諸佛南無盡十方遍法界現在一切諸佛南無盡十方遍法界未來一切諸佛南無藥師琉璃光如來本願功德經南無日光遍照菩薩南無月光遍照菩薩南無文殊師利菩薩南無觀世音菩薩南無得大勢菩薩南無無盡意菩薩南無寶曇華菩薩南無藥王菩薩南無藥上菩薩南無彌勒菩薩南無消災障菩薩南無增福壽菩薩南無樂音樹下三萬六千菩薩南無阿難尊者
八千比丘諸大聖僧南無救脫菩薩
禮諸佛已。次復懺悔。(弟子某)等。普為四恩三有。及法界一切眾生。悉願斷除三障。歸命懺悔。我與眾生。無始來今。由愛見故。內計我人。外因惡友。不隨喜他。一毫之善。惟遍三業。廣作眾罪。事雖不廣。惡心徧布。晝夜相續。無有間斷。覆諱過失。不欲人知不畏惡道。無慙無愧。撥無因果。如斯罪障。未經懺悔。我於今日。對十方佛。藥師如來。深信因果。生重慙愧。生大怖畏。發露懺悔。斷相續心。發菩提心。斷惡修善。勤策三業。
翻昔重過。隨喜凡聖。一毫之善。念藥師佛。有大願力。能救拔我。出二死海。置三德岸。惟願慈悲。哀憐攝授。各各志心。歸命頂禮。
南無毗盧遮那佛南無本師釋迦牟尼佛南無藥師琉璃光如來南無無量壽佛南無盡十方遍法界過去一切諸佛南無盡十方遍法界現在一切諸佛南無盡十方遍法界未來一切諸佛南無藥師琉璃光如來本願功德經南無日光遍照菩薩南無月光遍照菩薩南無文殊師利菩薩南無觀世音菩薩南無得大勢菩薩南無無盡意菩薩南無寶曇華菩薩南無藥王菩薩南無藥上菩薩南無彌勒菩薩南無消灾障菩薩南無增福壽菩薩南無藥音樹下三萬六千菩薩南無阿難尊者
八千比丘諸大聖僧南無救脫菩薩
禮諸佛已。次復懺悔。(弟子某)等。自從無始以來。至於今日。所有貪瞋嫉妬之病。憍慢自傲之病不識善惡之病不信罪福之病不孝五逆之病。破辱三寶之病。不修齋戒之病。破犯尸羅之病。自讚毀他之病。貪得無厭之病。迷聲逐色之病。貪香愛觸之病。信邪倒見之病。躭婬嗜酒。放逸無度之病。設復遇醫。授與非藥之病。及無餘量災難陵辱。悲愁煎逼。身心受苦之病。欲令是等病苦消除。所求願滿。爾時藥師琉璃光如來入三摩地。名曰。
除滅一切眾生苦惱。既入定已。於肉髻中。出大光明。光中演說大陀羅尼曰。
南無。薄伽伐帝。[鞥-合+(白-日+田)]殺社。窶嚕薜琉璃。鉢囉婆。喝喇闍也。怛他揭哆耶。阿囉訶帝。三藐三勃陀野。怛姪他。唵。[鞥-合+(白-日+田)]殺逝。[鞥-合+(白-日+田)]殺逝。[鞥-合+(白-日+田)]殺社。三沒揭帝莎訶

